Итоги штурма заставили японцев отказаться от повторений столь решительных атак в дальнейшем и перейти к правильной осаде.

Второй штурм начался 6 сентября, и к утру 7 сентября японцы овладели передовыми позициями русских — Водопроводным и Кумирненским редутами и Длинной горой. 8—9 сентября шел упорный бой за Высокую гору, в которой японцы видели ключ к Порт-Артуру. Однако японцам не удалось взять Высокую гору — её сохранением в результате боев 9 сентября русская армия обязана глазомеру и находчивости полковника Ирмана, решительности лейтенанта Подгурского и героизму стрелков 5-го полка. Подгурский с тремя охотниками выбил пироксилиновыми шашками три роты японцев, занявшие было люнеты. Потери русских составили 1500 человек, японцев — 6000.

После этого японцы сосредоточили свое внимание на ведении технически сложных осадных работ. Ими предпринимались попытки подорвать русские форты при помощи минных галерей, но они провалились благодаря усиленной работе русских военных инженеров и саперов. Развернулась настоящая подземная война.

К концу сентября японцы доставили под Порт-Артур купленные в Германии 280-мм осадные орудия. Это было смертельное оружие для крепости, укрепления которой были рассчитаны на обстрел только 152-мм снарядами.

В крепости начались серьезные проблемы с продовольствием, запасы таяли, организовать снабжение морем в условиях господства на нем японского флота не представлялось возможным. В гарнизоне вспыхнула эпидемия цинги.

Снаряды осадных орудий не щадили в крепости никого. 14 октября осколком такого снаряда в голову был ранен командующий обороной генерал-адъютант Стессель.

17 октября японцы при поддержке ураганного огня артиллерии предприняли очередную попытку штурма. Несмотря на все сложности, этот натиск был отбит и японские потери снова в несколько раз превысили русские.

В ноябре японцы несколько изменили тактику. Главной целью их атак стала господствующая над крепостью гора Высокая. Овладев ей, японцы получали возможность корректировать огонь своей осадной артиллерии по гавани и укреплениям. Сама гора находилась вне обвода крепости и была защищена только полевыми укреплениями. Бои за этот пункт продолжались около десяти суток. Вершина горы несколько раз переходила из рук в руки, пока, наконец, не осталась за японцами. Успех дался им дорогой ценой — потери составили 12 тысяч человек (у русских — только 4000).

Разместив на вершине Высокой корректировочный пункт, японцы в течение недели огнем 280-мм орудий уничтожили все корабли порт-артурской эскадры. Положение крепости дошло до критической отметки. Число раненых и больных почти сравнялось с количеством способных держать оружие.

2 декабря во время посещения форта №2 прямым попаданием 280-мм снаряда был убит порт-артурский Гектор — начальник сухопутной обороны крепости генерал-майор (посмертно он получил звание генерал-лейтенанта) Роман Исидорович Кондратенко. С ним вместе погиб весь его оперативный штаб — 8 офицеров.

Начальником сухопутной обороны крепости был назначен генерал-лейтенант Фок. Японские снаряды, наводимые с ужасающей точностью, буквально перемалывали укрепления.

В середине декабря защитники были вынуждены оставить форты и отойти на вторую линию обороны. Фактически началась агония крепости.

19 декабря японцы выбили ослабевшие части гарнизона с «китайской стенки» (так назывались построенные еще китайцами укрепления, игравшие в Порт-Артуре роль второй линии обороны) и вынудили на отдельных участках отступить к центральной ограде.

Это был конец. И в романе Степанова и во многих исследованиях, написанных под его влиянием, можно встретить обвинения в адрес генерала Фока о преждевременном оставлении некоторых позиций, стремлении сдать крепость и т. д. Авторы этих мнений очень слабо представляют себе ситуацию в осажденной и находящейся на пределе своих возможностей крепости. Как раз описания последних дней обороны Порт-Артура — самая слабая часть романа. Мемуары защитников рисуют всеобщую картину истощения, нехватки сил и средств, упадка боевого духа. Крепость действительно подошла к пределу своих оборонительных возможностей, и не злая воля генералов Фока и Стесселя, а объективные обстоятельства поставили вопрос о конце обороны.

16 декабря генерал Стессель собрал военный совет, чтобы обсудить возможности дальнейшей обороны крепости. Но прежде чем рассказать о совещании, рассмотрим несколько военно-теоретических и юридических аспектов.

Военная теория говорит о том, что полностью изолированная крепость, осаждаемая врагом, обладающим достаточным техническим уровнем, рано или поздно обречена быть взятой или капитулировать. Со времен маршала Вобана осадные технологии гарантировали взятие любых укреплений, и борьба между обороняющимся и осаждающим шла не за неизбежный итог, а за время, Выиграв время, осажденный мог рассчитывать на такое изменение военной обстановки в целом, которое бы заставило противника снять осаду.

Это теория. Если ее применить к Порт-Артуру, то очевидно, что спасти крепость могло только наступление русской Маньчжурской армии, которое одно могло заставить японское командования снять осаду. Но такого наступления в планах Куропаткина даже не значилось. Теоретически крепость могла устоять до конца боевых действий, но в декабре 1904 года о возможном заключении мира не думали ни русские, ни японцы.

С юридической точки зрения капитуляция осажденной крепости всегда была делом подсудным. В XVIII веке действовал негласный принцип: «Русская крепость может быть взята штурмом, но капитулировать не может никогда». Однако в XIX веке в «Положении о крепостях» появилась оговорка — преступлением считалась капитуляция крепости до исчерпания всех возможных пределов обороны.

Но как определить это самое «исчерпание пределов»? Как мы помним, даже генералу Бодиско пришлось выслушивать обвинения в преждевременной капитуляции Бомарзунда.

Ситуация в Порт-Артуре была много сложнее. Из докладов генералов на военном совете вырисовывалась следующая картина — гарнизон крепости серьезно ослаблен голодом и болезнями. Число раненых, больных и ослабевших превысило число тех, кто мог сражаться. Заканчивались медикаменты, а госпитали подвергались обстрелам противника. В строю оставалось, по формальным подсчетам, около 14 тысяч человек, но реально готовыми к бою было не более 10 тысяч, а им предстояло оборонять 18-верстный оборонительный периметр, сократить который не было возможности.

Крепостные орудия за время осады израсходовали свой ресурс. Каналы стволов были изношены, что затрудняло точную стрельбу. Боезапас также был на исходе. Наиболее необходимых фугасных снарядов осталось менее 10 на крупнокалиберное орудие, унитарных выстрелов для скорострельных пушек — около 60 на ствол, т. е. на несколько часов стрельбы.

Продовольственные запасы позволяли на скудном рационе продержаться еще месяц.

Однако все генералы, принимавшие участие в совете, высказались за продолжение обороны. Никто не хотел первым заявить о сдаче. Офицерская честь не позволяла им думать о спасение своей жизни, пока в их распоряжении еще оставались средства к сопротивлению. Но из докладов вырисовывалась следующая картина — продолжительность обороны зависела от действий противника. Крепость не могла выдержать нового штурма, и срок ее жизни теперь определялся тем, когда японцы решат его предпринять.