Атака на Ингушетию произошла в то время, когда ФСБ была занята структурной реорганизацией. Кроме того, Кремль хотел показать, что война действительно закончилась, что достаточно полицейской операции МВД, чтобы поддерживать порядок в Чечне. Это отражало новый подход спецслужб к действиям в нестабильных республиках. Теперь почти вся ответственность была возложена на МВД. ФСБ — так же как и армия — продолжала проводить спецоперации в республике, но к лету 2004 года было принято решение, что наведением порядка займется МВД.

К июлю 2004 года на Северном Кавказе сложилась исключительно запутанная ситуация: по меньшей мере три управления ФСБ центрального аппарата, региональные управления ФСБ, подразделения ГРУ и МВД действовали одновременно на одной территории. Координация между ними была очень слабая или отсутствовала.[227]В августе Кремль попытался исправить положение.

Так называемые Группы оперативного управления (ГрОУ) были созданы в каждом регионе Южного округа (всего 12 групп), их возглавили офицеры внутренних войск МВД в ранге полковников. Каждый из 12 полковников также автоматически получил должность первого заместителя председателя антитеррористической комиссии, которым обычно является первое лицо в регионе. 16 августа Владимир Путин лично принял полковников в Кремле. Группы находились в прямом подчинении МВД. Задачей этих групп была координация совместных действий силовиков в случае террористического акта в регионе.[228]

В случае захвата заложников или вторжения боевиков командир ГрОУ автоматически становится руководителем оперативного штаба, и он вправе принимать решения без согласования с Москвой. Создание 12 групп означало перенос ответственности с федеральных структур на региональный уровень.

В 1990-х годах все решения во время серьезных терактов принимались центральной властью в Москве.[229]Новая система создавалась с прицелом на децентрализацию антитеррористических действий. (При этом Кремль не разглашал имена полковников, чтобы снять с них ответственность перед обществом в случае провала той или иной операции.)

24 августа 2004 года в 21:35 и в 22:30 из московского аэропорта Домодедово вылетели два самолета — Ту-134 и Ту-154, выполнявшие внутренние рейсы. Около 23:00 оба лайнера практически одновременно взорвались в нескольких сотнях километров друг от друга. В самолетах погибло 89 человек. В первые же дни после инцидента стало ясно, что самолеты взорвали две женщины-смертницы.

31 августа еще одна смертница подорвалась недалеко от центра Москвы, около станции метро «Рижская». Погибло десять человек, ранен 51. Впоследствии оказалось, что все эти теракты служили лишь для отвлечения внимания спецслужб перед значительно более масштабным терактом, запланированным на следующий день.

1 сентября 2004 года более сорока террористов, вооруженных автоматами и гранатометами, похищенными во время рейда на Ингушетию, захватили школу в городе Беслане в Северной Осетии. В заложниках оказались более 1100 человек, из них 770 детей.[230]

В первые же часы после захвата школы террористы расстреляли больше десяти человек, взрослых мужчин, и выбросили их тела из окон школы во двор. При этом первые два дня террористы требовали от властей, чтобы переговоры вели президенты Ингушетии и Северной Осетии, а также детский врач Леонид Рошаль. Каждому переговорщику, заходившему в школу, они разрешали забрать несколько заложников, демонстрируя таким образом свою готовность к переговорам. Например, террористы позволили войти в школу бывшему президенту Ингушетии Руслану Аушеву и в качестве знака доброй воли отпустили 26 человек.

Однако боевики отказывались разговаривать с журналистами, заявляя, что те могут быть информаторами ФСБ. (Известную журналистку Анну Политковскую могли пустить в школу, но 1 сентября ее преднамеренно — как считала она и сотрудники редакции «Новой газеты» — отравили в самолете по пути в Беслан. Результаты ее медицинских анализов исчезли из клиники, в которую она попала, что укрепляет подозрения в причастности спецслужб к этому отравлению.)[231]

3 сентября, в пятницу, на третий день захвата заложников, ничто не предвещало штурма. Оцепление вокруг школы, в котором стояли солдаты-срочники, было ослаблено, новая военная техника не подходила.