Тем временем 1 октября нарком Военно-морского флота флагман флота 2-го ранга Н.Г. Кузнецов направил в ЦК ВКП(б) и СНК СССР докладную записку № 3011/сс: «При сем представляю на утверждение директиву, данную мной Председателю Комиссии в Эстонию от НКВМФ Заместителю Народного Комиссара Военно-Морского Флота Союза ССР флагману флота 2-го ранга тов. Исакову И.С. Директива согласована с Народным Комиссаром Обороны Союза ССР Маршалом Советского Союза тов. Ворошиловым К.Е.»[368]. Соответственно 2 октября Политбюро ЦК ВКП(б) приняло решение утвердить директиву наркома Военно-морского флота № 3010/сс от 1 октября о переговорах с Эстонией:

«Для разрешения всех вопросов, связанных с определением точных мест базирования Рабоче-Крестьянского Военно-Морского Флота и определения границ территорий их, в соответствии с договором между СССР и Эстонской Республикой, назначается комиссия под Вашим председательством, при членах:

Командующий Краснознаменным Балтийским флотом флагман 2[-го] ранга тов. Трибуц В.Ф.

Зам[еститель] Начальника Главного Морского Штаба капитан 1[-го] ранга тов. Алафузов В.А.

Командующий Военно-Воздушными Силами КБФ комбриг тов. Кузнецов А.А.

Зам[еститель] Начальника Технического Управления НКВМФ военинженер 2[-го] ранга тов. Гулим И.С.

Вам надлежит, согласовывая свои действия с Командармом 2[-го] ранга тов. Мерецковым, совместно с представителями Эстонского правительства определить места базирования кораблей флота, места установки береговых батарей, места позиций жел[езно]дор[ожной] артиллерии, аэродромы и территории, необходимые для расквартирования и обеспечения частей РКВМФ, переводимых в Эстонию.

Основными пунктами базирования и размещения считать Таллин, порт Палдиски и Рогекюль.

Состав сил

I. Флот

Линкор «Марат»

Крейсер «Киров»

Два лидера эсминцев

Четыре новых эсминца

Смешанная бригада подлодок (3 «С», 8 «Щ», 6 «М») вместе с плавучими базами.

Шесть дизельных тральщиков

Один минный заградитель

Один дивизион торпедных катеров РУ

Охрана водного района баз флота.

II. Береговая оборона

Выбрать районы для установки следующих береговых батарей:

1–180 мм башенная батарея на полуострове Церель

1–180 мм башенная батарея на полуострове Симпернес

2–130 мм открытые батареи в районе порт Палдиски

1–130 мм на острове [Хийумаа] (район о. Вормс – п/о Симпернес)

1–130 мм на острове [Сааремаа] (полуострове Кюбасар).

Выбрать районы позиций для 180 мм железнодорожной батареи, в районе порта Палдиски.

Выбрать места позиций для зенитной артиллерии.

III. Авиация

Выбрать места для размещения: по одной морской развед[ывательной] эскадрилье в Таллине, порт Палдиски и Аренсбурге;

Наметить возможность в перспективе разместить части Морской авиации в составе одного полка СБ и одного истребительного полка в районе Таллин – порт Палдиски.

IV. Сухопутные силы

Один железнодорожный батальон для обеспечения железнодорожной артиллерии и караульные части для обеспечения мест стоянок флота, аэродромов и складов.

V. Комиссии определить на месте:

а) потребность в необходимом количестве средств охраны водного района в портах Таллин, Палдиски и Рогекюль;

б) ремонтные возможности;

в) возможность получения складских помещений.

Осмотреть на месте казармы и здания, предоставляемые для размещения частей Рабоче-Крестьянского Военно-Морского Флота, а так же определить размеры первоочередного строительства.

Выехать из Москвы к месту работы 1.10.1939 г.

Работу закончить 10 октября 1939 года»[369].

4 октября Главный морской штаб издал директиву № 17723сс о порядке подготовки перевода отряда кораблей и частей береговой обороны КБФ на острова Моонзундского архипелага и в Палдиски. От начальников центральных управлений НКВМФ требовалось до 7 октября «разработать и дать предложения по организации питания указанного отряда КБФ в соответствии с его дислокацией», а также «потребность в материальном обеспечении перебазируемых кораблей и частей». При этом все предложения должны были быть «точно обоснованы действительной потребностью». Следовало принять «все меры к своевременному и бесперебойному обеспечению […] всем необходимым и положенным ему боевым имуществом и снабжением по плану подачи 1939 г.»[370].

Тем временем утром 2 октября в Таллин прибыла советская военно-техническая комиссия, а утром 3 октября – военно-морская комиссия[371]. Основываясь на этом факте, современные эстонские авторы привычно критикуют позицию Москвы, утверждая, что «заявить договаривающейся стороне об осуществлении предусмотренных договором мер до ратификации этого договора означало с самого начала нарушить договорные процедуры»[372]. Однако, во-первых, договор уже был ратифицирован эстонской стороной, а, во-вторых, сроки проведения переговоров военных представителей сторон в подписанных в Москве документах вообще не оговаривались, так что никаких «нарушений договорных процедур» не было.

В ходе начавшихся переговоров выяснилось, что эстонская сторона возражает против размещения советских войск в центральных районах страны. В 19 часов 4 октября эстонский посланник в Москве посетил наркома иностранных дел СССР и передал ему ноту, в которой указывалось на невозможность расширительного толкования ст. 3 пакта о взаимопомощи относительно мест размещения военных баз Красной армии. Поначалу В.М. Молотов хотел подискутировать по этому вопросу, но, посоветовавшись со И.В. Сталиным, решил пойти навстречу просьбе Эстонии. В результате в тот же день Москва предложила своей делегации отказаться «от размещения наших войск и аэродромов в Валге и центральных районах Эстонии… Советуем ограничиться, как местами размещения наших войск, прибрежными районами, островами и р[айо]ном Балтийского порта [Палдиски]»[373]. Со своей стороны эстонская делегация согласилась предоставить под базы Красной армии район Хаапсалу. Переговоры военных делегаций сторон завершились 10–11 октября подписанием соглашений о размещении войск и базировании флота в районах Палдиски, Хаапсалу, на островах Сааремаа и Хийумаа. В Хаапсалу советские войска размещались на время войны в Европе, но не более чем на 2 года, а КБФ на период сооружения баз получил право в течение 2 лет базироваться в Рогекюле (Рохукюле) и Таллине. Был оговорен порядок снабжения и посещения судами третьих стран районов базирования флота, причем полностью сохранялся суверенитет Эстонии, но учитывались и интересы советского флота[374]. 11 октября Эстонское телеграфное агентство сообщило, что генерал Й. Лайдонер «принял официальное приглашение посетить Москву. Дата визита будет установлена позже»[375].