Сложившаяся в стране к осени 1918 года ситуация требовала незамедлительного создания высшего военного органа для объединения управления боевыми действиями войск и всеми учреждениями военного ведомства, поскольку существовавшие к тому времени органы военного управления не могли обеспечить действенного руководства операциями на фронтах республики и управления военными учреждениями[530].

Инициатором организации высшего оперативного центра по управлению войсками в историографии считается Н.И. Подвойский, предложивший 8 августа вручить общее руководство всеми фронтами на правах Ставки Верховного главнокомандующего Высшему военному совету[531]. Однако в фонде Управления делами Наркомвоена отложилась «Объяснительная записка к схеме организации главных управлений Комиссариата по военным делам». Она не датирована, но, судя по окружающим документам, вероятнее всего, составлена в конце июля – начале августа 1918 года. Автором предположительно был К.А. Мехоношин. Документ свидетельствует о поисках путей организации высшего военного руководства с опорой на обобщение накопленного опыта военного строительства. Всё управление военным ведомством предполагалось разделить на три «инстанции»: «законодательную», «распределительную», «исполнительную» − соответственно, «трем основным принципам, лежащим в основе власти». При этом разработку всех важнейших решений и издание нормативно-правовых актов (приказов) сосредоточить в Высшем военном совете; Наркомвоен сделать «распределительным» аппаратом и «ближайшим исполнителем предначертаний Верховной военной власти»; а хозяйственные органы (главные управления Наркомвоена) – непосредственными исполнителями «предначертаний» Высшего военного совета, передаваемых через «распределительный» Наркомвоен. Наркомвоен как исполнитель «распадался» на четыре отдела («по числу главных функций» наркомата) и канцелярию Высшего военного совета. Соответственно, четыре основных направления деятельности Наркомвоена, это: подготовка военных операций (планов будущей или текущей войны в смысле расположения армий, их состава, возможного плана войны; выяснения положения противника, обсуждение его планов и т. п.); организация армии (ее личный состав, распределение и формирование частей войск, статистика и агитационная часть); вооружение (снабжение оружием, артиллерией, средствами «пассивной обороны» и воздушный флот); снабжение (интендантское, конское, продовольственное, саперное и квартирное).

Автор записки пытался определить компетенцию Наркомвоена, принципы его взаимоотношений с иными госорганами. Говорится о необходимости «самой тесной связи» Наркомвоена, с одной стороны, с Высшим военным советом, с другой – с высшими органами государственной власти.

Главные управления Наркомвоена в свою очередь должны были давать непосредственно принимающим от них указания хозяйственным органам «общие директивы хозяйственной политики страны», воздерживаясь при этом от «вторжения в детали и в хозяйственные распорядки этих органов» и «оставляя за собой лишь право общего контроля результатов их деятельности».

Автор записки признавал возможность корректирования намеченной им схемы. Об этом свидетельствует предположение о возможности восстановления Ставки Главковерха. В документе сказано, что «в случае назначения» Главковерха и выезде его на ТВД все четыре отдела полностью или частично отправятся вместе с ним, образуя «комиссариаты»: оперативный (бывший генерал-квартирмейстер), организационный (бывший дежурный генерал), вооружения; Ставка же, таким образом, должна была стать «организацией, существующей еще в мирное время»; при переходе на военное положение в этом случае, по замечанию автора документа, не пришлось бы заново ее формировать, теряя тем самым «время на организацию работы нового учреждения в самую трудную минуту развития военных операций».

Схема предусматривала установление рассмотренного выше порядка на всех уровнях военного управления (в губернских, уездных и волостных комиссариатах по военным делам). Это следует из заключения, что хозяйственные органы военного ведомства в целом должны были на основании указаний соответствующих коллегий подготавливать «сметы и проекты снабжения, вооружения и стратегической обороны государства в хозяйственном, промышленном и научном отношениях». Предполагалось, что представления хозяйственных органов будут рассматриваться соответствующими комиссариатами и утверждаться Высшим военным советом[532].

По свидетельству Иоакима Вацетиса, к 20-м числам августа 1918 года Реввоенсовет Восточного фронта стремился к объединению высшего военного руководства под своей эгидой, добиваясь учреждения должности Главнокомандующего всеми вооруженными силами республики; «Кобозев говорил, что вопрос этот увязан был с тов. Лениным и что от него есть указание Реввоенсовету Восточного фронта войти с конкретно разработанным представлением на имя председателя Совнаркома. Были запрошены некоторые учреждения и отдельные лица и получены ответы, два из коих приводятся ниже. «…в высших правительственных сферах деятельность Л. Троцкого на посту наркомвоенмора считалась неправильной, но там не имелось конкретного контрпредложения. Нужен был импульс снизу. Этот импульс, вернее тревожный сигнал, был дан Реввоенсоветом Восточного фронта и, как мы видели, воспринят в центре. Тов. Ленин и Свердлов стояли за скорейшую необходимость полной ликвидации Высшего военного совета и заведенного им разнобоя в деле обороны страны»[533].

20 августа по инициативе Подвойского председатель Высшей аттестационной комиссии А.И. Егоров направил Ленину доклад, в котором доказывал необходимость «единоличного управления делом войны», критикуя параллелизм работы Высшего военного совета (ориентированного на борьбу с внешним врагом) и Оперативного отдела Наркомвоена (Оперода, направленного на ведение Гражданской войны) и непоследовательность Высшего военного совета. Егоров предложил назначить ответственного перед СНК Верховного Главнокомандующего, подчинив ему главнокомандующих фронтов и военных руководителей участков Завесы; создать, слив воедино Штаб Высшего военного совета и Оперода Наркомвоена, Штаб Верховного главнокомандующего. Ленин запросил мнение Троцкого, добавив: «Не назначить ли [Главнокомандующего Восточным фронтом] Вацетиса Верховным Главнокомандующим?»[534]

21 августа Подвойский, узнав о принятой отставке М.Д. Бонч-Бруевича, разослал телеграммы Ленину, Троцкому, Склянскому, Антонову-Овсеенко, главе Оперативного отдела Наркомвоена С.И. Аралову, Г.Г. Ягоде (сотруднику возглавляемой Подвойским Высшей военной инспекции, остававшемуся за Подвойского на время его отсутствия) с просьбой не назначать нового военного руководителя Высшего военного совета до своего приезда в Москву. «Весь состав Высвоенсовета, – телеграфировал Подвойский, – подбирался Бонч-Бруевичем из подобострастных, холопски настроенных, бездарных людей, хороших канцеляристов, которые обратили Высвоенсовет в бумажную мельницу, ничего реально не издавшую». Заканчивалось послание просьбой поручить составление нового Высшего военного совета самому Подвойскому[535].