Генеральный штаб принимал активное участие в подготовке и формировании стратегических резервов. В первом периоде войны, когда войскам Красной Армии пришлось дважды вести стратегическую оборону, основным источником образования стратегических резервов являлась мобилизация новых контингентов военнообязанных. Резервы создавались главным образом за счет образования новых формирований в тылу страны (85 %) и частично путем вывода войск из состава действующих фронтов на доукомплектование (15 %).[203]Такой способ создания резервов диктовался тем, что в условиях утраты стратегической инициативы и ведения вынужденной обороны Ставка ВГК имела ограниченные возможности для вывода войск в резерв из состава действующих фронтов. К тому же иногда требовались свежие силы для стабилизации фронта там, где противнику удавалось его прорвать.

Во втором периоде войны условия для создания стратегических резервов значительно изменились. Было ликвидировано количественное превосходство противника в боевой технике и вооружении. Военная промышленность не только в достатке вооружила боевой техникой и оружием войска на фронте, но и обеспечила создание стратегических резервов. С переходом стратегической инициативы в руки советского командования создались лучшие возможности для вывода войск из действующих фронтов в резерв для доукомплектования, обучения и последующего их применения на нужных направлениях. Поэтому в данный период войны 70 % стратегических резервов составили войска, выведенные из действующих фронтов, и только 30 % — новые формирования. В общей сложности из состава действующих фронтов было выведено 565 объединений, соединений и частей, а вновь сформировано лишь 231.[204]Всего в ходе Великой Отечественной войны Ставкой ВГК и Генштабом было образовано (восстановлено) более 100 управлений общевойсковых и 17 танковых армий, сформировано (доукомплектовано) 112 танковых, механизированных и артиллерийских корпусов, около 1000 стрелковых, кавалерийских и артиллерийских дивизий, почти 2 тыс. отдельных бригад и полков родов войск.[205]Одновременно по разнарядкам Генштаба в действующие войска было направлено 11,5 млн человек обученного маршевого пополнения, большое количество вооружения и военной техники.

В Генштабе рассчитывались потребности действующей армии в пополнении новыми объединениями, соединениями, частями, в количестве резервов, определялись порядок и сроки их формирования (доукомплектования) и выдвижения в назначенные районы, разрабатывались соответствующие директивы, контролировалось их выполнение, организовывались связь, маскировка и прикрытие с воздуха, материальное обеспечение.

Основная нагрузка в решении перечисленных выше вопросов лежала на Организационном управлении Генерального штаба. Кроме того, часть из них находилась в ведении Организационноштатного управления Главупраформа, что порождало параллелизм и создавало затруднения в деятельности не только обоих этих органов — Генштаба и Главупраформа, но и в целом центрального аппарата наркомата обороны. С целью устранения данного недостатка 4 мая 1943 г. приказом № 0325 наркома обороны Организационное управление Генштаба было реорганизовано в Главное организационное управление Генштаба. В его состав были включены Организационно-учетное управление и Управление по оперативно-организационным мероприятиям. На Главное организационное управление Генштаба возлагались: разработка соображений и директив по проведению организационных мероприятий в Красной Армии на основе указаний наркома обороны и Ставки ВГК; разработка организации штатов, а также учет количества и дислокации войсковых частей, соединений и учреждений Красной Армии; учет штатной, списочной численности и общий учет потерь Красной Армии; разработка планов и директив о выводе соединений и частей в резерв Ставки; отдача указаний главным управлениям Наркомата обороны об очередности и порядке доукомплектования и дообеспечения частей и соединений резерва Ставки и контроль за проведением этих мероприятий; разработка директив, порядка и сроков осуществления межфронтовых перегруппировок и сосредоточений, проводимых решением Ставки; организация и контроль за оперативными перегруппировками войск, производимыми по железной дороге, автотранспортом и походом.[206]

С созданием Главного организационного управления все вопросы, связанные с организацией войск и их штатами, стали решаться отныне только в Генеральном штабе, что подтверждалось и постановлением ГКО от 21 июня 1943 г., запрещавшим всем другим органам центрального военного управления «проводить формирования и переформирования, вносить изменения в штаты частей и учреждений, производить их передислокацию без соответствующего оформления директивами Генерального штаба».[207]

Большую работу Генштаб под руководством Василевского выполнил по планированию и организации железнодорожных перевозок, особенно оперативных, а также по осуществлению контролю за их ходом. Всего за годы войны по железной дороге были переброшены управления 6 фронтов, 97 общевойсковых и 20 танковых армий, около 250 управлений стрелковых корпусов, более 120 танковых и механизированных корпусов, свыше 1300 стрелковых и кавалерийских дивизий, 185 артиллерийских дивизий и бригад и много других соединений и частей. Общий объем воинских перевозок составил более 440 тыс. поездов (около 20 млн вагонов), из них 55,2 % оперативных.[208]

В центре внимания Генштаба и его начальника находились вопросы совершенствования организационной структуры объединений, соединений и частей с целью приведения ее в соответствие с требованиями вооруженной борьбы. Опыт боевых действий, полученный зимой 1941/42 г., показал, что отсутствие в составе фронтов и армий крупных танковых соединений не позволяло в полном объеме решать такую важную задачу наступления, как развитие тактического успеха. Кроме того, требовалось определенное количество отдельных танковых частей и соединений (бригад) для совместного с пехотой и артиллерией прорыва подготовленной обороны противника. С наращиванием производства танков и переходом Красной Армии от стратегической обороны к проведению наступательных операций по инициативе Генштаба в марте 1942 г. начинается формирование танковых, а в сентябре — механизированных корпусов. В мае создаются танковые армии, предназначенные для усиления ударных группировок войск на направлениях главных ударов. В соответствии с приказом № 00 106 наркома обороны от 29 мая танковая армия должна была иметь в своем составе два танковых корпуса и одну резервную танковую бригаду в составе 44 Т-34 и 21 Т-60; всего 431 танк.[209]На практике боевой состав первых танковых армий был смешанным, что обусловливалось стремлением создать мощное оперативное объединение, обладающее большой ударной силой и способностью не только прорывать оборону, но и действовать в оперативной глубине. Однако опыт показал, что такие армии оказались громоздкими, неманевренными и трудно управляемыми. Поэтому в конце января 1943 г. на заседании ГКО было принято решение в целях повышения подвижности и ударной силы танковых армий изъять из их состава немоторизованные стрелковые дивизии и организационно выделить танковое ядро новых формирований. В состав танковой армии, как правило, включались два танковых и один механизированный корпуса, зенитно-артиллерийская дивизия, гвардейский минометный, гаубичный артиллерийский, истребительно-противотанковый и мотоциклетный полки.[210]