Верхняя дата существования кладбища соответствует времени окончания постройки наиболее известного памятника Коломенского – церкви Вознесения Господня. Многочисленные археологические изыскания, проведенные в церкви и ее окрестностях в течение ряда лет, пополнили музейный фонд образцами белокаменного декора, фигурного и клейменого кирпича, позволили судить о масштабах, времени сооружения и перестройках этого памятника и его архитектурно-строительных особенностях.

В фонде хранится богатая коллекция фрагментов белокаменного декора церкви Вознесения. В нем доминирует библейская орнаментальная символика – плоды и ветви растений, виноградные лозы. Фрагменты декора являются частью утраченных вскоре после завершения постройки внешних украшений церкви Вознесения.

По фрагментам можно графически реконструировать первоначальный облик церкви.

С возведением церкви Вознесения открывается новый период в развитии Коломенского как царского села. Активная застройка здесь начинается в середине XVII века. Наблюдения и археологические раскопки позволили точно выявить расположение построек. Известны границы фундаментов «восьмого чуда света» – деревянного дворца царя Алексея Михайловича, Кормового и Хлебного дворов, стрелецких караулен. На протяжении многих лет археологическая коллекция пополняется предметами XVII века, позволяющими представить внешний вид дворца, внутреннее убранство дворцовых помещений, известное только по отрывочным и противоречивым письменным источникам, интерьеры хозяйственных построек, быт людей. Это фрагменты слюдяных окон и железного декора, печные изразцы, кирпичи с клеймами, дверные и оконные крепления, засовы и замки, кованые гвозди, пуговицы, нательные кресты, керамика и многое другое.

Эпоха XVIII века в собрании музея представлена большим количеством монет, штофного стекла, западным и российским фарфором, столовой керамикой разнообразной формы, фрагментами оружия и военной амуниции (свинцовые пули, картечь, чугунные ядра, оружейный кремень, пуговицы от мундиров), курительными «турецкими» трубками. Все это помогает детально представить быт и хозяйство угасающей летней резиденции российских царей.

Большая коллекция глиняных курительных трубок, произведенных в Москве или привезенных из-за рубежа, интересна своим оформлением и клеймами, позволяющими определить мастерскую и время изготовления каждого предмета.

В музее хранится и частью экспонируется коллекция предметов из раскопок в Свято-Даниловом монастыре, переданная доктором исторических наук Л.А. Беляевым. Она включает более двух тысяч предметов, датирующихся X–XIX веками. Это полные формы и фрагменты керамики и изразцов, а также стеклянные и фарфоровые сосуды, ювелирные украшения, нательные кресты, пуговицы, стеклянные бусины и другие предметы.

Особого внимания заслуживает представительное собрание крестов-тельников, выполненных литьем по восковой модели из меди, иногда с последующей инкрустацией перегородчатой эмалью. Отдельная часть крестов изготовлена из низкопробного серебра и золота. Материал исполнения и манера украшения дают представление о социальном положении владельца, а также указывают на характерные черты развития русского ювелирного искусства XVI–IX веков.

По художественному стилю, формам и иконографическим схемам кресты-тельники из некрополя Свято-Данилова монастыря имеют многочисленные аналоги в других музеях России: Эрмитаже, Государственном Историческом музее, Музее истории Москвы.

Сосуды, найденные в погребениях, изготовлены из глины, стекла, фаянса, фарфора. Древнейшими из них являются керамические сосуды для елея (XV–XVI в.). В позднейшее время сосуды, до помещения в погребение, использовались в быту. Стеклянные предметы представлены в основном стаканчиками, штофами, аптекарскими бутылочками; фаянсовые и фарфоровые – чашками и кружками. На основании клейм, форм, росписи по фарфору и фаянсу можно судить о месте изготовления предметов на западноевропейских заводах или в частных мастерских Москвы и Санкт-Петербурга.

Разнообразна коллекция керамики из раскопок в Свято-Даниловом монастыре. Это горшки, кубышки, миски, сковородки, светильники, кувшины, помадные банки.

В музее находится принятая в дар коллекция случайных находок из собрания археолога, доктора исторических наук А.К. Амброза. Часть ее составляют фрагменты краснолаковых и чернолаковых сосудов из Северного Причерноморья.

Фонд включает предметы быта и этнографии, происходящие из различных регионов России, и насчитывает более 1000 предметов начала XIX – середины XX века. Основу фонда составляет коллекция, собранная в селениях, окружавших бывшую царскую резиденцию «Коломенское», – селе Коломенском, селе Дьякове и деревне Садовой слободе, и отражающая характер местного быта.

В нее входят сельскохозяйственные и другие орудия, утварь из металла, дерева, керамики, мебель, изразцы керамики. Вещевой материал характеризует основные занятия жителей – огородничество и садоводство, и особенности культуры, сочетавшей городское влияние и сохранение традиции. Среди них – редко встречающиеся в музейных коллекциях колы для посадки рассады капусты и картофеля конца XIX – начала XX века, отличающиеся своими декором и надписями, которые указывают на время изготовления и принадлежность жителям. Эта коллекция из селений, в настоящее время вошедших в состав города Москвы, важна не только для изучения местного краеведения, но и исследования бытовой культуры города Москвы и всего Подмосковья в целом.

В фонд поступили различные емкости из дерева, бересты, лозы (короба, пестери, корзины), орудия прядения и ткачества (прялки ручные и ножные, ткацкие станы), весы и весовые принадлежности (весовые коромысла, безмены), керамические сосуды (горшки, миски, кувшины), игрушки и т. д. Целый ряд предметов дает возможность увидеть многообразие бытовой утвари и инструментария русского крестьянства, обеспечивающих выполнение различных видов деятельности при помощи специальных приспособлений и хранение в специальных емкостях (медовик для хранения меда, картофельница для слива картофеля, «машина» для лущения кедровых орехов и многие другие). Предметы выполнены из различных материалов и украшены разными техническими приемами: резьбой, росписью, токарной работой, отражающих как местную специфику культуры, так и характер оформления предметов всего русского народного искусства – совершенство формы наряду с декоративностью, радостным, праздничным мироощущением и восприятием окружающего мира.

В состав данной коллекции входит около 2500 предметов, многие из которых поступили в музей с самого начала его существования.

В числе первых экспонатов – рукописные материалы и книги из библиотек Николо-Угрешского и Николо-Перервинского монастырей, а также из целого ряда подмосковных (Зюзино, Капотня, Борисово, Измайлово, Софрино) и некоторых московских церквей, чье поступление в музей связано с именем выдающегося деятеля русской культуры, первого директора музея-заповедника П.Д. Барановского.

В фонде представлены богато иллюстрированные старообрядческие рукописи, поступившие в том числе и из моленных, находившихся на территории Коломенского. Книжное собрание музея активно пополнялось раритетами XVI–XIX веков, особенно в период 1980–1995 годов.