Информация бюллетеней в целом была сдержанно-оптимистической, подданных уверяли, что «течение болезни правильное». Иногда только сообщалось, что «сон был прерывистый», «был пот», а самочувствие утром — «довольно удовлетворительное». Однако уже то, что о состоянии здоровья монарха каждый день составлялись бюллетени, означало, что болезнь опасная. С 5 ноября, по распоряжению Святейшего синода, во всех православных храмах за литургиями стали совершаться молебны об исцелении царя. О выздоровлении государя молились и представители нехристианских религий, в том числе и в еврейских обществах. Об улучшении его состояния заговорили в середине ноября 1900 года, хотя в то время процесс выздоровления лишь начинался.

Двадцать второго ноября 1900 года подданные могли с удивлением прочитать в газетах поздравление, адресованное царем семеновцам — по случаю их полкового праздника. В телеграмме говорилось, что Николай II пьет за здоровье и процветание полка. Форма поздравления несколько обескураживала: никто из здоровых Романовых, поздравивших семеновцев, не «пил» за их здоровье, а больной император, о здравии которого по всей России служились молебны, — «пил». На самом деле, несмотря на то, что император подписывал бодрые телеграммы с поздравлениями, он все еще продолжал оставаться в постели. И на следующий день, когда отмечалось рождение «наследника и великого князя» Михаила Александровича, в московском Успенском соборе на молебне во здравие императора присутствовали военные и гражданские власти, сословные представители Первопрестольной.

Уверенно заявить о победе над болезнью врачи смогли 25 ноября, отметив, что прошедшие сутки император «чувствовал себя очень хорошо; часть дня проводит вне постели». Последний бюллетень, подписанный 28 ноября, был опубликован 30-го. Болезнь отступила. Николай II публично поблагодарил всех, кто в те дни засвидетельствовал свои верноподданнические чувства и молился о его выздоровлении. С 30 ноября император наконец снова стал вести дневник, в котором записал, как впервые оделся и вышел на балкон подышать свежим воздухом (в течение пяти предшествовавших недель он не выходил из трех комнат своей супруги). Тиф Николай II перенес без осложнений («все время ничем не страдал», — отметил он в дневнике). «Моя душка Аликс, — писал он, — нянчила меня и ходила за мною как самая лучшая сестра милосердия. Я не могу выразить, чем она была для меня во время болезни. Господь да благословит ее!»

Императрица действительно приняла на себя все заботы о больном супруге. Товарищ министра внутренних дел П. Н. Дурново рассказывал, что Александра Федоровна даже написала Марии Федоровне, «что просит ее не приезжать к больному, что она никому не уступит места у его постели, одна будет за ним ухаживать». Более того, отметила 16 ноября 1900 года A. Богданович, «она прямо приказала объявить всем министрам, что ни одной бумаги не допустит до царя, что все бумаги должны быть адресованы ей и она разберется, что и когда показать царю». О том, что со дня заболевания Николая II «императрица являлась строгим цербером у постели больного, не допуская к нему не только посторонних, но и тех, кого желал видеть сам государь», писал и близкий к придворным кругам генерал А. А. Мосолов. Ежедневно допускался только барон B. Б. Фредерикc, но и его — министра двора — часто оставляли за ширмой, запрещая показываться и разговаривать с самодержцем. По мнению А. А. Мосолова, за время болезни царя в Александре Федоровне «ярко сказались умственные способности и кругозор маленькой немецкой принцессы, хорошей матери, любящей порядок и экономию в хозяйстве своего дома, но не могущей по внутреннему своему содержанию стать настоящей императрицей». Это вызывало особенное сожаление генерала, ибо при твердом характере она могла бы помочь венценосному супругу.

Итак, представления Александры Федоровны о правах и обязанностях супруги самодержца никак не вписывались в те правила, которые сформировались в России XIX века: влияния на ход политической жизни страны ни одна императрица не имела. Но эти правила, очевидно, не слишком волновали Александру Федоровну: будущее показало, что она не намерена была отказываться от того, чтобы давать супругу советы по государственным делам, настаивать на принятии решений по своему усмотрению. Не всегда она добивалась желаемого, но тенденция очевидна. Роковым образом она проявилась спустя много лет, во время Первой мировой войны.

Первого декабря 1900 года царь, предварительно выслушав докторов, начал разбирать накопившиеся за время болезни журналы, заново и с удовольствием погружаясь в работу. 2 декабря он принял первый после болезни доклад — у графа В. Н. Ламздорфа. «Моей пустой и отдохнувшей голове хочется заниматься», — заметил он с юмором. В воскресенье 3 декабря Николай II смог присутствовать на церковной службе. 6 декабря, в день Ангела, он написал в дневнике, что после выздоровления чувствует в себе такое обновление, точно недавно появился на Божий свет, что начинает расти и укрепляться, что с радостью вновь помолился в храме. Он проводил время в кругу близких ему людей (тогда в него входили сестра Ксения и ее муж Александр Михайлович, великие князья Петр и Николай Николаевичи, дочери черногорского князя Николая Милица и Анастасия); радовался возможности жить семейно, камерно. Ливадия действовала успокаивающе. Но сказка, затянувшаяся из-за болезни, должна была завершиться: ждали дела в Петербурге.

За время болезни супруга Александра Федоровна окончательно поняла, что ее положение зависит от того, сможет ли она дать России наследника престола. Действительно, болезнь царя чуть было не вызвала серьезный политический кризис, заставив близких к трону сановников поднять вопрос о престолонаследии. Именно тогда, в ноябре 1900 года, произошел инцидент, имевший целый ряд последствий. Его историю изложил в своих воспоминаниях С. Ю. Витте. Однажды утром, когда здоровье государя стало внушать докторам опасение, министр внутренних дел Д. С. Сипягин позвонил Витте и предложил приехать для совещания. У Сипягина Витте застал министра иностранных дел Ламздорфа, министра двора Фредерикса и великого князя Михаила Николаевича. Сановники обсуждали «вопрос о том, как поступить в том случае, если случится несчастье и государь умрет. Как поступить в таком случае с престолонаследием?». Министр финансов заявил, что в таком случае трон немедленно наследует Михаил Александрович. На это Витте сделали «не то возражения, не то указания», будто бы императрица беременна, следовательно, есть вероятность рождения сына. Но законы не предвидели подобного обстоятельства (тем более что никто не мог поручиться, что родится именно сын).

По мнению Витте, «невозможно поставить Империю в такое положение, чтобы в течение, может быть, многих месяцев страна самодержавная оставалась бы без самодержавца, что из этого совершенно незаконного положения могут произойти только большие смуты». Присутствовавшие соглашались с высказанным мнением, но определиться все-таки не спешили. На вопрос Михаила Николаевича: «Ну, а какое положение произойдет, если вдруг через несколько месяцев Ее Величество разрешится от бремени сыном?» — Витте сказал, что ответ смог бы дать лишь сам наследник — Михаил Александрович. Он, по мнению Витте, настолько честный и благородный человек, что если сочтет полезным и справедливым, сам откажется от престола в пользу племянника. На том и порешили, частным образом доложив о совещании императрице.