1-я флотилия (1. räumbootsflottille). Создана на Балтике осенью 1937. Во время Польской кампании в сент. 1939 участвовала в операциях в Данцигской бухте. В 1939—40 несла охранную службу в Балтийском и Северном морях. Во время операции «Везерюбунг» (апр. – июнь 1940) входила в состав 5-й боевой группы, участвовала в военных действиях в районе Осло-фьорда. В 1940—41 действовала в районе голландского побережья и в Ла-Манше. В 1942 переведена к берегам Финляндии и приняла участие в блокаде кораблей советского Балтийского флота. После окончания войны занималась разминированием Балтийских вод и была расформирована в конце 1947.

В состав флотилии входили: плавучие базы «Неттельбек» (Nettelbeck), «Цитен» (Zieten), «Нордпол» (Nordpol), а также катера-тральщики R-17, R-18, R-19, R-20, R-21, R-22, R-23, R-24, R-43, R-52, R-65, R-66, R-67, R-68, R-69, R-70, R-71, R-72, R-73, R-74, R-75, R-76, R-106, R-119, R-120, R-127, R-128, R-145, R-249, R-150, R-259, R-260, R-268.

Командиры: капитан 3-го ранга Бергельт (10.1937—10.1939); капитан 3-го ранга Вальтер Бергер (10.1939—11.1939); капитан 3-го ранга Густав Форстманн (12.1939—3.1942); капитан 3-го ранга фон Грумбков (3.1942); капитан 3-го ранга Клюндер (4.1942—9.1943); капитан-лейтенант Вальтер Эрих Шнейдер (9.1943—7.1944); капитан-лейтенант Хофф (7.1944—5.1945).

2-я флотилия (2. räumbootsflottille). Создана осенью 1938 на Северном море. Во время операции «Везерюбунг» (апр. – июнь 1940) в составе 10-й боевой группы действовала в районе Эсберга, Норби и Фанё. В 1940—44 несла службу у берегов Нидерландов, в Ла-Манше (имея основной базой Дюнкерк). В авг. 1944 расформирована.

В состав флотилии входили: плавучая база «Бромми» (Brommy) и катера-тральщики R-25, R-26, R-27, R-28, R-29, R-30, R-31, R-32, R-74, R-77, R-78, R-79, R-80, R-81, R-82, R-84, R-86, R-113, R-114, R-116, R-125, R-129, R-169.

Командиры: капитан 3-го ранга фон Камптц (11.1938—1.1941); капитан 3-го ранга Ганс Йон (2.1941—6.1941); капитан 3-го ранга Брёкельманн (6.1941—11.1942); капитан 3-го ранга Пинкепанк (12.1942—8.1944).

3-я флотилия (3. räumbootsflottille). Создана на Балтике в начале 1939. Во время Польской кампании в сент. 1939 участвовала в военных действиях в Данцигской бухте. В 1939—40 несла охранную службу в Северном море. В 1940—41 действовала в районе голландского побережья и у берегов Франции на участке Кале—Булонь. В конце 1941 переброшена на Дунай, а оттуда в Черное море, участвовала в операциях у берегов Крыма и в районе Керчи. Расформирована в авг. 1944 и оставшиеся катера отведены в Варну.

В состав флотилии входили: плавучая база «Фон дер Грёбен» (Von der Groeben) и катера-тральщики R-33, R-34, R-35, R-36, R-37, R-38, R-39, R-40, R-163, R-164, R-165, R-166, R-196, R-197, R-203, R-204, R-205, R-206, R-207, R-208, R-209, R-216, R-248.

Командиры: капитан-лейтенант Хейдель (5.1939—11.1940); капитан-лейтенант Бирр (11.1940—12.1940); капитан-лейтенант Рейшауер (1.1941—8.1941); капитан-лейтенант Россов (8.1941—10.1941); обер-лейтенант Халледт-Хольцапфель (10.1941—11.1941); капитан 3-го ранга Хёльцеркопф (11.1941—4.1943); капитан-лейтенант Классманн (4.1943—8.1944).

4-я флотилия (4. räumbootsflottille). Создана 1.4.1940 на Северном море. В 1940—44 несла охранную службу у берегов Нидерландов и Бельгии, а также на побережье Ла-Манша. В 1944—45 базировалась в Скагерраке и у южных берегов Норвегии. Расформирована летом 1945.

В состав флотилии входили: плавучие базы «Фон дер Грёбен» (Von der Groeben) и «Королева Луиза» (Königin Luise), противолодочный корабль KUJ-2, а также катера-тральщики R-41, R-42, R-43, R-44, R-45, R-46, R-47, R-48, R-49, R-50, R-51, R-52, R-80, R-83, R-115, R-120, R-126, R-128, R-138, R-143, R-150, R-218, R-240, R-243, R-244, R-245, R-255, R-262, R-274, R-275, R-290, R-291.

Командиры: капитан 3-го ранга Хаген Кюстер (4.1940—7.1940); капитан 3-го ранга Хольст (7.1940—8.1942); капитан 3-го ранга Хомейер (9.1942—3.1943); капитан-лейтенант Анхальт (5.1943—5.1945).

5-я флотилия (5. räumbootsflottille). Создана в авг. 1939 на Балтике. В 1940—41 и 1941—45 действовала в Северной Норвегии, а в 1941 – в финских водах. После окончания войны занималась разминированием и была расформирована в конце 1945.

В состав флотилии входили: плавучая база «Эльба» (Elbe) и катера-тральщики R-1, R-3, R-4, R-5, R-6, R-7, R-8, R-9, R-10, R-11, R-12, R-13, R-53, R-54, R-55, R-56, R-57, R-58, R-59, R-60, R-61, R-62, R-63, R-64, R-89, R-90, R-113, R-121, R-122, R-124, R-238, R-250, R-265, R-269, R-273.

Командиры: капитан-лейтенант Гемейн (8.1939—6.1940); капитан-лейтенант Добберштейн (6.1940—2.1943); капитан-лейтенант Клееман (3.1943—2.1945); капитан-лейтенант Ганс Алекси (2.1945—5.1945).

6-я флотилия (6. räumbootsflottille). Создана 28.7.1941 на Северном море. В авг. 1941 расформирована и создана вновь, на этот раз в ее состав включены малые катера, предназначенные для действий в Средиземноморье. В 1941—45 участвовала в операциях на Средиземном море, имея своими базами Тобрук, Тунис, Палермо, Неттуно, Геную, Фриуме и Полу. В апр. 1945 окончательно расформирована.

Первоначально в состав флотилии входили катера-тральщики R-1, R-3, R-4, R-6, R-7, R-8, R-9, R-10, R-11, R-12, R-13, R-14, R-15, R-16, R-115, R-187. Затем на Средиземноморье состав флотилии был следующим – RA-10, RD-116, RD-117, RD-118, RD-119, RD-120, RD-121, RD-122, RD-127, RD-128, RD-129, RD-130, RD-131.

Командиры: капитан-лейтенант Россов (8.1941); капитан-лейтенант Рейшауер (8.1941—6.1943); капитан-лейтенант Клемм (7.1943—4.1945).

7-я флотилия (7. räumbootsflottille). Создана 15.10.1940 в Нидерландах путем переименования 11-й флотилии. Первоначально действовала на голландском и бельгийском побережье. В 1941 перебазирована в Северную Норвегию. После окончания войны занималась разминированием и была расформирована 28.11. 1946.

В состав флотилии входили: плавучая база «Везер» (Weser) и катера-тральщики R-151, R-152, R-153, R-154, R-155, R-156, R-157, R-158, R-159, R-160, R-161, R-173, R-202, R-223, R-262, R-277.

Командиры: капитан 3-го ранга фон Фёрстер (10.1940—11.1942); капитан 3-го ранга фон Квюднов (11.1942—5.1944); капитан-лейтенант Хойзер (5.1944—5.1945).

8-я флотилия (8. räumbootsflottille). Создана в янв. 1942. Действовала в Северном море и у побережья Ла-Манша. После окончания войны занималась разминированием и была расформирована осенью 1947.

В состав флотилии входили: плавучие базы «Надир» (Nadir) и «Швертфиш» (Schwertfisch; он же противолодочный корабль KUJ-5), а также корабль-общежитие МТ-2 и катера-тральщики R-92, R-93, R-94, R-95, R-96, R-97, R-98, R-99, R-100, R-101, R-117, R-118, R-113, R-130, R-146, R-147, R-257, R-258, R-409.

Командиры: капитан-лейтенант Мэргнер (1.1942—1.1943); капитан 3-го ранга Музер (1.1943—2.1945); капитан-лейтенант Бросс (2.1945—5.1945).

9-я флотилия (9. räumbootsflottille). Создана в мае—июне 1942. Действовала в районе голландского и бельгийского побережья. После окончания войны занималась разминированием и была расформирована осенью 1947.