В 1948 г. после защиты и получения диплома о высшем образовании назначен на должность главного инженера прииска «Спокойный» Северного управления.

В 1952 г. становится главным инженером прииска «Верхний Ат-Урях», до 1953 г. наряду с прииском «Спокойный» входящего в состав Северного горнопромышленного управления.

В июле 1956 г. переведён на должность заместителя начальника технического управления Главного управления Дальстроя МЦМ СССР, вместе с семьёй переезжает в г. Магадан.

Итогом научной и изобретательской деятельности Е.И. Богданова, его усилий, внедрения разработанных и воплощённых в металл горных машин и оборудования стала защита в 1962 г. в Ленинградском институте диссертации «Исследование конвейерных ленточных отвалообразователей», ему была присуждена учёная степень кандидата технических наук.

В 1970 г. Е.И. Богданов успешно защищает диссертацию на соискание учёной степени доктора технических наук «Научные основы создания машин и оборудования для разработки россыпных месторождений Северо-Востока». В основу диссертации положены разработанные Е.И. Богдановым материалы по техническому перевооружению горной промышленности Северо-Востока России, послужившие также основанием для специального постановления Комитета по науке и технике относительно создания специализированных горных машин. Таким образом, рекомендации, содержащиеся в исследовании, были сразу же внедрены в производство. Диссертационная работа Е.И. Богданова – это обобщение многолетних исследований и взгляд в будущее. В ней научно обоснованы главные направления и на годы вперёд определены перспективы создания специально горной техники и технологий для разработки россыпных месторождений в суровых северных условиях.

Директор Северо-Восточного комплексного научно-исследовательского института академик Н.А. Шило в июне 1969 г. так писал в отзыве на докторскую диссертацию Е.И. Богданова: «Своей неутомимой изобретательской и конструкторской деятельностью он известен широкому кругу специалистов – геологов, горняков, обогатителей… Ряд изобретений Е.И. Богданова вошли в арсенал основных технических средств горных предприятий Северо-Востока. Экономическую эффективность и актуальность изобретений Е.И. Богданова трудно переоценить в развитии и техническом прогрессе горной промышленности Северо-Востока. Именно на период широкого промышленного внедрения этих изобретений приходится значительное повышение производительности труда на горных работах».

Из отзывов на докторскую диссертационную работу Е.И. Богданова: «Во всем, что сделано в области научно-технического прогресса на Крайнем Северо-Востоке, имеется его труд, вложена его кипучая энергия, его талант» (профессор, лауреат Государственной премии Б.Б. Евангулов); «Е.И. Богданов является одним из видных в Советском Союзе исследователей в области горного оборудования, пользуется большим и заслуженным авторитетом в среде научной и инженерной общественности» (профессор, лауреат Государственной премии И.А. Леоненко; доктор технических наук, профессор К.В. Соломин). В этих словах – концентрированный итог предельно напряжённой жизни, итог тридцати пяти лет, отданных Колыме и до самоотвержения подчинённых одной цели.

В мае 1969 г. Богданов перешёл на работу во Всесоюзный научно-исследовательский институт золота и редких металлов (ВНИИ-1), где возглавил лабораторию северных машин, а в январе 1970 г. его назначили заместителем директора института по научной работе.

В конце 1971 г. Е.И. Богданов занял по конкурсу должность заведующего кафедрой «Подъёмно-транспортные машины и оборудование» Северо-Западного заочного политехнического института (СЗПИ, ныне Северо-Западный государственный заочный технический университет) и сразу же приступил к созданию научного направления по совершенствованию горнотранспортной техники. В 1973 г. он был утверждён в учёном звании профессора.

В 1971–1983 гг. Богдановым разработаны и внедрены хорошо известные сегодня в горной практике конструкции отвалообразователей ОЛОЗ-2-1000, отсадочных машин ОМТ-1-1600, спиральных обезвоживателей ОСП-1-130, консольных скрубберных агрегатов АСК-200, погрузчиков-питателей пластинчатых БППП-1-П00 и цепных ПСЦ-5, подъёмных переставных конвейеров КПП-2-1000 и др.

В 1980 г. по договору с ВПО «Союззолото» на кафедре начали совместные с ЦКБ ВНИИ-1 и ПО «Северовостокзолото» работы по созданию транспортно-обогатительного комплекса ТОК-2000К для промывки и обогащения песков при разработке россыпных месторождений золота. К этому времени все работы этого направления выполнялись в рамках государственной программы ОЦ.039ГКН СССР, где СЗПИ был одним из исполнителей.

Труды Е.И. Богданова и сейчас не потеряли своей актуальности, они широко востребованы специалистами россыпной золотодобывающей промышленности, научными сотрудниками, преподавателями и студентами вузов горного профиля. В его работах можно найти оригинальные идеи и предложения по совершенствованию технологий и оборудования при разработке россыпных месторождений открытым и подземным способами.

Разработанная Е.И. Богдановым технологическая схема переработки песков россыпей драгой имеет существенные преимущества по сравнению с применявшимися ранее. В созданной Е.И. Богдановым отсадочной машине типа ОМТ отсадке подвергается горная масса в процессе принудительного транспортирования её механическим способом, что позволило придать данным машинам новую функцию: обогащение крупных фракций песков и извлечение самородков.

С появлением мощных промывочных приборов серьёзной проблемой на разработке россыпных местонахождений стало размещение значительных объёмов «хвостов» скруббера (плюсовых фракций). Применявшиеся для этих целей конвейеры позволяли складировать в отвал только небольшую часть «хвостов». Е.И. Богданов успешно решил эту проблему, создав опорно-звеньевые ленточные отвалообразователи (стакеры) СПЗ-II-650 и СПЗ-II-800, способны складировать объёмы «хвостов», в десятки раз превышающие объём первичного отвала.

Почти все научные и конструкторские разработки Е.И. Богданова и его соратников выполнялись на уровне изобретений.

Работая в Ленинграде, Евгений Иванович не прерывал связей с Дальним Востоком. Так, в 1976 г. Е.И. Богданов и академик Н.А. Шило представили в Госплан СССР совместный доклад о проявлениях платиноидов на севере Хабаровского края. Богданов хотел создать в Хабаровске, центре горнодобывающей промышленности Дальнего Востока, Институт горного дела – академическую организацию, способную решать проблемы эффективного освоения минерального сырья региона. В соответствии с Постановлением Совета министров СССР № 56 от 21 января 1980 г. Президиум Академии СССР принимает решение «…организовать в гор. Хабаровске в составе Дальневосточного научного центра АН СССР Институт горного дела АН СССР на базе лабораторий горного дела Хабаровского комплексного научно-исследовательского института АН СССР». Через три года было подписано распоряжение Дальневосточного научного центра АН СССР № 160/21х от 10 марта 1983 г.: «Организовать в г. Хабаровске Институт горного дела АН СССР на базе лабораторного горного дела Хабаровского комплексного научно-исследовательского института АН СССР». С января 1983 г. Е.И. Богданов – член Президиума ДВНЦ и директор – организатор института, а 14 марта 1984 г. постановлением общего собрания Академии наук СССР он утверждён в должности директора Института горного дела Дальневосточного научного центра.