Фронт 12-й армии был необычайно велик, и обстановка сложилась крайне тяжелая. На западе она вела бои с петлюровскими бандами и польскими частями, на востоке — с деникинцами, на юге, по побережью Черного моря, против нее стояли греческие и венгерские дивизии, на румынской границе — войска генерала Щербачева. В тылу орудовали многочисленные банды.

Как члену реввоенсовета 12-й армии С. И. Аралову приходилось воевать вместе с такими отважными командирами Красной Армии, как И. Э. Якир, Г. И. Котовский, Я. Б. Гамарник, Н. Г. Крапивянский, И. Ф. Федько, И. Н. Дубовой, Н. А. Щорс, и многими другими.

Сложность работы реввоенсовета 12-й армии заключалась в том, что она была сформирована из частей 1-й и 2-й Украинских советских дивизий, которые, в свою очередь, были сформированы из партизанских отрядов. Командующим армией был назначен бывший царский генерал, служивший много лет в Генеральном штабе, Николай Григорьевич Семенов, по характеристике Аралова — человек честнейший, преданный Советской власти, спокойный и медлительный, не приспособленный к бурным революционным событиям, к неожиданным наступлениям и отступлениям, подвигам и изменам, необычайной исполнительности солдат и прямому игнорированию приказов командования. Семен Иванович Аралов так характеризовал то время на Украине: «Немецкая оккупация, гайдамаки, петлюровцы, белополяки, французские и английские десанты, казацкие и кулацкие восстания, партизанщина, деникинские войска, бандиты и атаманы самых различных мастей, дезертиры, зеленые — все перемешалось, все кричало, пропагандировало, требовало, стреляло, дралось, изменяло, перебегало от одной группы в другую, наступало, отступало.

— Ну и обстановочка, — поглаживая пышные усы, часто говорил „наш генерал“, как мы называли Семенова…

Своими военными знаниями, огромным опытом штабной работы он способствовал укреплению дисциплины в полках и дивизиях».

О том, что делалось в армии, когда реввоенсовет прибыл в Киев, можно судить по его первому заседанию.

Одним из первых приказов Семенова был приказ о новых формированиях. Первый ответ пришел через несколько часов из Одессы: «Бывшему генералу не повинуемся. Начдивизии Худяков». Из 1-й Украинской армии получили дипломатический по форме, а по сути такой же ответ: «Приказ получили, но по местным условиям выполнять его не представляется возможным»; из 3-й армии: «Ждем комиссию».

Членам РВС стало ясно — проявилась не только партизанщина, но и установившееся отношение к военспецам. Было созвано заседание реввоенсовета, на котором Н. Г. Семенов, Ф. Я. Кон, О. И. Сафонов потребовали предать неповинующихся командиров суду военного трибунала. С. И. Аралов и В. П. Затонский (27 июня введен в состав РВС) возразили — надо искать другой выход. Выступил Затонский: «Товарищи, поймите этих командиров. Ведь вчера еще они были полными хозяевами в своих частях, „батьками“, и вдруг надо кому-то подчиняться, перед кем-то отчитываться, перед бывшим генералом! Конечно, сразу это не переваришь. Безусловно, это отрыжки партизанщины, но из этого не следует, что нам надо рубить с плеча…» После продолжительного и спокойного обсуждения сложившейся обстановки члены РВС решили немедленно всем разъехаться по частям и разъяснить командирам решения VIII съезда РКП(б) о военных специалистах, об укреплении дисциплины и порядка.

Как сообщал С. И. Аралов, во многих частях об этих решениях знали понаслышке, не разобрались и пришлось вести большую разъяснительную работу. Конфликт был улажен.

Деятельность Семена Ивановича Аралова как члена реввоенсовета 12-й армии была многогранной. Кроме оперативного руководства боевыми операциями, участия в создании новых и переформировании старых воинских частей, политработы (политуправление подчинялось непосредственно ему) были непрерывные объезды дивизий, в результате чего Главное командование получало многочисленные тревожные телеграммы Аралова, аналогичные отправленной в августе 1919 года: «Вследствие безостановочных боев, движения, плохого снабжения и пополнения дивизии, входящие в состав армии, по своему состоянию требуют экстренных мер… дивизии абсолютно во всем нуждаются». И особо подчеркивал, что сведения о боевом составе дивизий далеко не соответствуют действительности.

Как и в Реввоенсовете Республики. С. И. Аралов в Киеве активно включился в работу. Одной из первых была поездка в Одессу для организации 45, 47 и 58-й дивизий. Аралов в первую очередь направился к секретарю Одесского губернского комитета РКП(б) Яну Борисовичу Гамарнику. Он так описал эту встречу: «…я и сейчас вижу его лицо с вдумчивыми глазами, с густой черной, длинной, клином, бородой, густыми волосами. Вид у него был солидного дяди, а ему было всего 25 лет. Роста он был среднего, плотного телосложения. Движения неторопливые, говорил не спеша, спокойно, слушал собеседника внимательно…» А разговор был серьезный: украинские войска из-за отсутствия порядка и дисциплины не смогли остановить наступления деникинских войск. Во многих частях еще остались партизанщина, анархия, не было связи между частями. Поэтому губернская партийная конференция решила мобилизовать в армию 50 процентов членов партии.

Обсуждая вопрос о формировании и укреплении дивизий, решили устроить смотр частям на Куликовом поле. Рассмотрели и кадровые вопросы: о необходимости привлекать на должности начальников дивизий способных и сильных в военном отношении молодых людей, таких, как И. Э. Якир, И. Ф. Федько, М. П. Гусаров, П. Е. Княгницкий, Ф. Я. Левинзон. При обсуждении кандидатур Гамарник особенно рекомендовал Иону Якира, называя его «природным военным самородком».

Когда Семен Иванович возвращался с совещания, его кто-то громко окликнул на Дерибасовской улице. Он увидел группу товарищей, стоявших на балконе одного дома. Они усиленно махали руками и приглашали зайти. Он поднялся к ним. Высокий черноволосый молодой человек представился сам и представил других. Это был И. Якир.

— Товарищ Аралов, — сказал Якир, улыбаясь, — мы «безработные». Прибыли по указанию Совнаркома на советско-партийную работу в Бессарабию из 8-й и 9-й армий, но военная обстановка изменилась и мы оказались без работы. Дайте нам дивизию, и будем громить врага на удивление. Ленин останется довольным.

Якир, несмотря на его юношескую порывистость, произвел на Аралова чрезвычайно благоприятное впечатление. Он увидел в нем человека, преданного рабочему классу, Коммунистической партии. Говорил Якир обдуманно, взвешивая каждое слово, чувствовалось, что он пользуется в кругу своих военных большим авторитетом.

Семен Иванович предложил Якиру возглавить 45-ю дивизию, ставшую одной из лучших на Украине и во всей Республике, Федько — 58-ю дивизию, а Миронченко — 47-ю дивизию. Также получили предложения о назначениях в этих дивизиях и другие товарищи.

В тот же день С. И. Аралов, не теряя времени, связался по прямому проводу с командующим 12-й армией Семеновым, изложил ему содержание беседы и свои предложения о назначениях начальниками дивизий Якира, Федько и Миронченко. А через несколько дней было принято решение РВС 12-й армии о назначении их начальниками дивизий.

Командующий 12-й армией Сергей Александрович Меженинов, с которым Аралов с марта 1919 по конец 1920 года был членом РВС 12-й, так описывал одну из поездок членов реввоенсовета армии Берзина и Аралова в конную бригаду, которая «разошлась партизанить»:

«Надо было спешить с подбором командиров и политработников, которые помогали бы новоявленному командиру-атаману сформировать бригаду… Быстро составили воззвание к „славным бойцам“ конной бригады и объявили,