Тогда как во главе нормандской церкви стоял один архиепископ Руанский, в Англии архиепископов было два. Это положение вещей было непривычным для завоевателей, и поэтому было решено признать примасом архиепископа Кентерберийского. Такое решение, которое не противоречило англосаксонской практике и которое страстно желали провести в жизнь Вильгельм и Ланфранк, встретило сильный отпор архиепископа Йоркского. Документы, бесспорно, подтверждали, что оба архиепископа по закону равны. Об этом свидетельствовали, например, труды Беды Достопочтенного, и чтобы его опровергнуть, следовало найти действительно серьезные доказательства. Помимо этого, появление примасов не приветствовал папа (для него они были соперниками), да и Йоркская церковь продолжала оказывать неослабное сопротивление. Поэтому, хотя Вильгельм и навязал свою волю архиепископу Фоме, впоследствии значение сана примаса сошло практически на нет. Спор о границах двух имевшихся церковных провинций был тоже решен в пользу Ланфранка. Если бы архиепископ Йоркский подчинился без возражений, ему бы досталось гораздо больше епархий, а так за ним утвердили только Дарем и в качестве смехотворной компенсации поставили митрополитом над шотландскими епископами, которые, несмотря на папское давление, обычно отказывались признать своим главой англичанина. Однако на следующем этапе реформы проходили уже более успешно. Были повторно подтверждены митрополичьи права двух архиепископов и обеспечено их дальнейшее соблюдение. Архиепископы принимали от глав епархий письменные заверения в покорности и осуществляли по отношению к ним те права, которые допускались действующими нормами. Созвав ряд соборов в качестве либо примаса, либо митрополита, Ланфранк, конечно, смог продемонстрировать, что он управляет как своей областью, так и всей английской церковью, следуя указаниям короля и с его согласия.

Если не считать того, что Вильгельм и Ланфранк разделили Кентербери и Винчестер, которыми раньше по совместительству управлял Стиганд, они не внесли никаких изменений в границы диоцезов. Хотя в 1070 г. практика такого совместительства и была осуждена, но оно имело место в случае с Норфолком и Суффолком, Девоном и Корнуоллом, Рамсбери и Шерборном, а также с Дорчестером, являвшимся центром целой группы епархий, — и возражений все это не вызывало. Новоприбывшие священнослужители не хотели иметь урезать свои диоцезы. Однако, опираясь на постановления церковных соборов, епископы проводили реформы в своих епархиальных центрах, а иногда и меняли их местонахождение. В Нормандии епископальные кафедры располагались в городах, тогда как в Англии епископы часто обретались в небольших местечках, заслуживших такую честь только в память об их былой славной истории или благодаря тому, что с ними ассоциировались имена почитаемых святых. В 1072 г. из Дорчестера в Линкольн перебрался Ремигий, а из Эльмхема в Тетфорд — Герфаст; в 1075 г. Селси на Чичестер поменял Стиганд, а Личфилд на Честер — Петр; в 1078 г. в Солсбери окончательно обосновался Герман. Нужно сказать, что эти переселения принесли церкви скорее не ущерб, а выгоду.

Помимо того, епископы назначали должностных лиц, в том числе и архидиаконов, следуя привычной для них нормандской иерархической системе. Даже если допустить вероятность, что у каждого епископа в Старой Англии был под началом старший диакон, у новых епископов было иное понимание должностных обязанностей своих подчиненных, в результате чего территория каждой епархии почти сразу же была поделена на архидиаконства, а последние — на округи благочинного. Епископы назначали архидиаконов и юстициаров, чтобы те занимались церковным управлением и судопроизводством. Именно эти люди должны были создать отдельные административные единицы. Предписание Вильгельма, направленное в графства примерно между 1072 и 1076 гг., подтверждало монополию епископов на проведение различных ордалий, уведомляло, что по каноническому праву они уполномочены принимать решения по церковным делам в собственных судах, и предупреждало местных светских чиновников, что они тем не менее, как и прежде, должны оказывать активное содействие церковным властям. Цель этого предписания заключалась в том, чтобы предоставить английским епископам те же права, какими обладали их собратья в Нормандском герцогстве. В 1080 г. в Лильбоне Вильгельм заново определил сферу этих полномочий, предоставив нормандским епископам, помимо контроля над проведением ордалий, право вершить суд над церковниками, повинными в правонарушениях, грехах и тяжких преступлениях (не считая нарушений законов о королевских угодьях), а также над мирянами — либо согрешившими, либо уличенными в нарушении супружеских обязательств. Кроме того, в их исключительную юрисдикцию передавались и святые места. Не менее важно и то, что доходы от судопроизводства поступали непосредственно епископам.

Епископы в Старой Англии обладали почти таким же широким кругом судебных полномочий, и отличие заключалось только в том, что большую часть времени и в большинстве случаев процессы проходили в судах графств — иногда согласно нормам светского права. Все действительно теперь изменилось, когда епископам разрешили учреждать свои собственные суды и самим взыскивать все штрафы вместо того, чтобы делиться прибылью в этих случаях с королем. Вероятно, данную реорганизацию провели по просьбе новых епископов, которую Вильгельм охотно удовлетворил. Он проявил такую благосклонность, поскольку всегда стремился сурово карать грехи и преступления, особенно среди духовенства. В Нормандии ему приходилось принуждать епископов к действию, в Англии же он хотел предоставить им для этого все средства, тем более что, возможно, бытовало мнение, что старые процессуальные нормы будут тормозить реформу — помехой могли стать тяжущиеся миряне, наполнявшие суды графств, и еще больше староанглийская атмосфера, царившая в сотенных судах. Вышеупомянутые меры следует рассматривать в контексте других экспериментов Вильгельма в судебной сфере. Он, вероятно, и не осознавал, что впоследствии все его нововведения примут обязательный характер. На протяжении всего своего правления он или что-то жаловал церкви, или отнимал у нее. Подобно тому как Вильгельм осуществлял надзор над баронскими судами, он привык следить за тем, как вершится церковное правосудие. Прошло много лет, но даже в 1164 г. король Генрих II все еще полагал, что он может прибегнуть к старым традициям, вопреки всяким идеям о правах церкви. Ни один король не желал обладать монополией на судебную власть, однако все хорошие короли считали своим долгом осуществлять надзор за правосудием, которое отправляли их вассалы.

Вильгельм сохранил королевскую власть над английской церковью, но при этом поддерживал плодотворное сотрудничество двух этих институтов. Король и его слуги должны были помогать церкви, а епископ и его служители обязывались содействовать королю. Один имел власть над телами людей, другой — над душами, так что при естественном разделении обязанностей конечные цели у них были одни и никто из них не мог действовать обособленно, а сферы их влияния постоянно соприкасались. Кроме того, епископ был королевским вассалом, наподобие барона, тогда как король, будучи помазанником, являлся своего рода духовным лицом. С некоторой путаницей в этом вопросе смирились как с естественным положением дел, рассуждали об этом мало, и напряженность по этому поводу возникала редко. В общем и целом, едва ли можно утверждать, что Вильгельм способствовал реальному разделению двух видов власти. Новые епископы утратили определенную долю своих всеобъемлющих полномочий, которыми они пользовались в англосаксонском королевстве, и — вероятно, охотно — частично избавились от многочисленных обязательств, которые возлагало на них древнее обычное право. С другой стороны, так как они получали инвеституру из королевских рук и приносили королю оммаж, обязуясь соблюдать феодальные повинности, по своему социальному положению они больше чем когда-либо приближались к баронам. То, что произошло позднее, не было прямым следствием перемен в период между 1070 и 1087 гг. Каким бы изолированным и защищенным от других ни было Английское королевство, никакое водное пространство и никакой барьер в виде королевской администрации не могли помешать проникновению новых идей.