Став товарищем министра внутренних дел, Курлов заведовал делами полиции и фактически, ввиду большой загруженности Столыпина, руководил работой министерства. Кроме того, он был куратором Департамента духовных дел иностранного исповедания и председателем Особого совещания с оставлением в должности шталмейстера Двора Его Императорского Величества. По Табели о рангах последняя должность соответствовала чину генерала от инфантерии российской армии. Курлов пользовался определенным влиянием при дворе и действительно много занимался организацией охраны царской семьи, сопровождая императора и его семью во время поездок по стране во время юбилейных торжеств: в честь 200-летия Полтавской битвы, в честь 200-летия присоединения Лифляндии к России. В ходе этих поездок впервые была апробирована деятельность Временного регистрационного бюро, специально созданного для проверки благонадежности населения. Безусловно, «лоббистские возможности» Курлова были достаточно высокими для решения вопроса об организации специальной контрразведывательной службы.

К этому времени могущественный премьер-министр России П. А. Столыпин утратил свое влияние на решение важнейших государственных дел. У него сложились непростые отношения с ловким царедворцем и опытным интриганом военным министром В. А. Сухомлиновым. Теперь от его поддержки во многом зависела практическая реализация решений 1-й Межведомственной комиссии по организации контрразведывательной службы. Однако сам Курлов полагал, что решение вопроса об организации специальных контрразведывательных органов является далеко не первоочередной задачей для российских спецслужб. Для начала он считал необходимым навести порядок в собственном ведомстве. В зоне особого внимания Курлова оказались проблемы оперативной деятельности охранных отделений. В частности, весьма острое значение приобрел вопрос о провокаторстве как методе борьбы с антиправительственными партиями и группировками.

В начале 1909 г. эта проблема широко дебатировалась на страницах газет и журналов, вызывала острые споры и различных кругах российского общества и даже рассматривалась в Государственной думе. Причиной скандала явилось разоблачение знаменитого руководителя Боевой организации, члена ЦК партии эсеров Евно Азефа. По странному стечению обстоятельств «дело Азефа» достигло своего апогея как раз во время работы «комиссии Трусевича». Оно не только серьезно подорвало престиж российской тайной полиции, но и вызвало определенную растерянность среди ее сотрудников. Утечка информации из стен всесильного Департамента полиции и «предательство» бывшего директора А. А. Лопухина, подтвердившего В. Л. Бурцеву информацию о связях главы террористов с полицией, деморализовало сотрудников.

Дело дошло до того, что 11 февраля 1909 г. по этому вопросу на заседании Государственной думы вынужден был выступить сам П. А. Столыпин, который не только отверг обвинения Азефа в провокаторстве, но и фактически защитил его, охарактеризовав как «агента правительства», работавшего против террористов. В его выступлении впервые была публично обоснована необходимость политического розыска на основе использования внутренней агентуры в качестве наиболее эффективного средства борьбы против террора. Публичное раскрытие методов работы тайной полиции не имело аналогов в мировой практике работы спецслужб, и поэтому оно вызвало эффект разорвавшийся бомбы. Фактически вся мировая печать перепечатывала и комментировала выступление российского премьера.

Несмотря на все достижения Департамента полиции в обеспечении безопасности российской государственности, Курлов начал серьезно реформировать практику работы политического розыска. Это коснулось структурных и кадровых изменений в организации охранных отделений Департамента полиции. Так, была упразднена центральная агентура, отменены поощрения за конкретные результаты в оперативной деятельности, проведена «чистка» сотрудников охранных отделений. Основное внимание Курлов сосредоточил на усилении режимных охранных мероприятий, наружного наблюдения, совершенствовании регистрации неблагонадежных лиц и их выселения из мест пребывания или проезда императора. Упор был сделан на работу осведомителей, не являвшихся активными членами подпольных организаций. Бывший начальник Петербургского охранного отделения А. П. Герасимов впоследствии писал: «Вся деятельность в тот период вообще была не чем иным, как работой по разложению аппарата политического розыска». В этих условиях вопросы создания специальной службы борьбы с иностранным шпионажем были отложены практически на год.

Лишь 26 декабря 1909 г. Курлов ответил на письмо из Генерального штаба, пролежавшее в его канцелярии более четырех месяцев, что препятствий для реализации ранее принятых решений со стороны МВД нет. Единственным условием является ассигнование Военным министерством необходимых денежных средств. Однако с выделением необходимых сумм Военное ведомство явно не торопилось. К этому времени выявились принципиальные разногласия по весьма деликатному вопросу: кто будет руководить и давать задания контрразведывательным органам? Не решена была и такая важная проблема, как создание секретной агентуры тайной полиции в армии и флоте. В своих воспоминаниях на этот счет Курлов свидетельствовал: «Государь воспретил секретную агентуру в войсковых частях, считая совершенно достаточным наблюдение со стороны надлежащего военного начальства, поскольку, в действительности, такое наблюдение не достигало цели. При таких условиях от секретной агентуры среди нижних чинов нужно было отказаться, а ее предстояло искать в кругу лиц, так или иначе, с войсками соприкасающихся». Еще 17 ноября 1909 г. Курлов дал указание начальникам охранных отделений, чтобы все агентурные сведения о Выявленных военно-революционных организациях в войсках и на флоте лично сообщались военному начальству. Для всех профессионалов политического розыска было очевидным, что налаживание сети контрразведывательной агентуры среди секретоносителей, выявление шпионажа является весьма непростым и хлопотным занятием. Однако обострение международной ситуации заставило представителей МВД и Военного ведомства решительнее взяться за это дело.

Летом 1910 г. Люблинское жандармское управление сообщило, что по агентурным данным австрийская разведка приступила к организации складов оружия и подготовке специальных кадров для диверсионных акций на российской территории в военное время. Одновременно из Киева пришла информация об активизации деятельности представителей австрийского консульства в среде украинских националистов. Эти материалы были направлены в Военное министерство. Военный министр В. А. Сухомлинов сразу же направил письмо П. А. Столыпину с предложением провести особое совещание по выработке мероприятий по противодействию подрывным акциям австрийской стороны.

29 июля 1910 г. в 8 часов 30 минут' вечера в здании штаба Отдельного корпуса жандармов по адресу Фурштатская, д. 40 под председательством товарища министра внутренних дел генерала Курлова начала свою работу 2-я Межведомственная комиссия по борьбе со шпионажем в России. На этом заседании присутствовали «исполняющий должность директора Департамента полиции статский советник С. П. Белецкий, помощник начальника штаба Отдельного корпуса жандармов генерал-майор Залесский, исполняющий обязанности вице-директоpa Департамента полиции статский советник С. Е. Виссарионов, делопроизводитель разведывательного отделения Главного управления Генерального штаба полковник Н. А. Монкевиц, заведующий Особым отделом Департамента полиции полковник А. М. Еремин, начальник жандармского полицейского управления Уссурийской железной дороги полковник Ю. А. Савицкий, начальник Киевского охранного отделения подполковник Н. Н. Кулябко, начальник иностранной части Морского генерального штаба старший лейтенант М. И. Дунин-Барковский, помощник делопроизводителя разведывательного отделения Главного управления Генерального штаба капитан П. Л. Ассанович и чиновник особых поручений VI класса при Департаменте полиции коллежский секретарь Сенько-Потовский.