Нацистское преследование евреев в Германии до войны, хотя оно было жестоким и безжалостным, не идет, однако, ни в какое сравнение с политикой, проводимой во время войны в оккупированных территориях. Первоначально эта политика была схожа с той, которая осуществлялась и внутри Германии: все евреи должны были проходить регистрацию, их заставляли жить в гетто, они должны были носить желтую звезду, и их использовали для рабского труда. Летом 1941 г., однако, начали разрабатываться планы «окончательного решения» еврейского вопроса в Европе. Это «окончательное решение» означало уничтожение всех евреев, которое, согласно угрозам Гитлера, в начале 1939 г. должно было явиться одним из следствий разразившейся войны; для проведения в жизнь этой политики был организован специальный отдел гестапо, который возглавлял Адольф Эйхман, начальник отдела Б-4.

План уничтожения евреев был разработан вскоре после нападения на Советский Союз. Эйнзатцгруппы полиции безопасности и СД, созданные для того, чтобы сломить сопротивление населения территорий, лежащих в тылу германских армий на Востоке, получили задание уничтожить евреев в этих областях. Эффективность деятельности эйнзатцгрупп видна из того, что в феврале 1942 г. Гейдрих был в состоянии доложить, что Эстония уже была очищена от евреев и что в Риге число евреев снизилось с 29 500 до 2 500 человек. Всего эйнзатцгруппы, оперировавшие в прибалтийских странах, убили свыше 135000 евреев за 3 месяца.

Эти специальные отряды не действовали независимо от германских вооруженных сил. Имеются ясные доказательства того, что руководители эйнзатцгрупп сотрудничали с армейскими командирами. В одном случае взаимоотношения между эйнзатцгруппой и военными властями описывались как «очень близкие, почти дружеские», в другом случае успешный ход операций эйнзатцкоманды был приписан «пониманию проводимых мероприятий» военными властями. Части полиции безопасности и СД на оккупированных территориях Востока, находившиеся в ведении гражданской администрации, получили аналогичное задание. Обдуманный и систематический характер преследования евреев лучше всего иллюстрируется докладом бригадного генерала СС Штрупа, на которого была возложена ответственность за уничтожение гетто в Варшаве, фактически проведенное в жизнь в 1943 г. Этот отчет был представлен Трибуналу в качестве доказательства и был иллюстрирован фотографиями, и на его первой странице была сделана надпись: «Еврейское гетто в Варшаве больше не существует». Этот том содержит ряд отчетов, посланных Штрупом высшему руководителю СС и полиции на Востоке. В апреле и мае 1943 г. в одном из отчетов Штруп писал: «Сопротивление, которое оказывали евреи и бандиты, могло быть подавлено лишь в результате сильных боев наших отрядов, не прекращавшихся ни днем, ни ночью. Поэтому рейхсфюрер СС приказал 23 апреля 1943 г. очистить гетто, применяя крайнюю жестокость и проявляя беспощадное упорство. Было решено уничтожить и сжечь все гетто, невзирая на то, что там имелись военные заводы. С этих заводов мы систематически вывозили оборудование, а затем сжигали их. Обычно евреи выходили из тех мест, в которых они скрывались, но часто они оставались в горевших зданиях и выпрыгивали из окон только тогда, когда жара становилась невыносимой. Тогда они «пытались, несмотря на переломы костей, переползать по улице в те здания, которые еще не были охвачены огнем. Жизнь в канализационных трубах не была приятной. Мы не раз слышали громкие голоса в канализационных трубах… Мы стали бросать туда в отдушины слезоточивые бомбы и таким образом выгнали евреев из канализационных труб и захватили их. Бесчисленное количество евреев было ликвидировано в канализационных трубах и бункерах во время взрывов, и чем дольше продолжалось сопротивление, тем более жестокими становились члены войск СС, полиции и вооруженных сил, всегда образцово исполнявшие свои обязанности».

Штруп говорит в своем отчете, что в результате его мероприятий в Варшаве уничтожено 56 065 человек. К этому мы должны добавить тех, которые были убиты во время взрывов, при пожарах и т. д., количество которых учесть невозможно.

Мрачные показания о массовых убийствах евреев были также представлены Трибуналу путем демонстрации фильма, показывавшего общие могилы сотен жертв, впоследствии обнаруженных союзниками. Все эти зверства были присущи политике, начатой в 1941 г., и нет ничего удивительного в том, что, согласно показаниям, один или два немецких чиновника тщетно пытались протестовать против тех зверских методов, которыми проводилось умерщвление. Но методы, к которым прибегали, никогда не были схожи один с другим. Резня в Ровно и Дубно, о которой говорил немецкий инженер Грабе, представляла собой один метод, систематическое истребление евреев в концентрационных лагерях явилось другой частью «окончательного разрешения проблемы», выражавшейся в том, что со всей оккупированной немцами Европы евреев сгоняли в концентрационные лагери. Их физическое состояние решало для них вопрос жизни или смерти. Всех трудоспособных людей использовали для рабского труда в концентрационных лагерях; все неспособные работать уничтожались в газовых камерах, после чего их трупы сжигались. Для этой цели были специально выделены некоторые концентрационные лагери, как, например, Треблинка и Освенцим.

По вопросу об Освенциме Трибунал заслушал показания Гесса, с 1 мая 1940 г. по 1 декабря 1943 г. являвшегося комендантом лагеря. Он заявил, что только в одном лагере Освенцим за этот период времени было истреблено 2 500 000 человек, помимо того, что 500 000 погибло от болезней и голода. Гесс на суде в следующих словах рассказал о том, каким образом отбирались те люди, которых предполагалось уничтожить: «В Освенциме было два дежурных врача, занимавшихся осмотром транспортов прибывавших заключенных. Заключенных прогоняли мимо одного из врачей, который тут же на месте, пока они проходили мимо него, принимал решение относительно их трудоспособности. Трудоспособные заключенные направлялись в лагерь. Остальных немедленно направляли на установки для уничтожения.

Дети раннего возраста непременно уничтожались, так как слабость, присущая детскому возрасту, не позволяла им работать. Мы ввели еще одно усовершенствование по сравнению с Треблинкой; в этом лагере жертвы почти всегда знали о том, что их собираются истребить, в то время как в Освенциме мы пытались обманывать заключенных, заставляя их думать, что они должны пройти санобработку. Они, конечно, нередко разгадывали наши действительные намерения, и в связи с этим нам приходилось иметь дело с беспорядками и различными затруднениями. Очень часто женщины прятали детей под свою одежду, но, конечно, когда мы их находили, мы отбирали детей и истребляли».

Он в следующих словах описывает процесс убийства: «На убийство людей в газовых камерах обычно уходило от 3 до 15 минут в зависимости от климатических условий. Мы знали, когда люди умирали, так как со смертью прекращались их крики. Перед тем, как открыть двери и удалить тела, мы обычно выжидали в течение получаса. После того как тела выносили из камер, наши специальные команды снимали с них кольца и извлекали золото с зубов, выдранных у трупов».

Избиения, голод, истязания и убийства были всеобщим явлением. Заключенные подвергались жестоким экспериментам. В августе 1942 года в Дахау жертвы погружались в холодную воду и оставлялись там до того, пока температура их тел не понижалась до 28° по Цельсию, после чего они немедленно умирали.