После Люневильского мира, в 1801 году, Жомини из-за своего непростого характера оставил службу в министерстве и уехал в Париж с целью вступить в ряды действующей армии. Но случая не представилось, и он снова занялся коммерческими делами, продолжая одновременно постигать военные науки. Он работал на фирме Дюпонов (главных поставщиков оружия для войск Наполеона I), а в 1804 году опубликовал «Трактат о крупных военных операциях», содержавший сравнение кампаний Фридриха Великого и генерала Бонапарта.

В том же 1804 году Жомини вступил волонтером в ряды французской армии. В 1805 году он стал адъютантом маршала Нея, а потом отличился под Ульмом и был произведен в полковники.

В 1806 году Антуан-Анри издал «Памятку о вероятности войны с Пруссией», где изложил свои взгляды на войну с пруссаками, и Наполеон пригласил талантливого военного аналитика в свой штаб.

Следует отметить, что труды Антуана-Анри произвели на Наполеона глубокое впечатление, и однажды он сказал в разговоре с герцогом де Бассано: «Вы говорите, что наш век не идет вперед: вот вам молодой офицер, да еще и швейцарец, излагает такие вещи, каких я никогда не слыхивал от своих профессоров и которые вряд ли поймет иной генерал».

А вот еще одна история. Памятка Антуана-Анри сделалась известной Наполеону, и он предложил ему состоять при своей особе. Но Жомини ответил:

– Если мне будет позволено воспользоваться четырехдневной отлучкой, то я нагоню Ваше Величество в Бамберге.

При слове Бамберг Наполеон побледнел и спросил:

– А кто вам сказал, что я буду в Бамберге?

– Карта Германии, Ваше Величество.

– Как карта? На ней сотни разных других дорог, кроме бамбергской.

– Да, сир, но всего вероятнее, что вы употребите против левого фланга пруссаков тот маневр, который был употреблен при движении на Донауверт, против правого фланга Мака, и на Сен-Бернар, против Меласа. При этом нет иного пути как через Бамберг на Геру.

– Хорошо, – сказал удивленный император, – будьте через четыре дня в Бамберге, но не говорите об этом никому, даже моему начальнику штаба Бертье. Никто не должен знать о моем движении на Бамберг.

Эта удивительная проницательность Жомини не могла не произвести впечатления на Наполеона, и в сражении при Прейсиш-Эйлау полковнику было поручено руководить действиями корпуса Груши, предназначенного для удержания русских. По окончании кампании Антуан-Анри получил орден Почетного легиона и должность начальника штаба 6-го корпуса.

За кампанию 1806–1807 годов Жомини был награжден баронским титулом, а в 1808 году он отправился с маршалом Мишелем Неем в Испанию в качестве начальника его штаба, но вскоре был удален оттуда по наветам недоброжелателей, успевших восстановить маршала против него (маршал Ней был обижен распускавшимися слухами о том, что он обязан своими успехами исключительно советам Жомини).

Тем не менее Наполеон не замедлил присвоить Жомини чин бригадного генерала.

Во время войны 1812 года Жомини занимал должность губернатора сначала Вильны, а потом Смоленска. В выжженный Смоленск он прибыл в октябре вместе со своим адъютантом капитаном Самюэлем Фива, который был женат на Жюли-Катрин, сестре Жомини.

У Антуана-Анри не было опыта административной работы, но он с энтузиазмом взялся за организацию маршевых колонн и транспортных обозов для их последующей отправки главным частям Великой армии, но было уже поздно. Изменить что-то в неудачно складывавшейся кампании было уже нереально. С другой стороны, Жомини организовал сбор сведений о местности, и это очень помогло отступавшей французской армии при переправе через Березину. Сам Антуан-Анри советовал переправляться выше Борисова. Он, тяжело заболев лихорадкой, переправился утром 28 ноября 1812 года, сам чуть не утонул, потерял все свои дневниковые записи и был чудом спасен каким-то сержантом.

7–8 декабря Жомини был в Вильно. Там он сумел приобрести крепкие сани и лошадь. 12 декабря он прибыл в Ковно и вторично пересек Неман, только теперь в обратном направлении. Ему был дан приказ проследовать на Штеттин, а оттуда следовало прибыть в Париж. Ужасы Русской кампании окончились: в начале января 1813 года бригадный генерал Жомини прибыл, наконец, домой. Своего родственника капитана Самюэля Фива он оставил в Данциге. Тот обморозил себе ноги, перенес ампутацию и скончался через шесть месяцев, покинув безутешную вдову и восьмерых детей.

После похода в Россию сам Жомини серьезно заболел. Он пролежал более трех месяцев в постели, а потом вернулся к армии в день Лютценского сражения и тотчас же был назначен самим Наполеоном начальником штаба 3-го армейского корпуса.

Жомини внес большой вклад в победу при Бауцене, однако в дивизионные генералы его так и не произвели из-за недоброжелательства маршала Бертье. Проблема заключалась в том, что Жомини были нужны для работы архивы военного министерства, и это привело его к столкновению с Бертье, который тоже хотел издать описания этих же кампаний и всячески затруднял Жомини пользование архивами, выдавая ему, несмотря на приказание Наполеона, лишь самые ничтожные и ничего не значащие документы. Оскорбленный этим, Жомини 14 августа 1813 года перешел в стан антифранцузской коалиции.

На самом деле, маршал Бертье даже приказал арестовать Жомини и объявить о нем в приказе по армии как о начальнике штаба, якобы дурно исполнявшем свои обязанности. Все это настолько потрясло честного швейцарца, что он окончательно решил оставить французскую армию.

Франсуа Габриэль Леполь. Портрет Луи Александра Бертье. 1834

Принятый на службу императором Александром I с чином генерал-лейтенанта и званием генерал-адъютанта, Жомини получил в командование дивизию. А вот французский военный суд заочно приговорил его к смертной казни. В различных кругах распространялись слухи о том, что Жомини перешел к союзникам из корыстных целей, будто бы он передал все планы Наполеона и тем самым сделал неизбежной его гибель. Но это все неправда. На самом деле, Жомини сохранил в тайне операционный план французов, который был ему известен. И он лишь своими советами удерживал союзников от слишком рискованных предприятий. Тем не менее чересчур осторожные советы начали казаться союзникам подозрительными, и тогда Жомини покинул союзные войска и поселился в Веймаре.

Анри де Жомини. Гравюра. 1869

В 1815 году в свите Александра I Жомини въехал в Париж, участвовал во всех конгрессах того времени (Венском, Ахенском и Веронском) и, когда его прежнему командиру, маршалу Нею, угрожала смертная казнь, Жомини (в отличие от многих французов) приложил все усилия, чтобы его спасти, но тщетно. В 1822 году Жомини поселился в России и при императоре Николае I принял участие в разработке военных проектов, в частности, проекта об учреждении высшего военно-учебного заведения