Задача была крайне трудная — царские посланцы никак не могли приступить к существу дела, ведя разговоры с Семеном Ивановичем «вокругда около», покуда вдело не вмешалась сама девица. Подслушивая, о чем говорят с дядей посланцы царя, она обо всем догадалась и, набравшись духу, вышла к гостям, объявив им, что распускаемые о ней слухи вздорны и она своей жизнью клянется в том, что «о состоянии невесты» государю беспокоиться не стоит. Таким образом, дело было решено, попытка боярина Милославского провалилась, а сам он был пощажен только благодаря заступничеству Агафьи Семеновны, но, много потеряв в глазах царя, утратил свое влияние, из-за чего затаил на Языкова большую злобу.

Почти сразу же после того, как Агафья Семеновна была объявлена невестой, они венчались с нею в Успенском соборе, проведя церемонию без всякой пышности и очень скромно отпраздновав свадьбу. Воспитанная польской няней царица Агафья, грамотная, знавшая польский язык, любившая книги и умевшая постоять за себя, имела на мужа большое влияние. Не без ее участия царь Федор отменил запреты прежних лет на бритье бород и ношение иноземного платья для русских. Подавая пример подданным, он сам облачился в польское платье, перестал брить голову, как это прежде делали русские цари, и отпустил длинные волосы. Придворным было запрещено являться в Кремль в охабнях, однорядках и терликах. Старые бояре стали стричь бороды, а молодые так и бриться. Прямо в Кремлевских палатах курили табак, за что прежде полагалось наказание кнутом, «невзирая на чины». В Заиконоспасском монастыре в 1681 году была основана Типографская школа — учебное заведение, посильно копирующее европейские колледжи. Решался вопрос об открытии «латинских школ» при московских монастырях.

Царственная семейная пара, во многом совпадая во взглядах и имея общие интересы, судя по всему, была счастлива, но счастью их не суждено было быть долгим. Год спустя после свадьбы, летом 1681 года, молодая царица, не оправившись после тяжелых родов, умерла, а через три дня умер рожденный ею царевич. Эти смерти сильно ударили по царю Федору — он очень горевал о царице и сам расхворался пуще прежнего. Тем не менее полгода спустя после похорон, поддавшись на уговоры Языкова, царь решил жениться сызнова. Несмотря на сопротивление Милославских, Языков сосватал Федору Алексеевичу свою дальнюю родственницу, Марфу Матвеевну Апраксину, коей шел только пятнадцатый год. Ища сильных союзников в борьбе против клана Милославских, Языков задумал вернуть ко двору Матвеева и научил молоденькую царицу Марфу, которой Артамон Сергеевич доводился крестным отцом, просить за него царя. Слабевший с каждым днем Федор Алексеевич, давно уже не сердившийся на Матвеева, без всякого сопротивления уступил просьбам супруги. Опальный боярин был прощен, ему вернули отобранные имения, да сверх того за перенесенные страдания Федор Алексеевич пожаловал его селом Верхний Лондох с деревнями.

Но разрешение вернуться в Москву Артамон Сергеевич получил уже от нового царя — 27 апреля 1682 года Федор Алексеевич умер, не оставив распоряжений в отношении престолонаследия. На вопрос патриарха Иоакима, обращенный к народу, собравшемуся у дворцового крыльца, на царство «выкрикнули» малолетнего Петра. Именем этого нового царя и был подписан указ, посланный Матвееву.

Тело Федора Алексеевича еще не было предано земле, как в Москве началось брожение среди русских военных, вызванное многими причинами, главной из которых была задержка выплаты жалованья. Сумма задолженности была велика — 240 тысяч рублей, а те деньги, которые все же отсылались в полки, разворовывались командирами. Не имея возможности противостоять вооруженной массе, правительство спешно пошло на уступки: нескольких наиболее замаранных воровством полковых командиров били кнутом на площади, других погнали со службы, конфисковав их имущество и пустив его на выдачу жалованья. На какое-то время это помогло утихомирить полки, но угли мятежа продолжали тлеть.

На похоронах царя Федора разыгралась тяжелая сцена: вопреки русскому придворному этикету царевна Софья явилась на отпевание брата и повела себя странно. У гроба покойного царя она плакала, причитала, уверяя, что Федор отравлен злодеями, которые изведут и ее, и братца Иоанна. Ломая руки, царевна просила отпустить детей Марьи Ильиничны Милославской в другие страны, где они могли бы найти защиту от убийц. Одновременно с этим в стрелецких слободах сторонники Софьи и Милославских усиленно распускали самые невероятные слухи, виня Нарышкиных во всех бедах страны и царской семьи. Свою лепту в разжигание страстей внесли сторонники «старой веры», которых было немало среди московских стрельцов. У них имелся свой «зуб» на власть: при царе Федоре гонения на раскольников возобновились с новой силой и были казнены протопоп Аввакум и его ближайшие сподвижники.

Решительные действия заговорщиков начались с того, что утром 15 мая 1682 года стольник Петр Толстой и еще несколько дворян из клана Милославских, прискакав в стрелецкие слободы, принесли ложную весть о том, что старшие братья царицы Натальи, Афанасий и Иван Нарышкины, задушили царевича Иоанна. Этого хватило, чтобы стрельцы всех полков, с пушками и знаменами, пошли в Москву. К ним присоединилась городская чернь, барские холопы, и вся эта кипевшая злобной яростью толпа, насчитывавшая до 20 тысяч человек, ворвалась в Кремль.

Зная, что в Москве неспокойно, Наталья Кирилловна обратилась за помощью к Матвееву, только 11 мая вернувшемуся в Москву. Старый боярин не побоялся явиться в Кремль вместе со своим единственным сыном. Когда собравшиеся у дворца стрельцы стали требовать выдачи людей по спискам, составленным ими заранее, Матвеев предпринял отчаянно отважную попытку остановить бунт. Дабы опровергнуть слух об убийстве царевича Иоанна, Артамон Сергеевич вынес его и царя Петра на руках и показал с дворцового Красного крыльца народу. Он заговорил со стрельцами, найдя нужные слова, чтобы утихомирить страсти, и, когда, казалось, настроения толпы переменились, с того же крыльца заговорил вышедший вместе с Матвеевым боярин князь Михаил Юрьевич Долгоруков. Он не стал увещевать стрельцов, а прикрикнул на них, приказав расходиться и грозя карами.

Начавшие было после речей Матвеева успокаиваться, услышав слова Долгорукова, стрельцы вновь пришли в ярость и, подталкиваемые подстрекателями, засланными в их среду Милославскими, бросились на царедворцев. Долгорукова и Матвеева сбросили вниз, прямо на подставленные стрелецкие пики, их уже мертвых рубили саблями и топтали.

После этого стрельцы и примкнувшие к ним горожане кинулись искать Нарышкиных и всех тех, кого Милославские занесли в списки. Поощряя их, подстрекатели бунта выкатили из подвалов несколько огромных бочек вина, которым угощались все желающие. В руки пьяных мятежников из ближайшей родни Натальи Кирилловны попал лишь ее брат Афанасий Нарышкин, спрятавшийся под престолом в алтаре церкви Воскресения Христова, — его убежище указал стрельцам дворцовый карлик. Боярина выволокли из церкви на улицу и тут же убили. Языкова нашли в церкви Николы на Хлынове и тоже изрубили в куски. Еще несколько бояр погибли, просто «попав под горячую руку».

Особенно усердно стрельцы искали Ивана Нарышкина, о котором Милославские распускали слухи, что якобы он мерил шапку Мономаха и другие царские регалии, приложил руку к отравлению царя Федора и намеревается убить царевича Иоанна, который хоть и спасся, но все еще находится в большой опасности. Но Иван вместе с отцом, старым воеводой Кириллом Полиектовичем Нарышкиным, и остальными братьями спрятался в тереме своей племянницы, младшей сестры царя Петра Алексеевича — царевны Натальи Алексеевны. В том же тереме, куда стрельцы не догадались явиться с обыском, укрылись несколько близких к ним людей, в их числе и сын боярина Матвеева Андрей Артамонович, вернувшийся с отцом из ссылки. Ночью, когда мятежники ушли из Кремля, из убежища в тереме царевны Натальи Алексеевны Нарышкины и младший Матвеев тайком перебрались в покои вдовы царя Федора, царицы Марфы, где их также искать не стали.