Вторым основным направлением работы спецназа Особой группы в тот период являлась подготовка подпольных окружных комитетов в населенных пунктах Московской области на случай захвата их противником. Из этих населенных пунктов осуществлялась срочная эвакуация предприятий, рабочих, правительственных учреждений.

Великая Отечественная война, принявшая неожиданный для руководства страны трагический оборот, потребовала концентрации всех сил на отпор врагу. В этих условиях органам государственной безопасности приходилось перестраиваться на военный лад, а не заниматься ведомственными разборками и поисками внутренних врагов. Враг был налицо, невиданно жестокий и могучий. В задачи Особой группы входили организация зафронтовой разведки и развертывание диверсионной борьбы в тылу врага. Но из-за репрессий этому подразделению явно не хватало профессионалов, подобных Серебрянскому. Начальник Особой группы Судоплатов обратился теперь уже непосредственно к Берии с просьбой освободить из заключения ожидавшего расстрела Серебрянского и еще ряд чекистов. Вот как он позже вспоминал об этом в своих мемуарах:

«В начале войны мы испытывали острую нехватку в квалифицированных кадрах. Я и Эйтингон, который в 1930-е годы был заместителем Серебрянского по СГОНу, предложили, чтобы из тюрем были освобождены бывшие сотрудники разведки и госбезопасности. Циничность Берии и простота в решении людских судеб ясно проявились в его реакции на наше предложение. Берию совершенно не интересовало, виноваты или не виноваты те, кого мы рекомендовали для работы. Он задал единственный вопрос:

— Вы уверены, что они нам нужны?

— Совершенно уверен, — ответил я.

— Тогда свяжитесь с Кобуловым, пусть освободит. И немедленно их используйте.

Я получил для просмотра дела запрошенных мною людей. Из дел следовало, что все чекисты были арестованы по инициативе и прямому приказу высшего руководства. К несчастью, Шпигельглаз, Карин, Малли и ряд других разведчиков к этому времени были уже расстреляны».

Позже Судоплатов не исключал, что о его служебной записке в Коллегию НКВД СССР непосредственно накануне войны и его повторной просьбе, адресованной Берии, относительно освобождения ряда находившихся в заключении чекистов было доложено лично Сталину.

Для лучшего понимания происходивших в то время событий остановимся на интересном эпизоде, о котором рассказал в одном из своих произведений известный российский писатель, ветеран советской внешней разведки, бывший сотрудник СГОН НКВД СССР, считавший Серебрянского своим учителем, Юрий Колесников:

«Июль 1941 года был на исходе. Шла пятая неделя войны. На чашу весов легла судьба Отечества.

Заседание Государственного Комитета Обороны давно закончилось. Последний задержавшийся в кабинете генсека ВКП(б) нарком внутренних дел Берия, выдержав паузу после затянувшегося разговора со Сталиным, тоже собирался уходить.

Берия уже стоял с папкой в руке, когда Сталин вышел из-за стола и в некоторой задумчивости, не торопясь, направился к двери. Однако, сделав несколько шагов, он остановился, медленно повернул голову в сторону шедшего рядом Берии и, как бы между прочим, спросил:

— Где тот эсер, который наповал уложил начальника жандармского управления Могилева?

Память наркома мгновенно подсказала исполнителя акции, но полной уверенности не было в том, что именно его имеет в виду генсек. Ошибиться очень не хотелось.

Сталин искоса скользнул взглядом по озабоченному лицу Берии и, недовольный недогадливостью соратника, нехотя пояснил:

— В Париже он возился с бандой Кутепова… Потом неплохо помогал немецким фашистам вывозить сырье из Норвегии…

— Серебрянский? — поспешно выпалил Берия, довольный, что память не подвела, но продолжать, на всякий случай, не стал.

Он хорошо знал своего хозяина. И в данный момент не обманулся: Сталин спрашивал о том, что самому было хорошо известно. В то же время с иронией ли говорит, что Серебрянский “помогал фашистам”, или нет? Определить сразу было непросто. Немецкие суда, загруженные в Норвегии никелем или цинковой рудой, редко достигали порта назначения. Что было тому причиной, он тоже знает.

Сталин спросил:

— Чем он занимается?

У Берии перехватило дыхание, но тут же сообразив, несколько сдавленным голосом ответил:

— В камере смертников дожидается приведения приговора…

— Что за чушь! Есть там у вас голова на плечах?..

Берия невольно подумал — “пока она есть” и объяснил о данном распоряжении воздержаться с исполнением приговора суда.

Оборвав его, Сталин неожиданно участливо спросил:

— Как он себя чувствует?

— Ничего, здоров.

— Это хорошо…

Явно удовлетворенный ответом, Сталин решительно шагнул к выходу. Стало ясно — именно это, последнее, интересовало его.

Прибыв в наркомат, Берия срочно вызвал к себе с “делом” Серебрянского начальника Первого специального отдела НКВД майора госбезопасности Леонида Фокеевича Баштакова.

Учитывая развитие событий на фронте, Баштаков быстро связал вызов к наркому с его интересом к бывшей сфере деятельности Серебрянского, с которой он был достаточно знаком.

Баштаков прекрасно понимал также, что, не окажись страна в столь тяжелом положении, вряд ли кто-либо поинтересовался бы участью верой и правдой послужившего режиму разведчика-чекиста, как и освобождаемых в последнее время из тюрем и лагерей военачальников. Выручили военные события. Правда, далеко не всех.

…Берия перестал листать “дело” и, вскинув голову, устремил пронзительный взгляд на начальника спецотдела.

— Хорошо… С него уже сняты все обвинения.

— С Серебрянского? — удивился Баштаков.

— А о ком, по-вашему, говорим? — хмуро отреагировал Берия. — В течение ближайшего часа он будет поднят наверх. Направим бумагу на его восстановление во всех правах. Также и в отношении жены».

По согласованию со Сталиным Берия отдал распоряжение освободить из заключения более двадцати сотрудников разведки. Среди них были и Серебрянские.

Согласно постановлению Президиума Верховного Совета СССР от 9 августа 1941 года Яков Серебрянский и его жена Полина были амнистированы. Они вышли из тюрьмы и были восстановлены в партии.

22 августа 1941 года, рассмотрев ходатайство НКВД, Секретариат Президиума Верховного Совета СССР (протокол № 97, дело № 15902) постановил:

«1. Возвратить Серебрянскому Якову Исааковичу ордена Ленина и Красного Знамени с орденскими документами.

2. Ввиду того, что принадлежащие Серебрянскому Я. И. орден Ленина за № 3363 и орден Красного Знамени за № 20171 сданы в переплавку на Монетный Двор, разрешить Отделу по учету и регистрации награжденных взамен их выдать Серебрянскому ордена из фонда очередного вручения.