Вскоре после этого Г.М. Семенов с Р.Ф. Унгерном принялись за создание антибольшевистских вооруженных отрядов — началось формирование Особого Маньчжурского отряда (ОМО). Материальной базой отряда послужило захваченное имущество гарнизона. Фактически ОМО начал свое существование с 9 января 1918 г. В отряд в основном шли офицеры, прибывающие в Маньчжурию из России. Сначала к Семенову присоединились 9 офицеров, 35 казаков и добровольцев, 40 монголов, затем уже более сотни офицеров и казаков из демобилизованной с фронтов Первой мировой войны Уссурийской дивизии. В период формирования ОМО Семенова стали звать атаманом.

Вот что по этому поводу пишет он сам: «Будучи в чине есаула, я имел в своем подчинении генералов и штаб-офицеров, в отношении которых являлся их непосредственным начальником. Чтобы обойти неловкость подчинения мне старших в чине, высший командный состав отряда обратился ко мне с просьбой принять на себя звание Атамана О.М.О. Мое согласие сгладило все неловкости, так как если я имел незначительный чин, будучи, в сущности, еще молодым офицером, то мой престиж, как начальника отряда и инициатора борьбы с большевиками, принимался в отряде всеми без исключения и без какого-либо ограничения. Отсюда и произошло наименование меня “Атаман Семенов”. Впоследствии это звание было узаконено за мной избранием меня Походным Атаманом Уссурийского, Амурского и Забайкальского войск».

В конце января 1918 г. ОМО состоял из Монголо-бурятского полка, пешего Семеновского полка, двухорудийной батареи и насчитывал около 500 человек. 29 января силами ОМО Г.М. Семенов начал наступление на Читу, захватив станции Оловянная и Андриановка, но вскоре отвел свои части на ст. Маньчжурия, оставив небольшой отряд на ст. Даурия.

С февраля 1918 г. Семенову удалось установить контакты с представителями Японии, которые стали оказывать финансовую и военную поддержку (оружие, боеприпасы, военные инструкторы) его формированиям. Скажем, что в ОМО был также и японский батальон. Командиром батальона был капитан Окамура.

Впоследствии Григорий Семенов писал о событиях начала 1918 г.: «Японский батальон в короткое время заслужил репутацию самой крепкой и самой устойчивой части в отряде, и люди, составлявшие его, приучили нас, русских офицеров, солдат и казаков смотреть на японцев как на верных и искренних друзей национальной России, которые верность своим обязательствам ставят выше всего на свете, выше даже собственной жизни. Таким образом, в степях Забайкалья зародилась дружба и братство русских и японских солдат, которые были закреплены тяжелыми потерями, понесенными отрядом в этот период с превосходными силами противника».

В апреле 1918 г. Семенов начал новое наступление на Читу, но в результате контрнаступления Красной армии в мае 1918 г. его части вынуждены были отступить. 25 мая 1918 г. вспыхнуло восстание Чехословацкого корпуса, начавшего совместно с русскими офицерскими организациями борьбу против большевиков в Поволжье и в Сибири. Это облегчило в какой-то мере положение ОМО.

В сентябре 1918 г. чехословацкими частями совместно с Сибирской армией была занята Чита. 6 сентября в город вошли части ОМО. В сентябре 1918 г. по просьбе своих подчиненных Семенов принял звание полковника, а с октября 1918 г. стал войсковым атаманом Забайкальского казачьего войска, также при этом являясь командиром 5-го Приамурского и Восточного казачьего корпусов. 18 ноября 1918 г. в Омске произошел государственный переворот, в ходе которого директория была свергнута и установлена власть адмирала А.В. Колчака, объявленного Верховным правителем России. Г.М. Семенов отнесся к этому критически и не признал власть А.В. Колчака.

В результате этих событий 1 декабря 1918 г. А.В. Колчак объявил о смещении полковника Семенова со всех должностей. Несмотря на это, центр никак не мог повлиять на Г.М. Семенова, который в это время развернул свои войска в Отдельную Восточно-Сибирскую армию. С 23 апреля Г.М. Семенов — атаман казачьих войск Дальнего Востока. После долгого разбирательства отношения А.В. Колчака с Г.М. Семеновым были урегулированы, и 16 июня 1919 г. он был назначен командиром 6-го Восточно-Сибирского армейского корпуса.

18 июля 1919 г. стал помощником командующего войсками Приамурского военного округа и главного начальника Приамурского края. Правительством А.В. Колчака был произведен в генерал-майоры. Был утвержден в звании походного атамана Дальневосточных казачьих войск.

30 июля 1919 г. Г.М. Семенову предоставили право военного генерал-губернатора Забайкальской области и примыкающей к ней части Амурской области со штабом управления в г. Чите. 11 ноября 1919 г. Г.М. Семенов был назначен командующим войсками Читинского военного округа. 24 декабря 1919 г. был назначен главнокомандующим войсками Дальнего Востока и Иркутского военного округа, был произведен в чин генерал-лейтенанта, все это происходило в условиях восстания в тылу армии А.В. Колчака, которая несла тяжелые поражения на фронтах Гражданской войны. Г.М. Семенов пытался подавить меньшевистско-эсеровское восстание в Иркутске в декабре 1918 г. — январе 1919 г., направил туда свои части, но безуспешно.

По приказу адмирала А.В. Колчака возглавил все вооруженные силы белых на Дальнем Востоке, с 10 февраля — как главнокомандующий всеми вооруженными силами Российской Восточной окраины, а с мая 1920 г. — как главнокомандующий всеми вооруженными силами и походный атаман всех казачьих войск Российской Восточной окраины. После захвата красными Забайкалья белые под командованием атамана Г.М. Семенова отступили в Маньчжурию.

Созданное во Владивостоке в мае 1921 г. Временное Приамурское правительство братьев Меркуловых отказалось поддерживать Семенова. Не получив поддержки, Г.М. Семенов отправился в Шанхай. В Шанхае задержаться надолго не удалось, так же как и в Тяньцзине. На Семенова было совершено два неудачных покушения, в Китае оставаться было опасно. Семенов вначале хотел уехать в Японию, но правительство этой страны ему отказало в этом.

Наконец в 1922 г. с согласия французского правительства Г.М. Семенов выехал во Францию через Японию, Канаду и США. Находясь в США, Г.М. Семенов был ненадолго арестовал (был выпущен под залог. — Прим. автора) и втянут в судебный процесс из-за иска к нему со стороны ряда американских фирм за причиненный им ущерб в Забайкалье, а также за действия, направленные против американских военнослужащих.

Сумма иска доходила до 25 000 долларов. В апреле 1922 г. Семенов был оправдан, но по решению суда ему было предписано покинуть США. Этот процесс широко освещался в американской прессе. Григорий Михайлович вынужден был вернуться в Китай в том же 1922 г., где при поддержке знакомых генералов и офицеров японской армии, в основном благодаря содействию генерала Юхи смог переехать оттуда в Японию, в город Нагасаки.

Прибытие в Японию было ограничено обязательствами: не заниматься политической деятельностью и жить под другой фамилией. В Японию Г.М. Семенов прибыл в том же 1922 г. под псевдонимом Эрдени, но его вскоре разоблачили журналисты, И Г.М. Семенов фактически, таким образом, легализовался. Вплоть до 1924 г. Г.М. Семенов был лишен передвижения но стране и жил только в Нагасаки.