Древковое оружие (копья, нагината, секиры дно) ниндзя использовали нечасто, в основном из-за его больших габаритов. Впрочем, есть сведения об использовании некоторыми родами из Ига нагината, ударных копий, которыми можно было как колоть, так и рубить (дальневосточный регион знает несколько их разновидностей). «Пиратская версия» происхождения ниндзя (см. выше) настаивает на применении ими различных копий с крюками, багров и т. п. в бою на воде и на суше. «Потомком» этого оружия может быть камаяри – копье с двумя серповидными отростками, направленными не к наконечнику (для перехвата вражеского оружия, как обычно в подобных японских копьях), а в обратную сторону – таким оружием вполне можно было, например, стянуть всадника с лошади. Тяжелая секира оно на длинной ручке (хроники иногда называют ее «кабаний глаз» из-за характерного выреза на лезвии) была непременным атрибутом горных монахов-ямабуси, под которых иногда маскировались ниндзя, и также могла ими использоваться. Разумно предположить также использование ниндзя различных укороченных вариантов других видов обычного древкового оружия.

Прекрасным подручным средством в бою могла стать обычная палка дзё (в вариантах монашеского посоха, трости для ходьбы и даже коромысла) или боевой шест бо. Такое оружие при всей своей простоте имело одно большое преимущество – оно не вызывало особых подозрений у окружающих. Приемы боя шестом до 180 см длиной (бо-дзюцу) и длинной палкой (до 90 см, называвшейся хан-бо – «половинный шест»), а также обычной палкой-дзё были разработаны в Средневековье на основе копейного боя и боя с использованием нагината, а палкой-дзё – на основе высокоразвитого японского фехтования мечом (знаменитого кэндо, Пути меча). Использовались как «рубящие», так и «колющие», тычковые удары, причем подставлять шест или палку под меч не рекомендовалось никогда – японский меч легко разрубает даже крепкую дубовую палку или шест.

Популярностью среди ниндзя пользовались различные веревки и боевые цепи, например цепь с грузиками на концах (кусари, или же манрики гусари – «всесильная цепь») от 60 см до 2 м в длину. Таким оружием можно было опутать противнику меч, руки, шею, бросить как южноамериканскую охотничью «бола» (также представляющую собой веревку с грузом), чтобы сбить с ног, наносить удары, вращать вокруг себя, описывая восьмерки или петли (подобные приемы использовали и мастера кэндо – рубка способом «паучьи лапы», «петли ава» и т. д.). А. Горбылев считает, что ниндзя могли использовать и тигирики – разновидность кистеня с рукояткой, цепью и грузом на ее конце. Добавим, что боевые цепи были компактным оружием, которое можно было легко спрятать под одеждой.

Там же можно было спрятать уменьшенный вариант самурайского боевого серпа, называвшийся синоби кусаригама – оригинальный небольшой серп с короткой (до 15 см), но прочной рукояткой и лезвием в виде клюва попугая; такие же серпы, хотя менее прочные и с несколько более легким лезвием применяли и японские крестьяне для сельскохозяйственных работ. С той же стороны, что и лезвие, к серпу крепилась цепь длиной около 1 м с грузиком на конце. Бой с помощью кусаригама предполагал броски цепи, опутывающие и оглушающие противника, и молниеносные удары серпом. Стандартные самурайские боевые серпы имели более длинную цепь и несколько большие размеры. Но и с помощью синоби кусаригама можно было сражаться против практически любого оружия, наносить подсекающие удары, цепью душить врага или отбивать удары. Есть сведения о том, что ниндзя иногда прикрепляли к обратному концу цепи несколько петард или пакет с ослепляющим порошком, швыряя его в лицо противнику. Кроме того, серп мог использоваться и как полезное приспособление при лазании на стену и в горах, в качестве подсобного инструмента при взломе и т. д. (как пишет А. Горбылев, обычный серп, без цепи, ниндзя относили как раз не к оружию, а к приспособлениям – каши).

Некоторые авторы относят к традиционному оружию ниндзя кёкэцу-сёгэ – длинную веревку или цепь, на которой с одной стороны прикреплен двузубый нож с одним прямым и одним отогнутым вниз лезвием в виде крюка, а на другой – тяжелое металлическое кольцо. Это оружие может служить абордажным крюком, «кошкой», метательным оружием, веревкой или цепью можно опутывать руки и оружие противника, ножом же действовать как кинжалом. Но все дело в том, что существуют серьезные сомнения в том, существовало ли кёкэцу-сёгэ во времена реальных ниндзя – документы той эпохи о нем умалчивают (тренировки с этим оружием входят в программу подготовки современных «ниндзя»). Иногда к оружию ниндзя относят нунтяку («нунчаки») и металлический укороченный трезубец сай, что вообще неверно. Оба этих вида оружия происходят из арсенала крестьян с острова Окинава, родины каратэ, и относятся именно к этому виду боевого искусства, происходя, соответственно, от крестьянского цепа для обмолачивания риса и металлических вил. Так что их изучение в современных «школах ниндзюцу» вряд ли имеет какое-либо отношение к Пути невидимок.

Пристрастие ниндзя к компактным и не слишком бросающимся в глаза малым видам оружия легко объясняется спецификой шпионско-диверсионной деятельности – и сегодня многие виды вооружения для спецподразделений отличаются от стандартных армейских образцов компактностью и удобством в ношении. А среди самых компактных и, тем не менее, эффективных видов холодного оружия одно из первых мест по праву занимают разнообразные ножи и кастеты. Ниндзя нередко использовали обычные японские ножи танто, ношение которых в Японии не возбранялось. Существовали приемы обоеручного ножевого боя, двумя клинками сразу, что, в общем, не так уж удивительно для японского фехтования – так, искусство боя двумя мечами пропагандировал великий воин XVII века Миямото Мусаси. К наиболее компактному, потайному оружию ниндзя относят различные виды кастетов: в виде кольца с зазубринами, которое надевалось на палец (какутэ – «рогатая рука», кстати, нечто подобное использовали в Грузии, где такой кастет назывался «сатитени», и им можно было наносить очень неприятные рваные раны), серповидный тэккэн, надевавшийся на руку, палочки с кольцами для пальца или без такого кольца (конго, явара, тэноути, сунтэцу), в виде рогатки (матахасами).

В качестве оружия хорошо тренированный ниндзя должен был уметь использовать любые подручные средства – веер, палочки для еды (хаси), жезл ямабуси (докко). Некоторые приемы боя подобными предметами были введены в программы тренировок отдельных школ ниндзя. Определенное распространение имели разнообразные скрытые клинки-от длинных мечей, спрятанных в пустой трости (дошедшие до нас реальные образцы такого оружия, называвшегося сикоми-дзуэ, редко отличаются высоким качеством, в отличие от впечатляющего меча слепого самурая Затоичи из одноименного фильма культового японского кинорежиссера Такеси Китано), до маленьких ножевидных клинков, копьевидных лезвий и серпов кусаригама со складывающимся лезвием и убирающейся в полую рукоятку цепью. Распространенной следует считать практику маскировки оружия и вообще предметов, могущих вызвать подозрение в руках крестьянина, горожанина или монаха, под вполне обыденные предметы японского обихода – курительные трубки, кисеты, письменные принадлежности, посохи и даже… короткие мечи. Дело в том, что такое оружие в воинственную эпоху Сэнгоку дзидай – но не в более поздние времена Токугава – вызывало меньше подозрение, чем, например, короткий пистолет или подзорная труба – такие оригинальные «замаскированные» под меч образцы хранятся в японских музеях, в экспозициях, посвященных ниндзюцу.