В противостоянии Военного министерства и МВД немалую роль сыграла позиция самого военного министра. Милютина принято считать выдающимся реформатором, а его министерство — пионером либеральных реформ эпохи Александра II. Однако позиция Милютина по вопросу национальных меньшинств в армии и русской политики по отношению к национальным меньшинствам в целом (особенно к полякам и балтийским немцам) в известном смысле ограничивает его либерализм, а то и вовсе ставит его под сомнение. Милютин, как и группа его единомышленников, занимал умеренно-центристскую позицию и только на фоне таких оппозиционеров реформ, как ультраконсерваторы генерал Фадеев и князь Барятинский, выглядел человеком либеральных убеждений. То немногое, что известно об отношении Милютина к евреям и еврейскому вопросу в армии, позволяет считать его весьма умеренным реформатором, чьи нововведения базировались скорее на профессиональном чутье, а не на либерально-демократической платформе. Блестящий военный профессионал-реформатор, Милютин оставался человеком более чем консервативных убеждений в социальных или этнических вопросах. Отстаивая перед МВД свои главные реформы, имеющие стратегическое значение, он уступал по менее важным для него вопросам — в частности, по вопросу равных прав еврейских военнослужащих.

К концу своего пребывания на посту военного министра Милютин занял весьма двойственную позицию в отношении евреев. С одной стороны, он все еще придерживался мнения о необходимости введения единых правил несения службы, которое отстаивал накануне 1874 г., а с другой — своими распоряжениями уже предвосхищал секретные (антиеврейские) циркуляры Ванновского. Так, в апреле 1880 г. командующий Варшавским военным округом обратился к Милютину с вопросом: что делать с евреями-ординаторами, проходящими службу в крепостях? Милютин ответил: «Желательно избегать назначать в крепости врачей из евреев; но об этом следует сообщить надлежащему начальству секретно, не объявляя в виде правила». К концу своего пребывания на посту военного министра Милютин отказался от признания за евреями равных прав по службе.

На заседаниях комиссии по подготовке устава вопрос о праве евреев на производство в офицерский чин — наряду с правом поступать вольноопределяющимися в армию — вызвал особо острые споры. Задолго до начала работы комиссии Еврейский комитет (порождение николаевской эпохи) пытался убедить Александра II в необходимости предоставить еврейским нижним чинам возможность выслуги. Так, еще в 1858 г. комитет представил Александру справку о наличии евреев в офицерском корпусе французской армии (включая генералов), рассчитывая, вероятно, что «французская» ориентация военной реформы в России приведет и для русских евреев к установлению равных прав по военной службе. Тем не менее, хотя после 1860 г. евреям и было предоставлено право получать унтер-офицерские звания, государственная администрация все же решительно сопротивлялась их производству в офицерский чин. Двадцать четыре члена комиссии и председатель отстаивали мнение, что это право может быть предоставлено евреям только после уравнения их в гражданских правах со всем остальным населением империи. А двадцать пять членов комиссии считали, напротив, что евреям, получившим высшее образование и поступившим на службу в армию, следует — при определенной выслуге — присваивать офицерское звание. Перевес оказался на стороне либерально мыслящих членов комиссии. Таким образом, формально и на короткий срок главный вопрос еврейского равноправия в армии решился положительно. По закону евреи могли поступать вольноопределяющимися в армию, сдавать экзамены на офицерский чин и получать офицерское звание, а также поступать в юнкерские училища. Никаких ограничительных оговорок и примечаний к уставу по этому поводу предусмотрено не было.

Опубликованный 1 января 1874 г. Устав предписывал несение воинской повинности мужскому населению всех сословий. Общий срок службы ограничивался шестью годами действительной службы и девятью в запасе (кроме проходящих службу в областях Сибири, где срок был установлен в десять лет — семь лет действительной службы и три года в запасе). Для сыновей-кормильцев устанавливались три льготных разряда. Важную часть составляли льготы по образованию, сокращавшие срок действительной службы для выпускников университетов, гимназий и реальных училищ до полутора лет, в некоторых случаях до полугода. Освобождение от службы предусматривалось для священнослужителей всех христианских исповеданий, но не для раввинов или имамов. Особые льготы предусматривались для меннонитов и чехов-переселенцев, а также для железнодорожных служащих, промышленников и гильдейских торговцев, т. е. для тех, кто был занят в новых сферах сельского хозяйства и промышленности. Никаких ограничений для сдачи офицерского экзамена вольноопределяющимся евреям предусмотрено не было, как, впрочем, и права нижним чинам быть произведенным и в офицерский чин, не говоря уже об унтер-офицерском звании.

Однако ряд пунктов Устава серьезно ущемлял права евреев. Так, устав предписывал новобранцам поступать на службу по месту приписки, а не по месту жительства и работы, что находилось в безусловном противоречии с повышенной мобильностью еврейского населения внутри черты. Десятки тысяч мигрантов, переселившихся Из Литвы в Царство Польское или в Юго-Восточные губернии в 1860—1880-х годах, были совершенно оторваны от мест приписки. Кроме того, при составлении рекрутских списков евреи были выделены в отдельную группу: для всех прочих конфессий метрические записи возлагались на духовных лиц, для евреев же они должны были вестись чиновниками гражданского ведомства. Впоследствии это решение привело к значительному количеству ошибок ономастического характера, из-за которых многие проходившие службу в войсках числились «уклоняющимися». В дополнение к уставу специальным распоряжением МВД 1874 г. было запрещено временно распускать по домам новобранцев практически всей черты оседлости (особенно Минской, Могилевской и Бессарабской губерний) и Царства Польского, тогда как всем остальным новобранцам было разрешено после краткосрочного отпуска добираться до уездных городов самостоятельно. В целях борьбы с уклонением евреев от несения воинской повинности специальным приложением к Уставу было предусмотрено проведение особой переписи мужского еврейского населения. Евреев, невзирая на их социальный статус и личную репутацию, через четыре месяца после публикации Устава отстранили от участия в работе присутствий в призывных участках.

Противоречия государственной политики в отношении к евреям парадоксальным образом отразились на Уставе: с одной стороны, евреев призывали на равных правах с православными, с другой — в Уставе содержались пункты, согласно которым евреев (и отчасти поляков) выделяли в отдельную группу, подчиняющуюся особым законам. Необходимо признать, что позднейшие решения Сената 1880—1890-х годов и циркуляры Военного министерства, наделяющие воинские присутствия «неограниченным правом возбуждать сомнение в подлинности справок евреев об их семейном положении», а также другие ограничительные законы, о которых мы будем говорить в следующей главе, в известном смысле восходят к Уставу 1874 г. Парадоксальным образом Устав, один из самых либеральных документов эпохи Великих реформ, оказался законодательной основой для всех последующих антиеврейских законов, принятых Военным министерством.