Пожарский предпочел не дислоцировать ополчение внутри городских стен, чтобы не разлагать воинство соблазнами городской жизни и не оказаться в тягость для ярославцев. Перед стенами земляного города были устроены таборы — по казачьему образцу. Затем на этом месте долгое время была улица Таборская. Сейчас это район площади Октябрьской, около моста через Волгу.

Именно в Ярославле дело организации ополчения было поставлено основательно и без спешки, которая отличала деяния Первого ополчения. Прежде всего, продолжилось формирование нового представительного органа власти — «Совета всея земли».

Как подчеркивал Платонов, «князь с „товарищами“ управлял не только ополчением, но и всей землей, как это было и в Первом ополчении. Пожарский принимал челобитные, давал тарханные и жалованные грамоты монастырям, делал постройки в городах, давал льготы разоренным, назначал денежные сборы на ратное дело, но все это он делал „по совету всей земли“, „по указу всей земли“. Всякий, кто сколько-нибудь знаком с древними актами, поймет, что термином „земля“ наши предки обозначали не что иное, как земский собор. Стало быть, соборное начало уважалось в войске Пожарского, чего не было в рати Ляпунова и Заруцкого, где воеводы действовали одним своим именем».

Таким образом, в Ярославле «Совет всея земли» стал, по сути, играть роль постоянно действующего Земского собора — учреждения с законосовещательными функциями. Указание на существование Собора около Пожарского мы видим в грамоте от 7 апреля: он просит города прислать ему выборных «для царского обирания» и для совета о дипломатических и государственных делах.

«Бояре и окольничие, и Дмитрий Пожарский, и стольники, и дворяне большие, и стряпчие, и жильцы, и головы, и дворяне, и дети боярские всех городов, и Казанского государства князья, мурзы и татары, и разных городов стрельцы, пушкари и всякие служилые и жилецкие люди челом бьют. По умножению грехов всего православного христианства, Бог навел неутолимый гнев на землю нашу: в первых прекратил благородный корень царского поколения».

Далее следовали перечисления бедствий Смутного времени и делались недвусмысленные выводы: «Из-под Москвы князь Дмитрий Трубецкой да Иван Заруцкий, и атаманы и козаки к нам и по всем городам писали, что они целовали крест без совета всей земли государя не выбирать, псковскому вору, Марине и сыну ее не служить, а теперь целовали крест вору Сидорке, желая бояр, дворян и всех лучших людей побить, именье их разграбить и владеть по своему воровскому козацкому обычаю. Как сатана омрачил очи их! При них калужский их царь убит и безглавен лежал всем напоказ шесть недель, об этом они из Калуги в Москву и по всем городам писали! Теперь мы, все православные христиане, общим советом согласились со всею землею, обет Богу и души свои дали на том, что нам их воровскому царю Сидорке и Марине с сыном не служить и против польских и литовских людей стоять в крепости неподвижно.

И вам, господа, пожаловать, советовать со всякими людьми общим советом, как бы нам в нынешнее конечное разоренье быть небезгосударным, выбрать бы нам общим советом государя, чтоб от таких находящих бед без государя Московское государство до конца не разорилось. Сами, господа, знаете, как нам теперь без государя против общих врагов, польских, литовских и немецких людей и русских воров, которые новую кровь начинают, стоять? И как нам без государя о великих государственных и земских делах с окрестными государями ссылаться? И как государству нашему вперед стоять крепко и неподвижно? Так по всемирному своему совету пожаловать бы вам, прислать к нам в Ярославль из всяких чинов людей человека по два, и с ними совет свой отписать, за своими руками. Да отписать бы вам от себя под Москву в полки, чтоб они от вора Сидорки отстали, и с нами и со всею землею розни не чинили.

В Нижнем Новгороде гости и все земские посадские люди, не пощадя своего именья, дворян и детей боярских снабдили денежным жалованьем, а теперь изо всех городов приезжают к нам служилые люди, бьют челом всей земле о жалованье, а дать им нечего. Так вам бы, господа, прислать к нам в Ярославль денежную казну ратным людям на жалованье».

В этой грамоте, как видим, была сформулирована и политическая программа Второго ополчения: борьба против интервентов, освобождение Москвы, созыв Земского собора и решение на нем вопроса о престолонаследии. В обоснование этой программы была выработана применимая на все времена формула русского патриотизма: «чтоб нам всем единокупно за свою Веру и за Отечество против врагов своих безсумненною верою стояти».

Своеобразный Земский собор слагался из трех частей — Освященного собора Русской церкви, подающего свой голос отдельно от других групп; Боярской думы как руководящего органа; земских людей, представлявших различные группы населения. Руководители ополчения старались расширить состав Совета, сделать его более представительным. И он пополнялся представителями духовенства, городовых дворян и детей боярских, служилых людей по прибору, посадских людей, черносошных и дворцовых крестьян. В составе ярославского Земского собора было больше знати и посадских представителей, чем в составе подмосковного. Его состав по состоянию на 7 апреля частично известен из 48 подписей под приведенной выше грамотой.

Во главе своего рода Освященного собора оказался старший иерарх на освобожденных территориях — ростовский митрополит Кирилл. «Была в начальниках и во всяких людях в Ярославле смута великая, прибегнуть не к кому и рассудить некому, — читаем в „Новом летописце“. — Они же, посоветовавшись, послали в Троицкий монастырь к бывшему митрополиту ростовскому Кириллу и молили его, чтобы он был на прежнем своем престоле в Ростове. Он же не презрел их челобития, пошел в Ростов, а из Ростова пришел в Ярославль и людей Божьих укреплял, и которая ссора возникнет, начальники во всем докладывали ему». Правда, ни в одной грамоте ярославского периода ополчения нет подписи лиц духовного сана.

Что касается Боярской думы в Ярославле, то в ее составе действительно было несколько реальных бояр. Василий Петрович Морозов, который ранее состоял воеводой в Мценске, а в декабре 1607 года за участие в битвах с Болотниковым и переговорах с польскими послами получил звание боярина от Василия Шуйского. Боярин князь Владимир Тимофеевич Долгорукий — человек, близкий к царю Василию, получивший от него чин боярина, минуя чин окольничего, он служил ратным воеводой в Пскове и Новгороде. Князь Андрей Петрович Куракин, пожалованный боярским чином, работал во владимирском судном приказе. Окольничий Семен Васильевич Головин был шурином воеводы князя Скопина-Шуйского.

Родственники Куракина и Головина входили в Семибоярщину, а сам Владимир Долгорукий сидел в Кремле с «литвой» до марта 1611 года. Членами Совета в Ярославле станут князь Никита Одоевский, князь Петр Пронский, князь Иван Черкасский, Борис Салтыков, князь Иван Троекуров, князь Дмитрий Черкасский, братья Шереметевы и другие.

Среди тех, кто подписывал грамоты, — Василий Бутурлин-Граня, бывший нижегородский воевода Алексей Львов, наиболее авторитетные дьяки, такие представители купечества, как крупные ярославские предприниматели Григорий Никитников и Степан Лыткин.

Второе земское правительство включало и некоторых руководителей Первого. По сообщению Болтина, «многие боярские дети и стольники и стряпчие и дворяне и дети боярские и дьяки и подьячие и торговые добрые люди, видя что под Москвою у казаков учело делаться воровство, целовали крест Псковскому вору Матюшке», прибежали «испод Москвы из полков» в Ярославль. Прямо из лагеря Трубецкого — Заруцкого явились в Ярославль воеводы Мирон Вельяминов и Исаак Погожий со многими детьми боярскими, подьячими и даже торговыми «добрыми людьми», не желавшими целовать крест третьему Лжедмитрию.