Одновременно с этими боями в тылу формировались новые части морской пехоты. Во второй половине дня 29 июня 1942 года в районе Казачьей бухты из личного состава 20-й морской авиабазы был сформирован батальон морской пехоты ВВС ЧФ под командованием лейтенанта И. П. Михайлика. В этот же день в Камышовой бухте был сформирован из состава химических и спецчастей флота второй батальон морской пехоты в качестве резерва. На Корабельной стороне Севастополя был сформирован третий батальон морской пехоты из личного состава Черноморского флотского экипажа.

Одновременно с этим в Приморской армии были сформированы три батальона резерва на базе курсов младших лейтенантов, 191-го запасного полка и из зенитных частей на базе зенитно-пулеметного батальона. Это был последний резерв командующего Приморской армией; он занял оборону в районе Турецкого вала и на подходе к Камышовой бухте.

На следующий день, во второй половине дня 30 июня, также в районе Камышовой бухты, из остатков личного состава некоторых частей морской пехоты был сформирован «полк береговой обороны» численностью до 1500 человек.

Последним днем организованной обороны Севастополя стало 30 июня 1942 года. В этот день командир 109-й СД генерал-майор Новиков был назначен приказом командующего Приморской армией генерал-майора И. Е. Петрова на период 30 июня – 1 июля 1942 года начальником группировки войск прикрытия эвакуации. С собой командование Приморской армии и ЧФ забрали все командование стрелковых дивизий и бригад морской пехоты, в результате чего они к утру 1 июля 1942 года прекратили свое организованное существование.

В период 1–2 июля 1942 года, после фактического распада прежних частей из-за эвакуации их высшего командного состава на Кавказ 30 июня 1942 года, морская пехота Черноморского флота на последних рубежах обороны в районе мыса Херсонес была представлена следующими частями: Местный стрелковый полк во главе со своим командиром полковником Барановым, Сводный батальон ЧФ, Сводный батальон ВВС ЧФ, зенитно-пулеметный батальон, который был создан на базе зенитно-пулеметной роты 35-й береговой батареи.

Кроме того, в заключительных боях второй обороны Севастополя принимали непосредственное участие в качестве морской пехоты инженерные части ЧФ в лице 178-го отдельного инженерного батальона, 95-го отдельного строительного батальона, 5-й и 9-й отдельных аэродромных строительных рот.

После эвакуации в ночь с 1-го на 2 июля 1942 годда генерал-майора Новикова с частью командования 109-й СД на Кавказ организованное сопротивление войск бывшей Приморской армии на мысе Херсонес прекратилось. Боевые действия до 10 июля 1942 года вели отдельные группы военнослужащих, возглавляемые сержантами, старшинами и офицерами в звании до полковника.

Отдельным вопросом истории боев третьего штурма Севастополя немецкими войсками в июне – начале июля 1942 года является широкое использование против защитников Севастополя в последние дни его обороны, примерно с 29 июня 1942 года, частей специального назначения в лице уже упоминавшейся в описании боев второго штурма и евпаторийского десанта 6-й роты 2-го батальона полка «Бранденбург-800», которой в период третьего штурма Севастополя командовал обер-лейтенант Ганс-Герхард Банзен.

Практически во всех воспоминаниях защитников Севастополя, посвященных боям второго штурма, сообщения о действиях вражеского спецназа, или, как их тогда называли, – диверсантов, отмечается в последнею неделю боев за город, а точнее, с момента переправы главных сил немецких войск через Северную бухту и их высадки на плацдармах Корабельной стороны.

Об этом факте в своих мемуарах «Севастопольский бронепоезд» писал бывший старшина группы пулеметчиков бронепоезда «Железняков» Николай Александров. Описывая бои экипажа бронепоезда в районе Троицкого тоннеля на Корабельной стороне 29–30 июня 1942 года, он упоминает об уничтожении там в эти дни нескольких групп немецких солдат, переодетых в красноармейскую форму.

Но особенно часто о подобных эпизодах сообщается в мемуарах защитников города, посвященных последним дням его обороны на мысе Херсонес в первой декаде июля 1942 года. Как свидетельствуют участники последних боев, переодеваясь в красноармейскую или краснофлотскую форму, немецкие диверсанты и предатели старались посеять панику в ночное время в районе 35-й береговой батареи и побережья Херсонесского полуострова при приходе катеров для эвакуации стрельбой, пользуясь тем, что там были во множестве неорганизованные воины.

Командир 161-го стрелкового полка Л. А. Гапеев в своих воспоминаниях по этому поводу отмечал следующее: «Полк занимал оборону от Молочной фермы до Черного моря. В тылу 1-го батальона у Горбатого моста проникшая в ночь на 1 июля 1942 года диверсионная группа фашистов расстреляла поодиночке спавших в кабинах шоферов стоявшей у моста колонны автомашин. Находившийся в концевой автомашине командир застрелил одного диверсанта, остальные двое скрылись».

Один из бойцов Группы особого назначения Черноморского флота Н. Монастырский отмечал в своих воспоминаниях, что 1-го и 2 июля 1942 года на территории Херсонесского аэродрома вылавливали немецких диверсантов в форме матросов, которые подбивали одиночных бойцов стрелять по нашим самолетам, жечь боезапас, когда каждый патрон был на счету.

Боец этой же группы старший сержант В. Гурин в своих воспоминаниях написал, что после подрыва батареи группы фашистов на шлюпках и катерах высадились на мысе с целью пленить командный состав. Фашисты были одеты в красноармейскую форму и сумели просочиться в район 35-й батареи, при этом внесли панику среди бойцов. Всю ночь шел бой и вылавливание вражеских десантников, а утром, после рассвета, когда они стали явно заметны по своим сытым и холеным лицам, они были полностью ликвидированы. Их шлюпки и катера захватили счастливчики из бойцов на берегу.

Об активных действиях немецкого спецназа в боях за Севастополь в последние дни его обороны свидетельствует и тот факт, что 9 июля 1942 года обер-лейтенант Ганс-Герхард Банзен, командир 6-й роты 2-го батальона полка особого назначения «Бранденбург-800», кавалер Рыцарских Крестов I и II классов, был награжден Золотым Германским Крестом и стал одним из семи солдат и офицеров этого полка, удостоенных этой высшей военной награды нацистской Германии за весь период Второй мировой войны.

В боях за освобождение Севастополя 14 апреля – 12 мая 1944 года морская пехота Черноморского флота была представлена 83-й и 255-й БрМП, которые участвовали в боях в составе 16-го стрелкового корпуса Приморской армии, а также 472-й и 613-й отдельными штрафными ротами Черноморского флота.

В составе 613-й штрафной роты в боях за освобождение Севастополя принимал участие также и 558-й отдельный офицерский штрафной взвод Черноморского флота. Отдельный офицерский штрафной взвод ЧФ участвовал в боях под Новороссийском, на Таманском полуострове и в Эльтигенском десанте под Керчь.

613-я отдельная штрафная рота и 558-й отдельный офицерский штрафной взвод ЧФ были сформированы в начале сентября 1942 года. Действуя совместно, эти две штрафные части, во время боевых действий выполнявшие функции морской пехоты, принимали участие в боях по обороне и освобождению Северного Кавказа.