В июне 1914 г. Заварзин четко организовал встречу семьи Николая II в Одессе, когда она возвращалась из частной поездки в Румынию. Наследника румынского престола в эти годы прочили в мужья старшей дочери российского императора княжне Ольге Николаевне. За отличный порядок во время пребывания императора в Одессе Заварзину было объявлено «Высочайшее благоволение». В начале Первой мировой войны под его руководством и при прямом участии была ликвидирована шпионская группа из 17 человек, доставлявшая в Германию сведения о передвижении российских войск, а также о снабжении артиллерийских частей снарядами. При негласном осмотре вещей в комнате гостиницы, в которой остановился подозреваемый Ковальский, было установлено наличие зашифрованной рукописи с данными о производстве в Одессе артиллерийских снарядов. Российскими контрразведчиками были установлены все участники шпионской организации, во главе которой стояла обрусевшая немка, некая Фишман, активно посещавшая военные госпитали в качестве дамы-благотворительницы. При обыске во время ареста у членов группы были обнаружены специальные шифровальные книги, а также подготовленные сведения о передвижении российских войск.

3 июня 1916 г. П. П. Заварзин был назначен начальником Варшавского ГЖУ. Однако в связи с наступлением германских войск и эвакуацией Варшавского ГЖУ он переехал в Петроград и поступил в распоряжение Министерства внутренних дел. В феврале 1917 г. он был командирован в Архангельск для расследования обстоятельств взрыва огромного количества артиллерийских снарядов, нехватка которых на фронте оборачивалась катастрофой для русской армии. Факты свидетельствовали о возможной диверсии германских спецслужб. Заварзин вернулся в Петроград уже после Февральской революции. Служить новой власти он отказался, а в заявлении указал на свое служебное положение и твердые монархические убеждения. После этого он был арестован и около месяца находился в заключении. Затем по ходатайству генерала Сапожникова, который возглавлял комиссию по расследованию взрыва в Архангельске, был освобожден и смог выехать за границу.

Однако вернемся к драматическим событиям 1908 г., когда на высшем уровне решались вопросы организации контрразведывательной службы Российской империи. Наряду с Заварзиным обстоятельный материал об организации борьбы с японским шпионажем прислал начальник жандармско-полицейского управления Уссурийской железной дороги полковник Р. П. Щербаков. Однако это были, пожалуй, единственные примеры целенаправленной борьбы со шпионажем. В большинстве ответов значилось следующее: «Особой агентуры с целью борьбы с военным шпионством не имеется, и этого рода деятельность не велась».

Так, в Одесском охранном отделении основное внимание было сосредоточено на деятельности японского консульства. Видимо, сказывались печальные итоги Русско-японской войны, и на южных верфях шло строительство новых кораблей военно-морского флота. Кроме этого, по заявке Одесского военного округа было организовано систематическое наблюдение за приезжими иностранцами. Стратегически важное Киевское охранное отделение вело работу достаточно пассивно, выполняя аналогичные поручения военного командования Киевского военного округа. Возглавляющий его подполковник Н. Н. Кулябко докладывал: «…Специально же дела военной разведки и контрразведки отделение не вело и с приемами иностранных государств по делу военной разведки… не знакомо». Как показывала практика, попытки противодействия разведорганам вероятного противника со стороны начальников жандармских управлений и охранных отделений не были скоординированы с соответствующими подразделениями других заинтересованных министерств — пограничной и корчемной стражи. Слабой была координация с отделами военной разведки.

М. И. Трусевичу предстояло лично возглавить специальную межведомственную комиссию по контрразведке и организовать ее работу. Поэтому он внимательно знакомился с докладами и наиболее интересные места в них отмечал резолюцией «Подлежит обсуждению в комиссии по контрразведке». К этому времени он уже реформировал структуру политического розыска и развил активную организационную деятельность по подбору способных кадров, сосредоточивая в Департаменте полиции всех, кто имел склонность к работе по политическому розыску или мог руководить его учреждениями. Он смело выдвигал на руководящие посты молодых офицеров. «Существеннейшие интересы России вызывают необходимость принимать к руководству указания служебного опыта лиц, хотя и ниже стоящих в чинах, но специально подготовленных в данном деле. Рутина и споры из-за формальных условий дела ныне неуместны и должны уступить место живой работе, простору для способностей и энергии», — писал он в записке П. А. Столыпину.

В декабре 1908 г. 1-я Межведомственная комиссия по контрразведке была, наконец, созвана. Председателем ее, как и предполагалось, был назначен М. И. Трусевич. В нее вошли вице-директор Департамента полиции коллежский советник С. В. Виссарионов, заведующий Особым отделом Департамента полиции полковник Е. К. Климович, состоящий при Особом отделе подполковник В. А. Беклемишев. От военного ведомства были представлены делопроизводитель разведывательного отделения Генерального штаба полковник Н. А. Монкевиц, его помощник капитан С. Л. Марков, старший адъютант разведывательного отделения, отвечающий за разведывательную работу в штабе Киевского военного округа, Генерального штаба полковник А. А. Самойло, а также начальник Иностранной части Морского генерального штаба капитан 2 ранга Б. И. Доливо-Добровольский.

Материалы, находившиеся в распоряжении комиссии М. И. Трусевича, свидетельствовали о необходимости создания новой специальной службы в виде особых контрразведывательных органов, специализирующихся на борьбе с разведкой иностранных государств. Разрозненные действия различных ведомств в силовых структурах Российской империи не могли надежно обеспечить государственную безопасность от разведывательного натиска и были далеко не адекватны масштабам военного шпионажа противостоящих России государств. Отрицательным образом сказывалось фактически полное отсутствие денежных средств, недостаток знания и опыта у случайно назначаемых и постоянно меняющихся руководителей контрразведки, отсутствие инструкций и правил, а также пригодных агентов всех степеней. Все это не способствовало успешной деятельности контрразведки.

По мнению комиссии, заметно активизировалась деятельность иностранных военных атташе. Практически за всеми из них «необходимо периодическое наружное наблюдение». В материалах комиссии особо подчеркивалось, что «агентов же германских, австрийских, английских, японских, шведских, турецких, североамериканских, итальянских и специального германского офицера, состоящего при особе его величества, необходимо обеспечивать также и внутренним наблюдением».

Предполагалось, что при получении оперативных данных надлежало брать под наблюдение дипломатический и консульский персонал, иностранных граждан и выявлять их связи среди русских подданных. Важное значение имел вывод в отношении особых мер по обеспечению сохранения государственной и военной тайны. Особое внимание предлагалось обратить на военных секретоносителей, живущих не по средствам. Кроме чиновников секретного делопроизводства к этой категории также относились подрядчики военного ведомства, комиссионеры, служащие и мастеровые военных и морских заводов, мастерских и т. д.