Между тем на правом фланге 4-й танковой группы корпус Манштейна, вклинившись в глубину советской территории на 170 км, вышел в район Укмерге и оседлал дорогу на Даугавпилс. Две дивизии 56-го мотокорпуса, оставив позади части противника и свою пехоту, полным ходом рвались к Двине, опрокидывая советские заслоны. Части из танковой группы Гота вступили в Вильнюс.

Утром 25 июня 28-я танковая дивизия Черняховского смогла наконец перейти в наступление. Встретив на своем пути колонну немецкой мотопехоты, дивизия нанесла ей потери и продвинулась на 6 км. Но и сама потеряла 84 танка и много людей, столкнувшись с 1-й танковой дивизией. В бою погибли командир 55-го танкового полка майор С.Ф. Онищук, командиры танковых батальонов майор Александров и капитан Иволгин, помощник комдива по технической части подполковник Соболев и вся ремонтная бригада. В дальнейшем подразделения Черняховского, в которых уцелело около 40 боевых машин, использовались в основном для прикрытия отходившей пехоты.

В этот же день 2-я танковая дивизия была окружена 41-м моторизованным корпусом восточнее Расейняй. К этому времени у советских танкистов не было ни горючего, ни боеприпасов, ни связи. Генерал Солянкин пал на поле боя. В ночь с 25 на 26 июня, взорвав оставшиеся машины, отдельные группы сумели вырваться из окружения и уйти к Западной Двине.

На этом закончилась контратака советских войск в районе юго-западнее Шауляя. Механизированные корпуса в ходе трех дней боев потеряли основную массу боевой техники, к 26 июня в них осталось лишь по нескольку танков. Полки и дивизии наступали в различных направлениях, поодиночке, без связи и взаимодействия между собой. 23-я танковая дивизия использовалась побатальонно для прикрытия бежавшей с поля боя пехоты и вскоре перестала существовать как боевой организм. Работа тыла была организована плохо или дезорганизована, в результате 28-я танковая бездействовала 24 июня из-за отсутствия горючего, в то время как 23-я дивизия вела бой. Это сильно ослабило силу удара корпуса и дало противнику возможность бить советские войска по частям. Управление войсками и разведка были на очень низком уровне. Ударные силы фронта были бездарно потеряны, и здесь дело не только в достигнутой немцами внезапности, но и в «шапкозакидательском» умонастроении советских командиров, в постоянном стремлении наступать во что бы то ни стало, в проявленной тактической безграмотности, во всегдашнем российском бардаке, когда героизм одних обязательно прикрывает разгильдяйство других. Оперативный результат советского контрудара юго-западнее Шауляя был незначителен.

Разгромив советские танковые части, генерал Рейнгард бросил свой корпус к Двине. Под угрозой явного окружения русские оставили Шауляй.

Правда, в конце дня 24 июня генерал Кузнецов принял решение об отводе войск 8-й и 11-й армий на новый рубеж, на котором планировал, организовав упорную оборону, выиграть время для приведения в порядок потрепанных частей, подтягивания резервов с целью последующего разгрома противника. 8-й армии было приказано отойти и занять рубеж Плагеляй — Тельшаи — река Шушва; 11-я армия должна была отступить и занять оборону на рубеже Кедайняй — река Вилия — Олькеники, организуя там противотанковые районы. 27-я армия продолжала сторожить побережье Балтийского моря от возможной высадки морских десантов противника.

25 июня войска фронта, ведя арьергардные бои, отходили на указанные рубежи. Однако разбитые части 11-й армии оказались не в состоянии на них закрепиться и продолжали откатываться к Западной Двине. Как подметил Лев Толстой еще в Крымскую войну, не обученные отступлению войска в такой ситуации неизбежно обращаются в бегство. В результате быстрого продвижения немецких танков в стыке советских армий направление на Даугавпилс оказалось вовсе не прикрытым войсками. Не встречая сопротивления, 8-я танковая и 3-я моторизованная дивизии выходили к Двине. Обстановка приняла для советских войск катастрофический характер. Все попытки ликвидировать прорыв немецких группировок или хотя бы остановить их продвижение оказались безуспешными.

Под давлением соединений 4-й танковой группы, поддержанных бомбардировочной авиацией, войска Северо-Западного фронта отходили по расходящимся направлениям: соединения 8-й армии — к Риге, а войска 11-й армии — на Свенцяны, Дисну. Причем «отходили» настолько быстро, что у отдельных немецких стратегов сложилось впечатление, будто это был заранее продуманный маневр: «Судя по всему, советское командование не считало, что началась настоящая война, пока наши войска не вышли к рекам Днепр и Луга… русских можно назвать мастерами отступлений».

Фронта фактически уже не было.

«26 июня положение отходивших войск резко ухудшилось. 11-я армия потеряла до 75% техники и до 60% личного состава. Ее командующий генерал-лейтенант В.И. Морозов упрекал командующего фронтом генерал-полковника Ф.И. Кузнецова в бездействии… в Военном совете фронта посчитали, что он не мог докладывать в такой грубой форме, при этом Ф.И. Кузнецов сделал ошибочный вывод, что штаб армии вместе с В.И. Морозовым попал в плен и работает под диктовку врага…»

Требовалось проведение срочных мероприятий по организации обороны на реке Западная Двина и ликвидации прорыва на центральном участке фронта.

Оборону на рубеже Двины было решено организовать силами 8-й армии и выдвигаемой из глубины 27-й армии. Согласно приказу командующего фронтом 8-я армия, в которую входили остатки 10-го, 11-го стрелковых корпусов и 202-й мехдивизии, должна была занять оборону на рубеже от Риги до Ливани. Соответственно, командующий 8-й армией приказал 10-му стрелковому корпусу в составе 10-й и 90-й дивизий, 402-го гаубичного артполка с одним полком 9-й противотанковой бригады занять и упорно оборонять участок от Рижского залива до Рембате. 11-му корпусу генерал-майора М.С. Шумилова силами 125-й, 48-й стрелковых дивизий с одним полком 9-й бригады поручалось занять участок Рембате — Плявинас. 202-я механизированная дивизия получила приказ удерживать рубеж Плявинас — Екабпилс, а также быть готовой к переходу в наступление в направлении Весите, Акнисте. В резерве генерал Собенников оставил две стрелковые дивизии. 67-я дивизия, ранее входившая в 27-ю армию, должна была сосредоточиться в районе Ропажи, подготовить противотанковый рубеж и быть готовой «к уничтожению противника и нанесению контрудара в направлении Риги». 11-я стрелковая дивизия получила задачу подготовить и занять противотанковые рубежи в раойне Мадлиена, быть готовой к нанесению контрудара в направлениях Рембате и южнее. Все соединения армии должны были подготовить оборону к исходу 28 июня, в течение одних суток.

Левее 8-й армии от Ливани до Краславы отходили соединения 16-го стрелкового корпуса и выдвигались войска 5-го воздушно-десантного. Для координации действий этих соединений комфронта решил выдвинуть вперед управление 27-й армии с частями обслуживания. Штаб генерала Берзарина на автомобилях перебазировался в район Резекне и с вечера 28 июня вступил в командование частями на даугавпилсском направлении. Из Московского военного округа Ставка перебрасывала сюда 21 -й механизированный корпус генерал-майора Д.Д. Лелюшенко — 42-я, 46-я танковые и 185-я мехдивизия. Корпус не был укомплектован боевыми машинами и имел в своем составе «всего» 175 танков и 129 орудий.