В основе всех приговоров инквизиции лежал приговор об отлучении от церкви. В теории духовные наказания, налагаемые инквизицией, были тождественны тем, при помощи которых всякое облеченное властью духовное лицо могло лишить человека вечного спасения; но духовенство так осрамилось, что анафема в устах священника, которого не боялись и не уважали, в значительной степени потеряла, по крайней мере в рассматриваемую эпоху, свое значение. В то же время наказания инквизиции были действенным оружием в руках относительно небольшого числа энергичных людей, и никто не мог безнаказанно относиться к ним без уважения. Даже самые отчаянные люди — за исключением героев, которых можно пересчитать по пальцам, — не решались вступать с инквизицией в открытое противостояние, так как знали, что за это им грозит ужасная кара.

Не без основания инквизиторы хвалились, что их проклятие по четырем причинам могущественнее проклятия представителей остального духовенства: они могли заставить светскую власть признать отлученного вне закона; они могли принудить ее конфисковать его имущество; они могли осудить как еретика любого, который оставался отлученным от церкви на протяжении года; и, наконец, они могли отлучить от церкви всякого, кто поддерживал отношения с отлученным. Таким образом, инквизиция добилась того, что ее смертельно боялись, беспрекословно слушались и подчинялись налагаемым ею наказаниям. Она устраняла все законы, которые противоречили ее судопроизводству, а для приведения в исполнение своих приговоров пользовалась услугами светской власти. Одним своим существованием она подтверждала, что Царствие Божие, представляемое ею на земле, было выше всех земных царств.

Хотя конфискация не была прямым делом инквизиции, она сама собой вытекала из ее приговора. Король Рожер, занимавший престол Сицилии в течение первой половины XII века, первый предписал конфискацию имущества всех, кто отпал от католической веры и исповедовал православие, магометанство или иудейство. Церковь ввела эту норму во все законодательства Европы как наказание за ересь. Большой Турский собор в 1163 году предписал всем светским правителям заключать еретиков в тюрьму, а имущество их конфисковать. Папа Иннокентий III в начале XIII века объявил в эдикте: «Мы повелеваем, чтобы имущества еретиков подвергались конфискации; чтобы эта мера применялась светскими князьями под страхом наложения на них духовных наказаний. Имущества еретиков, отрекающихся от ереси, не будут возвращены им, если только не будет благоугодно кому-нибудь сжалиться над ними… Должны быть отсечены от Христа и лишены имущества те, кто уклоняется от веры и оскорбляет Сына Божьего».

Формально конфискация имущества зависела от светской власти, и соответственно она могла пощадить имущество виновного. Это создало почву для значительных злоупотреблений. Князья пополняли свои доходы при помощи конфискаций, а чиновники получали взятки от тех, кто хотел сохранить хотя бы часть своего добра.

Отношение инквизиции к конфискованному имуществу в разные эпохи и в разных странах было различно. Во Франции право на собственность еретика, если его вина была установлена, переходило светской власти; инквизитор там только устанавливал степень виновности подсудимого. Приговоры французской инквизиции вообще не говорят о конфискации, за исключением приговоров, вынесенных по делам отсутствующих и умерших, где иногда о конфискации упоминается. В то же время, как только подозреваемый в ереси вызывался на суд или задерживался, накладывался арест на его имущество и сообщалось об этом его должникам. Когда выносился приговор, инквизитор извещал о нем власти, а среди его обязанностей была и такая, как наблюдение за тем, чтобы конфискация была произведена.

В Италии Иннокентий IV в 1252 году предписал властям Ломбардии, Тревизо и Романьи отбирать имущество у еретиков и их пособников, но право конфискации признавалось за светской властью, которой и доставалось конфискованное добро. Вскоре, однако, в некоторых городах итальянские инквизиторы получили контроль над процессом конфискации, а уже с XIV века все конфискованное шло на нужды инквизиции.

В Германии Вормсский сейм в 1321 году постановил, что земли и прочие владения осужденного еретика поступают его наследникам, а ленные поместья отходят сюзерену. Если еретик был рабом, его имущество целиком поступало во владение его господина, но из общей суммы удерживали расходы на казнь и судебное вознаграждение судьи. В 1323 году Майнцский собор решил, что имущество обвиняемых в ереси должно оставаться в неприкосновенности до окончания суда, и грозил отлучением от церкви всякому, кто до этого времени на это имущество посягнет. Когда император Карл IV сделал в 1369 году попытку ввести инквизицию в Германии, он приказал третью часть конфискованного имущества отдавать инквизиторам.

Впрочем, даже в тех странах, где инквизитор формально не имел никакой доли в конфискации, он почти всегда имел доступ к дележу имущества обвиняемого, причем число тех, на кого распространялась угроза конфискации, постоянно увеличивалось. Собор в Безье в 1233 году настаивал, чтобы она применялась и против воссоединенных с церковью — тех, кто был осужден на ношение крестов. Соборы в Безье в 1246 году и Альби в 1254 году требовали применения конфискации во всех случаях, когда человек осуждался на тюремное заключение. Тюрьма и конфискация с этого времени были нераздельны. Иногда умершие приговаривались к тюремному заключению с единственной целью — лишить их наследников права наследования. В конце концов юристы условились признавать тюремное заключение как условие, достаточное для конфискации имущества.

Король Франции Людовик Святой своими указами 1229 и 1259 годов предписал конфисковать имущество не только тех, кто был присужден к тюрьме, но и тех, кто не явился по вызову инквизиции или укрывал в своем доме еретика. Королевские чиновники должны были узнать от инквизитора еще до окончания суда, заслуживает ли обвиняемый тюрьмы, и, в случае утвердительного ответа, наложить арест на его имущество. Наследники восстанавливались во владении имуществом только в тех случаях, когда еретик успевал покаяться раньше, чем его вызвали в инквизицию, или если он, покаявшись, вступал в монашеский орден. Конфискация применялась повсеместно и с неумолимой жестокостью — почти автоматически. В то же время возврат имущества воссоединенному с церковью еретику был редким актом милосердия и требовал особо мотивированного постановления.

Первое время конфискации подлежало все имущество семьи еретика. Но в 1237 году Григорий IX признал, что приданое жен, сохранивших при муже-еретике преданность католичеству, должно было в определенных случаях оставаться неприкосновенным, а в 1247 году Иннокентий IV повелел все приданое возвращать женам. Во Франции это правило стало действовать в 1258 году. Однако жена не могла требовать назад приданое, если во время выхода замуж знала о ереси мужа, а по мнению некоторых юристов, даже и в том случае, если она узнавала о ереси мужа уже после замужества, но продолжала жить с ним и не доносила об этом в сорокадневный срок властям. Дети еретика лишались права на наследство в безусловном порядке, и поэтому его жена сохраняла приданое только при жизни, а после ее смерти оно поступало не детям, а фискальным органам.