Капитан Хили продолжал патрулировать в одиночестве до 16.03. К этому времени погода ухудшилась настолько, что он был вынужден оставить конвой и направиться к мысу Канин Нос. Когда конвой подошел к устью Двины, была начата подготовка к перестроению в 2 колонны. Тральщики вышли вперед, чтобы расчистить фарватер и открыть транспортам дорогу в Архангельск. Траление возглавил «Харриер» капитана 2 ранга А. Г. Д. Джея, потому что Джей был знаком со здешней обстановкой. Чуть позднее к конвою подошла местная тральная флотилия.

Эти 4 корабля — «Бритомарт», «Хэлсион», «Хазард», «Саламандер» — были замечены в 16.20. Джей передал капитан-лейтенанту К. Г. Корбетт-Синглтону на «Хэлсион»: «Вы считаете необходимым траление фарватера для проводки конвоя?»

На это последовал ответ, что такое траление не обязательно, потому что местная флотилия тралила этот фарватер последние 7 дней. Однако капитан-лейтенант Корбетт — Синглтон предложил отправить флотилию вперед, чтобы протралить русло Двины от донных мин, которые недавно начали ставить германские самолеты. Это предложение было передано капитану 2 ранга Расселу, который, учитывая погодные условия, согласился. Поэтому в 17.40 тральщики ушли.

Возле мыса Городецкий конвой перестроился в 2 колонны, и теперь капитанам пришлось столкнуться с серьезными навигационными проблемами. Длинной колонне транспортов предстояло ночью двигаться по узкому речному фарватеру против сильного течения. К тому же русские выключили все маяки, отмечавшие фарватер. Плавание по извилистому речному руслу превращалось в захватывающее приключение.

Капитан 2 ранга Джей полагал, что такое большое количество судов просто не в состоянии удержаться в пределах протраленного фарватера, когда береговые огни выключены, а погода настолько плохая. Радиомаяков было недостаточно для точной навигации. Поэтому Джей отправил радиограмму начальнику британской морской миссии в Архангельске капитану 1 ранга Маунду. Он излагал свои предложения по обеспечению безопасности перехода конвоя по Двине. Один тральщик следовало поставить в устье, чтобы указать точку входа. В случае плохой погоды конвой мог отстояться на якорях возле входного буя. Джей также предложил использовать 5 маленьких моторных тральщиков MMS для помощи лоцманским катерам, которые развозили лоцманов по торговым судам. Эсминец «Акейтес» планировалось отделить, чтобы контролировать все это. 4 больших тральщика должны были стоять на якорях с интервалом 3 мили, чтобы указывать протраленный фарватер и держать визуальную связь. Увы, все его планы и благие намерения разлетелись в прах под ударами шторма, начавшегося во второй половине дня 19 сентября.

К этому времени конвой достиг входа в Северную Двину и попытался бросить якоря, хотя ветер с северо-запада уже превратился в сильный шторм. Русские лоцманские катера благоразумно спрятались. У конвоя просто не было иного выбора, как попытаться переждать шторм в море, поэтому 36 часов длинные колонны транспортов и маленькие эскортные корабли качались и подпрыгивали на волнах. Многие довольно быстро оказались в опасном положении.

В 16.50 тральщик «Харриер» был вынужден поднять якорь и уйти в море. 20 сентября в 2.30 на нем отказало рулевое управление, и крошечный корабль был вынужден лечь в дрейф, управляясь вручную. В кормовую балластную цистерну уже приняли 32 тонны воды, чтобы уменьшить рысканье, а теперь пришлось заполнить форпик и отсеки двойного дна. Было принято еще 22 тонны воды, чтобы облегчить управление, пока не закончится срочный ремонт. В 12.50 рулевое управление было исправлено, и тральщик вернулся к конвою.

Маленький траулер «Кап Аргона» оказался в еще более тяжелом положении, так как был вынужден начать расходовать свой угольный балласт. Лейтенант Пейт тоже был вынужден направиться в море, чтобы попытаться сохранить топливо. К счастью, все закончилось благополучно, и 21 сентября в 17.00 он бросил якорь на стоянке № 19, когда на борту осталось всего 5 тонн угля. При этом, когда корабль покидал Исландию, у него в трюмах было 210 тонн угля при норме 170 тонн.

«Сент-Кенан» оказался в подобном положении. 19 сентября на нем осталось всего 6 тонн угля, и волна начала опасно класть его на борт. 20 сентября ему пришлось особенно тяжело. Волны снесли спасательную шлюпку, скорежив при этом шлюпбалки.

«Эксфорд» потерял оба якоря и спасательную шлюпку № 3 вместе со шлюпбалками. Он вызвал лоцмана, который, несмотря на опасность, прибыл на борт транспорта. При этом лоцманский катер снес «Эксфорду» стойки спасательных плотов правого борта. Сразу после этого транспорт двинулся вниз по протраленному фарватеру в сторону бушующего моря. Через час он встретил 3 американских транспорта, плотно сидящие на мели под берегом. В этот момент ветер оказался сильнее и развернул «Эксфорд» поперек фарватера прямо на эти корабли. Столкновение казалось неизбежным. Однако «Эксфорд» сумел обойти американцев, но при этом он сам вылетел на берег. После титанических усилий он снялся и двинулся дальше вниз по реке. Но в 22.00 «Эксфорд» снова сел на мель, где и проторчал до утра.

«Кэмпфайр» вскоре после полуночи потерял один якорь, после чего поднял второй и дал ход. Он дрейфовал до 17.30, когда на него прибыл лоцман. В 19.00 «Сахале» радировал, что сел на мель, а вскоре после этого на берег вылетел и «Кэмпфайр». В 20.30 он снялся и пошел вниз по фарватеру, но тут ему наперерез вылетел другой транспорт. «Кэмпфайр» снова сел на мель, и у него отказали машины, так как конденсаторы забило грязью.

Траулер «Данеман», маленькое спасательное судно, которое до сих пор действовало исключительно отважно и удачно, стало еще одной жертвой шторма. Ночью 19/20 сентября траулер сообщил, что израсходовал все топливо, а якоря ползут. Капитан 2 ранга Рассел отправил ему на помощь корветы. «Бергамот» (лейтенант Р. Т. Хоран) в 0.25 обнаружил «Данеман», но тот сообщил, что пока контролирует ситуацию. Однако через час якоря снова поползли по грунту, и начало казаться, что столкновение с одним из транспортов неизбежно. Транспорту приказали поднять якорь и передвинуться. «Бергамот» приготовился взять «Данеман» на буксир, несмотря на ужасающие погодные условия.

С 1.04 до 6.54 продолжались попытки завести буксирные концы на траулер с помощью линеметов или буев, пускаемых по течению, но все они закончились неудачей. На помощь прибыл корвет «Блюбелл». Он бросил якорь перед траулером и сумел передать на него буксирный трос. «Бергамот» оставался рядом до 19.52, пока не помял себе обтекатель асдика.

На рассвете 21 сентября «Данеман» все еще сидел на мели возле маяка Могульский. «Кэмпфайр», «Сахале» и «Лафайет» сидели на мели возле речного бара. Это произошло в основном потому, что на 2 транспорта не прибыли лоцманы. По словам капитана 1 ранга Маунда, «возникли определенные сложности с их экипажами». Энсайн Дэниэл Рукер называет вещи своими именами:

«Вскоре после этого был сыгран большой сбор. Я спросил капитана, что это означает. Он ответил, что раз корабль совершенно беззащитен перед атаками высотных бомбардировщиков, ради безопасности экипажа он решил покинуть судно. Я ответил, что, по моему мнению, артиллерийская команда не покинет судно. Я спросил, есть ли у него соответствующий приказ. Он ответил, что приказ был и он может взять моих людей в шлюпки».