Как гласят предания моголов в передаче Мирзы Хайдара Дуглата и Абу-л-Гази, эмир Камар ад-Дин, убив Илйас-Ходжу, проявил давнюю вражду к его отцу, Туглук-Тимур-хану, вражду, которую он хранил в своем сердце все эти годы. Камар ад-Дин был младшим братом эмира Пуладчи из племени дуглат, который привез из Илийской долины царевича Туглук-Тимура и в 748/1347–1348 г. провозгласил его ханом в Аксу. А всего их было пятеро братьев: 1) эмир Тулик, 2) эмир Пуладчи, 3) эмир Шамс ад-Дин, 4) эмир Камар ад-Дин, 5) эмир Шайх-Даулат. В царствование Туглук-Тимура эмир Пуладчи занимал высшую должность в администрации государства Моголистан — должность улусбеги. По Абу-л-Гази, эмир Пуладчи умер вскоре после принятия Туглук-Тимур-ханом ислама, т. е. около 1353–1354 гг.; по сведениям Мирзы Хайдара Дуглата, Пуладчи умер незадолго до Туглук-Тимура, т. е. около 1360–1363 гг. Хан передал должность улусбеги сыну Пуладчи эмиру Худайдаду, которому было семь лет. Брат Пуладчи эмир Камар ад-Дин, человек по природе своей «тщеславный и беспардонный, но смелый и храбрый», возмутился таким решением и обратился к хану с предложением: «Эмир Худайдад вследствие своего малолетства не может надлежащим образом управлять столь великим государством; передайте мне его должность, а он пусть находится при мне до того времени, как будет в состоянии править делами». Туглук-Тимур не принял его предложения, и по этой причине Камар ад-Дин носил-де в своем сердце неудовольствие и обиду на хана. Когда Туглук-Тимур умер, эмир Камар ад-Дин возмутился против его преемника Илйас-Ходжу и, улучив момент, убил его. Захватив в свои руки власть, эмир Камар ад-Дин старался истребить всех детей и родственников Туглук-Тимур-хана. Однажды люди Камар ад-Дина, которым эмир-узурпатор поручил разыскивать и убивать всех из рода Туглук-Тимура-хана, обнаружили и за один день умертвили восемнадцать ханских сыновей и родичей. Однако эмиру Худайдаду удалось спасти и надежно спрятать в горах Бадахшана сына Туглук-Тимур-хана Хизр-Ходжа-оглана, который был грудным ребенком. Впоследствии эмир Худайдад посадил Хизр-Ходжа-оглана на ханский престол.

Год начала правления Хизр-Ходжа-хана источниками точно не называется. По «Тарих-и Рашиди» и «Шаджара-йи тюрк», Хизр-Ходжа был возведен на ханский престол после того, как эмир Камар ад-Дин пропал без вести в диких лесах страны Тюлес во время одного из нашествий Тимура на Моголистан, т. е. после 1390 г.; однако это не соответствует датам, которые приводятся в более ранних источниках. В «Зафар-наме» Шами и в «Зафар-наме» Йазди Хизр-Ходжа именуется «ханом Джете» в описании событий 791/1388–1389 г. Согласно Муин ад-Дину Натанзи, Хизр-Ходжа-оглан был провозглашен ханом в 769/1367–1368 г.; но вследствие малолетства хана в начальные годы его царствования все дела при нем решала Мирак-ага, жена эмира Пуладчи, мать Худайдада, женщина властная и чрезвычайно строгая; власть Хизр-Ходжа-хана и его атабека распространялась тогда лишь на часть территории Моголистана (Натанзи, изд., с. 115, 130–131; МИКК, с. 119–120). Какую-то часть территории Семиречья контролировал эмир-узурпатор Камар ад-Дин. Но вскоре все разрешилось в пользу Хизр-Ходжи: сначала он избавился от Мирак-аги, своей опекунши, а потом и от Камар ад-Дина, своего главного противника внутри страны. Осуществилось все это с помощью эмира Тимура, который к началу семидесятых годов XIV в. подчинил себе все западные владения Чагатаидов и создал там сильное государство с центром в Самарканде.

Тимур, пользуясь смутным временем, предпринял несколько походов на Моголистан. Во время одного из таких нашествий, имевшего место, согласно «Матла ас-садайн», в 779/1377–1378 г., войско Тимура во главе с Омар-Шейхом и Хитай-бахадуром вошло в Кашгар. Хизр-Ходжа-оглан и эмир Худайдад, оставив город, ушли. «Эмирзаде Омар-Шейх, — пишет далее Абд ар-Раззак Самарканди, — захватив мать Худайдад могола, Амире-ака, и гаремы эмиров, отправили их в Самарканд, а жителей Кашгара переселили в Андуган». По сведениям Муин ад-Дина Натанзи, Мирак-ага скончалась при дворе Тимура спустя три года после пленения. В 1390 г. Тимур снова отправил войско против Джете, на войну с Камар ад-Дином. Последний бежал на Иртыш, оттуда на север, в страну Тюлес. Как полагает В. В. Бартольд, Камар ад-Дин после этого, вероятно, уже не возвращался в Моголистан.

Хизр-Ходжа и воспользовался этим благоприятным моментом; он, по словам Натанзи, тут же «распростер руку захвата на весь улус, приведя к повиновению непокорных» (Натанзи, изд., с. 131). Занятый войнами на западе, Тимур не мешал Хизр-Ходжа-хану утвердить свою власть в Моголистане. «Укрепив основы ханства, разрушенные господством эмира Камар ад-Дина и засильем эмира Тимура», Хизр-Ходжа, согласно «Тарих-и Рашиди», предпринял поход против «Кара-Ходжи и Турфана, двух очень важных городов на границе Китая, и принудил их жителей принять ислам, и оба города с тех пор рассматриваются как дар ал-ислам (т. е. как часть мусульманского мира)».

По словам Мирзы Хайдара Дуглата, Хизр-Ходжа-хан пережил эмира Тимура (ум. в феврале 1405 г.). Однако это утверждение автора «Тарих-и Рашиди» никак не согласуется с известиями более ранних и информированных тимуридских источников. Согласно Муин ад-Дину Натанзи, Хизр-Ходжа-хан умер в 799/1396–1397 г. после тридцати лет правления; У Шараф ад-Дина Али Йазди и Абд ар-Раззака Самарканди известие о его смерти помещено в описании событий 802/1399–1400 г. В науке датой смерти Хизр-Ходжа-хана принято считать 1399 г.

В дальнейшем история сложилась таким образом, что все последующие ханы Моголистана и Моголийе были из потомков Хизр-Ходжи, действительного или мнимого сына Туглук-Тимур-хана.

История войн эмира Тимура с владетелями Моголистана изложена в «Очерке истории Семиречья» В. В. Бартольда, в монографии К. А. Пищулиной и книге Беатрис Ф. Мэнз. Тимур предпринял более десяти грабительских походов на Моголистан, но так и не подчинил моголов своей власти. В год смерти Тимура (1405), как и в год начала его правления (1370), крайним пунктом владений чагатаев на северо-востоке оставалась р. Ашпара, а на юго-востоке — Фергана. Правда, в 818/1415–1416 г. Тимуриды захватили Кашгар и утвердились там; но около 838/1434–1435 г. внук эмира Худайдада эмир Саййид-Али отвоевал город у Тимуридов, и Кашгар оставался под властью дуглатских эмиров до 920/1514 г. Более того, к концу правления внука Тимура Улугбека (ум. в октябре 1449 г.) моголы отняли у Тимуридов все области к востоку от Сайрама.

Экспансия моголов в пределы государства Тимуридов была особенно успешной во второй половине XV в. В годы правления Юнус-хана (1462–1487) и его сына Махмуд-хана (1487–1508) во власть моголов перешли Ташкент, Сайрам, Ахси, Шахрухийе, Ура-Тепе, Дизак, Ош и ряд других западнотуркестанских городов и населенных пунктов.

В начале XVI в. государство Тимуридов пало, но пало не под натиском моголов, а в борьбе с узбеками, тюркскими кочевниками, вышедшими из северных степей Дешт-и Кипчака.

Под власть новой династии, династии Шибанидов, во главе с Мухаммадом Шейбани, потомком Шибана (Сыбана), сына Джучи, сына Чингиз-хана, первоначально находились лишь Бухара и Самарканд с округами; но уже при жизни Мухаммада Шейбани (ум. 1510) в состав государства Шибанидов вошли Хорезм и западнотуркестанские владения моголов.