К концу 1941 года организационная структура производства ЦРЛ представляла собой 11 бригад, в том числе 4 сборочные бригады, 2 кладовые (инструментальная и промежуточная), ремонтную группу и механическую мастерскую, которые подчинялись начальнику производства.

После перехода с марта 1942 года на серийный выпуск специальной аппаратуры существенно изменилась структура производства и его объем. Начальником производства был Лев Давидович Гаухман. Была решена основная задача – создание замкнутого цикла производства за счет введения всех технологических процессов, присущих радиотехническому производству.

Было организовано изготовление радиодеталей всех типов, за исключением деталей, требующих использования химических процессов. Было введено намоточное производство (изготовление трансформаторов, дросселей, проволочных сопротивлений и пр.). Был организован монтаж серийной аппаратуры, регулировка и комплектование готовой продукции.

Производству была придана четкая организационная форма. Были созданы цеха: № 1 – токарно-механический, № 2 – нормальных деталей, № 3 – слесарно-сборочный (в том числе малярные и гальванические покрытия). Был образован отдел монтажа и выпуска.

Было создано планово-производственное бюро (начальник – Ф. М. Шерман), ведущее как календарное планирование, так и планирование заделов, выполняемых заготовительными цехами. Была создана дублирущая система технического контроля (начальник Центральной испытательной станции – В. А. Федоров).

Перестройка ЦРЛ, использование широкой нормализации деталей, интенсивное использование высокопроизводительного инструмента и прессового оборудования, напряженная работа сотрудников и членов их семей позволили выпустить в 1942 году 2360 специальных изделий и 1118 акустических приборов для решения различных оперативно-техничеких и военных задач.

Было организовано производство кварцевых стабилизаторов, обеспечивающее все потребности НКВД и НКГБ, и производство источников тока (сухих элементов особо малого размера и веса) для электропитания малогабаритной аппаратуры из-за невозможности получения их в это время от НКЭП или из-за границы.

При разъединении НКВД и НКГБ в мае 1943 года из 2-го спецотдела НКВД были выделены оперативные отделения, группа материально-технического обеспечения, секретариат, радиошкола, мастерские, и на их базе был создан Отдел «Б» (ОТ) под руководством Лапшина.

При этом ЦРЛ осталась в 4-м спецотделе НКВД под руководством Кравченко. После возвращения в 1943 году из Свердловска в Кучино ЦРЛ разместилась на прежней территории в оставленных в 1941 году производственных, вспомогательных и жилых помещениях. По мере налаживания производственно-бытовой жизни уточнялись функции и возможности лабораторий.

6 апреля 1944 года было разработано положение о лабораториях 4-го спецотдела НКВД. Приказом НКВД был определен статус лабораторий, структура кадрового состава, организация труда, правила финансирования лабораторий.

За ЦРЛ прежде всего закреплялся статус научно-исследовательского подразделения, проводящего научно-исследовательские и экспериментальные работы в областях оперативно-чекистской и военной техники.

В интересах НКВД, НКГБ и НКО лаборатории поручалось проводить научно-технические разработки по созданию образцов радиоприемных, пеленгаторных и передающих устройств, для специальных радиосвязей, радиоразведки и контрразведки, различных акустических приборов и аппаратов для оперативных целей.

Для пограничных и внутренних войск НКВД, милиции и пожарной охраны – работы по созданию радиотехнических и сигнализационных устройств. По особым заданиям наркома внутренних дел осуществлялись разработки и выделялись специальные типы аппаратуры для особых выездных групп.

Наркоматом выделялись необходимые деньги, оборудование и кадры для развития опытно-производственной базы и опытно-эксплуатационной базы. На закрепленных полигонах, в радиоцентрах, радиоузлах и радиостанциях проводилась опытная эксплуатация разрабатываемой техники и систем.

Кроме финансирования из госбюджета ЦРЛ разрешалось осуществлять производственную деятельность по изготовлению мелкосерийной аппаратуры на основании договоров с заказчиками, заключаемыми на хозрасчетных основах.

Разрешалось покрывать бюджетные затраты по всем видам деятельности за счет заказчиков по договору с ними. Лаборатория открыла свой расчетный счет и имела самостоятельный баланс доходов и расходов.

На работе использовались штатные сотрудники НКВД, вольнонаемный состав, содержавшийся за счет специальных бюджетных ассигнований или за счет хозрасчетных сумм, высококвалифицированные заключенные специалисты и рабочие, направлявшиеся для работы в лабораториях начальником спецотдела с санкции наркома или его заместителей.

20 мая 1944 года к ЦРЛ была прикомандирована рота мастеров связи в количестве 150 человек для выполнения работ, необходимых пограничным войскам. Указанная рота использовалась на работах в слесарно-механическом, токарном цехах и как обслуживающий персонал. Квалификация бойцов была низкая и особой ценности эта рота для работы ЦРЛ не представляла.

Главное управление пограничных войск (далее – ГУПВ) заказывало ЦРЛ аппаратуру, главным образом, серийного характера, которая являлась подсобным средством оснащения пограничных войск, наряду с нормированной номенклатурной аппаратурой общеармейского характера.

Исключением являлась аппаратура, необходимая для разведывательных частей, которая по своему характеру была специфической, и поэтому ее изготовление в ЦРЛ оправдывалось необходимостью. Доля такой аппаратуры в общем плане ГУПВ составляла 16,7%. Остальные аппараты, составляющие 83,3% плана, могли быть заменены аппаратурой общеармейской номенклатуры.

Ограниченные производственные возможности ЦРЛ не позволили за 2 года использования бойцов спецроты обеспечить границы массовым выпуском станций. Поэтому ЦРЛ решающего значения на переоснащение средствами связи погранвойск не оказала.

Несмотря на это загрузка работами ГУПВ составляла от 25% до 55% процентов годового плана и значительно отвлекала силы научных сотрудников лаборатории, главным образом на серийное производство аппаратуры для погранвойск.

ЦРЛ должна была заниматься оснащением разведывательных частей погранвойск. Такая загрузка лаборатории соответствовала ее профилю. Однако командование ГУПВ начало загружать лабораторию производством серийной аппаратуры, что привело к ее превращению из научно-исследовательской организации в серийно-производственную заводского типа.

МГБ СССР посчитало неправильным использование ЦРЛ для производства массовой серийной аппаратуры, в то время как органы разведки госбезопасности из-за этого, были лишены возможности получать необходимую им аппаратуру от организации, призванной заниматься исследовательской работой для этих целей.

Обращало на себя внимание недопустимое с точки зрения конспирации явление, когда погранвойскам и органам разведки МГБ передавали для использования однотипную аппаратуру. Примером этому могла служить 5-киловаттная радиостанция на американских лампах «Тайфун», слежечный приемник «133» и агентурная радиостанция «Белка». Это касалось и общих стандартных деталей, которые ставились как на аппаратуру погранвойск, так и агентурного назначения.