Тем временем обстановка накалялась, пугачевщина грозила захватить все большие территории. В этих трудных обстоятельствах Екатерина решила собрать чрезвычайное заседание Совета при высочайшем дворе, членом которого уже стал Потемкин. Письмо графа Никиты Ивановича Панина своему брату Павлу в Москву живописует это заседание. Открылось оно заявлением самой императрицы о решении принять личное начальство над войсками и ехать «для спасения Москвы и внутренности империи». «Безмолвие между нами было великое, — пишет Никита Панин. — Государыня ко мне одному обратилась и с большим вынужденней требовала, чтоб я ей сказал, хорошо или дурно она сие сделает. Мой ответ был, что не только не хорошо, но и бедственно в рассуждении целости всей Империи…» Граф Панин сказал, что волнение «презрительной черни» не заслуживает столь решительных мер. Желание Екатерины поддержал Потемкин. Панин решился на следующий шаг для отвращения императрицы от ее решения. «После обеда, — продолжает Никита Панин, — взял новаго фаворита особенно и, облича дерзость его мыслей, которой ни лета, ни практика ему не могут дозволить, и повтори резоны, мною сказанные, угрожающие разрушением Империи, объявил ему, что на отвращение сего я решился ехать против Пугачева или ответствовать за тебя… Вот, мой любезный друг, каковым образом жребий твой решился». Панин-старший поспешил известить брата о его назначении, сообщив ему эту новость как решенное дело. Тем не менее Екатерина еще не отказалась от идеи ехать самой в Москву, видимо, Панин выставил определенные условия назначения своего брата во главе войск, вызывавшие у нее настороженность и опасения. Свидетельством этого является ее письмо к Потемкину, где звучит обеспокоенность далеко идущими планами Панина: «Увидишь, голубчик, из приложенных при сем штук, что господин граф Панин из братца своего изволит делать властителя с беспредельною властию в лучшей части империи…» Но Потемкин находит выход: он предлагает перехватить у Панина инициативу выдвижения его брата, и 29 июля 1774 г., в тот самый день, когда Екатерина подписывает полномочия Панину, направляет ему письмо. Потемкин напоминает генералу об их беседе в январе в Москве, когда Петр Панин говорил о своем желании «охотно принять команду войск, отряженных против бунтовщика и государственного злодея Пугачова», и сообщает, что именно он рекомендовал его императрице, а Н.И. Панин подтвердил желание своего брата. В этом же письме Потемкин предлагает не только помощь в политическом решении вопроса, но и напоминает о своих возможностях: «Ежели я найдусь к чему ни есть вам потребен, не щадите меня: я всякое ваше приказание с охотою исполню».

Реакция Екатерины и противодействие Потемкина не остались незамеченными для Н.И. Панина. Вслед за письмом фаворита он посылает тревожное сообщение брату, где пишет, что необходимость прибегнуть к его помощи против Пугачева воспринимается «внутренно крайним и чувствительным себе уничтожением, и следовательно, разстроганное сим чувствие обратилось все против меня…». Никита Панин высказывает недоумение изменением отношения к нему Потемкина, совсем недавно искавшего дружбу, но опытный политик видит в этом желание фаворита стать самостоятельной политической фигурой: «…а тот, которому бы надобно было мне служить подпорою уже от некотораго времени, забыл все свои предо мною обеты, и хотя, как я думаю, не сделался мне еще врагом, но по последней мере по рвению своего высокомерия и надменности оставил меня так, как и многих других, в которых увидел он, что более ему нет собственной нужды». Никита Панин чувствует угрозу своему положению при дворе с усилением влияния Потемкина. Возлюбленный Екатерины постепенно осваивался при дворе, подбирал команду верных сторонников, создавал себе придворную партию, которая стала бы гарантом его самостоятельности и независимости как политического деятеля. «Я уверен, мой любезный друг, — заключает он в письме в Москву с описанием назначения Павла, — что ты собственным своим прорицанием уже довольно постигнешь, в каком критическом положении я теперь и как очевидно извлекают меня из участвования в твоем деле, как будто бы в возмездие тому, что крайность привела к употреблению тебя, а из сего выходит самое притеснение и всем моим делам…»

При общих распоряжениях по усмирению Пугачевского бунта не забыты были и косвенные средства: два агента были посланы по непосредственному распоряжению Потемкина в Оренбург со значительной суммой денег. После решительного сражения Михельсона с мятежниками казачьи атаманы арестовали самозванца и выдали его отряду правительственных войск. С поимкой Пугачева восстание быстро угасло. Екатерина смогла убедиться в правильности своего выбора: Потемкин не только оказал ей должную помощь в скорейшем подавлении восстания, но и сумел нейтрализовать братьев Паниных. Их последующая переписка свидетельствует о постепенном охлаждении между Паниными и Потемкиным, чье положение к этому времени значительно укрепилось.

Докладные записки Потемкина этого периода на имя Екатерины с ее собственноручными резолюциями свидетельствуют о его большой осведомленности и участии в мероприятиях по поводу волнений в крестьянском сословии, в раздаче наград лицам, отличившимся во время подавления Пугачевского восстания. Имея большой опыт работы с депутатами-«иноверцами», Потемкин и тут хлопотал о назначении наград и льгот некоторым «инородцам» по аттестациям покойного генерала Бибикова и генералитета, причем на все предложения Потемкина императрица дала положительные резолюции.

Потемкин как наиболее приближенное лицо к Екатерине II был посвящен в секретные дела, связанные со следствием по восстанию Пугачева: он знакомился с материалами Казанской тайной комиссии, и императрица требовала от него не только высказывания своего мнения, но и действий. Пленный пугачевец, назвавшийся Мамаевым, заявил на допросе поручику Г.Р. Державину, что яицкие казаки послали в Петербург доверенных людей с ядом, чтобы отравить Екатерину и наследника Павла Петровича с женой. Императрица писала своему фавориту и советнику по этому поводу: «Я думаю, что гора родила мышь. Однако есть ли где сих шалунов отыскать должно, то чаю здесь, в Царском Селе… А приметы при сем посылаю». К этому же мнению пришел и Потемкин, сообщавший генерал-прокурору Сената князю А.А. Вяземскому (первому министру правительства Екатерины II) о своих планах в отношении опасных слухов, связанных с серьезнейшим политическим преступлением — покушением на жизнь членов императорского дома: «Мне кажется, что это не новое и, хотя больше на вздор, нежели на дело походит, однако ж в столь важнейшем пункте, как драгоценному здоровью касающемуся, не худо сделать строгое изыскание, что я здесь произвесть не оставлю».

Еще 10 мая Гуннинг доносил в Лондон: «Потемкин действительно приобрел гораздо больше власти, чем кто-либо из его предшественников». К великому удивлению большинства членов Совета при высочайшем дворе, куда входили самые важные лица империи, имевшие чины 1-го и 2-го классов (согласно «Табели о рангах»): граф Н.И. Панин, оба князя A.M. Голицины, граф З.Г. Чернышев, граф К.Г. Разумовский, князь Г.Г. Орлов, князь А.А. Вяземский, Потемкин занял место среди них. Когда он первый раз появился в Совете, 5 мая, у него был еще чин 3-го класса, но уже 30 мая 1774 г. последовал указ о назначении его вице-президентом Военной коллегии с чином генерал-аншефа. Хорошо осведомленный Гуннинг спешит донести в Лондон 21 июня: «Генерал Потемкин присоединен к графу Захару Чернышеву в Военный департамент. Это такой большой удар, нанесенный последнему…», причем дипломат считал именно Чернышева главной пружиной всех придворных интриг.