Мятеж в Москве привел к отстранению Глинских от власти. На свадьбе Ивана IV в феврале 1547 г. Глинские играли самую видную роль. На свадьбу брата царя Юрия 3 ноября они не были приглашены. На третий день после свадьбы Юрия князья Михаил Глинский и Иван Пронский побежали в Литву. Прошло четыре месяца со времени убийства Юрия Глинского. За это время конюший Михаил Глинский должен был убедиться, что править государством без поддержки Боярской думы невозможно. Царю Ивану недоставало власти, чтобы заступиться за Глинских.

Дума своевременно узнала о побеге двух видных бояр. Вдогонку был немедленно отправлен боярин князь Петр Шуйский, недруг Глинских. В последующей истории много неясного. Беглецы направились к литовскому рубежу из своих ржевских вотчин. До Литвы было рукой подать, но они все же не пересекли границу. Шуйский с дворянами догнал их в великих тесных и непроходимых местах. Вместо того чтобы продолжать путь, бояре отправились в Москву, намереваясь первыми явиться к царю с повинной. Их оправдания сводились к тому, что они поехали молиться к Пречистой на Оковец, но съехали в сторону (границы), не зная дороги. Михаилу Глинскому не удалось пробраться во дворец. Он был перехвачен Шуйским на пути к Кремлю и арестован.

Дума произвела розыск и признала дядю царя виновным. Отъезд за рубеж считался тяжким государственным преступлением. Но благодаря ходатайству митрополита и заступничеству Ивана опальные избежали тюрьмы. Однако дума отняла у Михаила Глинского титул конюшего.

Правительство Глинских пало, и с его падением закончилась целая полоса политического развития Русского государства, известная под названием «боярское правление». Правители могли бы справиться с кризисом, если бы располагали прочной поддержкой находившихся в столице дворян и посадских верхов. Восстание обнаружило непрочность их власти в обстановке недовольства, охватившего не только низы, но и верхи. Властям пришлось задуматься над тем, как покончить с дворянским оскудением. Уступки дворянству оказались неизбежны. Обнажившийся социальный антагонизм ошеломил власть имущих, на время ослабил боярские распри и во многом определил характер последующих реформ.

В ходе объединения русских земель власть московских государей чрезвычайно усилилась, но не стала неограниченной. Монарх делил власть с аристократией. «Царь указал, а бояре приговорили» — по этой формуле принимались законы, решались вопросы войны и мира. Через Боярскую думу знать распоряжалась делами в центре. Она контролировала также и все местное управление. Бояре получали в «кормление» крупнейшие города и уезды страны.

Название «кормление» соответствовало действительности: областные управители собирали пошлины в свой карман, то есть в буквальном смысле кормились за счет населения. Система кормлений была одним из самых архаических институтов XVI в.

Боярская аристократия старалась оградить свои привилегии с помощью местнических порядков. В соответствии с этими порядками служебные назначения определялись не пригодностью и опытностью человека, а его «отчеством» (знатностью) и положением родни (отца, деда и прочих «сродников»). Местничество разобщало знать на соперничавшие кланы и вместе с тем закрепляло за узким кругом знатнейших семей исключительное право на замещение высших постов.

Знать ревниво оберегала традиции. Но распри и злоупотребления боярских клик в период малолетства Ивана скомпрометировали старый порядок вещей и сделали неизбежной более энергичную перестройку системы управления на новых началах.

Исключительное влияние на развитие монархии в XVI в. оказали перемены в структуре господствующего сословия. Старое боярство периода раздробленности, не расчлененное на чины, уступило место дворянскому служилому сословию. Наименование «бояре» сохранили за собой лишь родовитая аристократия, крупные землевладельцы, входившие в думу.

Великим князьям московским издавна служили как слуги вольные, так и слуги «под дворским», великокняжеские холопы. От слуг «под дворским» произошло название «дворяне». В состав благородного российского дворянства вошли как великокняжеские холопы, так и некоторое число боярских холопов из состава распущенных боярских свит.

Московское правящее боярство сохраняло в своих руках огромные вотчинные богатства, которые и были основой его политического могущества. Совсем в ином положении находилась масса провинциальных детей боярских — мелких землевладельцев, для которых поместье (условное держание) стало основной формой земельного обеспечения. В лице дворян-помещиков монархия приобрела наиболее глубокую и прочную опору.

Перемены ранее всего сказались на войске. Объединения княжеских и боярских дружин уступили место единому поместному ополчению. В рядах дворянского ополчения насчитывалось несколько десятков тысяч средних и мелких землевладельцев.

Значение дворянской прослойки настолько возросло, что с ее требованиями должна была считаться любая боярская группировка, стоявшая у кормила власти. По временам доверенные лица великого князя из числа детей боярских получали думный чин и входили в состав Боярской думы. Однако в целом влияние дворянства на дела управления совершенно не соответствовало его удельному весу. Боярская дума представляла почти исключительно одну только знать. Местнические порядки прочно закрывали дворянам путь к высшим государственным постам. Дворянство не желало мириться с таким положением дел и требовало привести систему управления в соответствие с новыми историческими условиями.

Московское восстание 1547 г. создало благоприятные возможности для выхода дворянства на политическую арену. Именно после восстания впервые прозвучал голос дворянских публицистов, и представителям дворянства был открыт доступ на сословные совещания, или соборы, получившие позже наименование Земских соборов. Дворянские публицисты выдвинули проекты всестороннего преобразования государственного строя России. Поток преобразовательных идей в конце концов увлек молодого царя.

В формировании мировоззрения Ивана, как полагают, большую роль сыграл митрополит Макарий, «по чину» занявший место наставника царя. Высокообразованный человек, но посредственный писатель, Макарий обладал качеством, которое помогло ему пережить все боярские правительства и в течение 20 лет пользоваться милостями Ивана. Он старался сообразовать свои действия с запросами светской власти и выступал глашатаем «самодержавия». Глава церкви венчал «на царство» Ивана и придал новый блеск сильно потускневшей в годы боярского правления идее «богоизбранности» русских самодержцев. Глава церкви внес большой вклад в разработку идеологии самодержавия, которая была прежде уделом книжников, а затем получила практическое осуществление в деяниях Грозного.

Коронация Ивана IV положила начало церковной реформе. С возникновением православного царства появилась необходимость в едином пантеоне русских святых. 1 февраля 1547 г. в столице собрался Священный собор, рассмотревший вопрос о канонизации подвижников. В период раздробленности церковь внутри каждого княжества развивалась своими путями. У каждой земли явились свои чудотворцы.

Собор не причислил к лику святых ни одного из московских князей — прямых предков царя. Зато этой чести удостоился их злейший враг — князь Михаил Тверской, убитый в Орде вследствие происков московского князя. В списки новых святых попало имя Александра Невского, но нет имени Дмитрия Донского, победившего неверных на поле Куликовом. Канонизирован был новгородский князь Всеволод Мстиславич, почитавшийся местным святым во Пскове.