Иерархи, оказавшие наибольшее противодействие Ивану III на соборе, не избежали наказания.

Геннадий сразу по возвращении в Новгород «нанят мъзду имати у священников от ставления наипаче первого», т. е. больше прежнего. Приговор об отмене «мзды» за поставление был продиктован собору Иваном III, и иерархи имели все основания считать его незаконным. Архиепископ Геннадий бросил открытый вызов властям. Но он лишь выразил общее отношение высших иерархов ко вновь принятому указу.

Новгород находился в прямом подчинении у Василия Ивановича, великого князя Новгородского и Псковского. Можно полагать, что санкции против Геннадия были осуществлены не Иваном III, доживавшим последние месяцы, а Василием III. В 1504 г. в Новгород приехали «Юреи Дмитрея Володимерова сын» (Ю. Грязной-Головин) и сын боярский И. Телешов с митрополичьим боярином. Посланцы Москвы опечатали софийскую казну и 1 июня того же года увезли Геннадия в столицу. 26 июня 1504 г. владыка отрекся от архиепископского сана «поневоле» и был отправлен в Чудов монастырь. Там он и скончался полтора года спустя.

Вместе с Геннадием «встречи» Ивану III говорил Серапион. Авторы «Слова иного», похвалив его мужество, попытались доказать, что его ждало наказание и мученичество, но небесные силы заступились за игумена. Свою версию они подтвердили такими фактами. Некие дворцовые крестьяне из села Илемна пожаловались, что их соседи, крестьяне Троице-Сергиева монастыря, нарушили межу. Иван III велел оштрафовать монастырь. (Дело было малозначительным, соответствующим, вероятно, был и размер штрафа). Власти потребовали, чтобы троицкие старцы предъявили им грамоты, подтверждающие права монастыря на его вотчинные владения. Иноки боялись, что Иван III без соборного приговора отберет у них земли, на которые у них не было грамот. Чтобы отвести беду, Серапион и братия усердно молились, не отходя от раки Сергия Радонежского ни днем, ни ночью. Неизвестно, чем бы кончилось дело, если бы не вмешательство провидения, о чем автор «Слова иного» упоминает с видимым удовольствием. У больного Ивана III случился удар. Князь послал старцам просьбу о прощении, а те «славу воздаша Богу, великого князя самодержца смирившаго».

Архиепископ Геннадий попал в заточение и не смог завершить свой поход на еретиков. Его дело продолжил Иосиф Санин. Между 1492 и 1504 гг. он в основных чертах завершил работу над главным сочинением своей жизни — «Сказанием о новоявившейся ереси новгородских еретиков». Почитатели таланта Санина со временем назвали его труд «Просветитель». Оценивая значение осифлянских идей, Г. Флоровский отметил, что Иосиф всю жизнь оставался равнодушен и недоверчив к богословскому творчеству, а в целом, проповедь осифлян не благоприятствовала культурному подъему.

В свое время архиепископ Геннадий, решив одним ударом покончить со своими противниками, объявил их тайными приверженцами иудейской веры, воспринявшими учение от некоего «жидовина». Архиепископ непосредственно руководил розыском, сам допрашивал новгородцев и имел возможность выпытать у еретиков имя их учителя. Ему надо было назвать его, чтобы подтвердить достоверность своих обвинений. Но Геннадий не знал этого имени, а потому и не назвал его.

Иосиф Санин жил в удельном монастыре за пределами Новгородской земли и писал позже, чем Геннадий. У него не было таких источников информации, как у архиепископа. Тем не менее Иосиф назвал шесть еврейских имен и составил «точную» генеалогию распространения «жидовства» в Новгороде. По утверждению Санина, проповедь иудаизма начал «жидовин Схария» (местная транскрипция имени Захарий), а затем в помощь ему из Литвы явились «инии жидове, им же имена Осиф, Шмойло, Скарявей, Моисей, Хануш». Я. С. Лурье убедительно доказал, что сведения о Захарии (Скаре) легендарны. На самом деле Санин не мог назвать ни фамилии, ни прозвища ересиарха, ни места в Литве, откуда он прибыл. Что касается имени Захарий, то оно было весьма распространенным среди евреев.

Историки пытались отождествить мифического Сха-рию с реальным лицом — «таманским князем» Захарием (Скарой). Завоевание турками Тамани вынудило местного князя в 1480-х гг. обратиться в Москву, где его поначалу почитали «евреянином», а затем стали называть то «черкасином», то «фрязином». Захарий Гвизольфи, переписывавшийся с Иваном III, происходил по матери из черкесского рода, по отцу из знатной генуэзской семьи Гвизольфи, традиционно придерживавшейся католической веры. С Тамани Гвизольфи бежал в Крым. Ни о каких поездках его в Литву или на Русь ничего не известно, как и о проповеди этим несомненным католиком иудаизма. Некий «жидовин» Захарий (Скара) излагал иудейские догмы русскому послу в Крыму Д. В. Шеину, о чем мы узнаем из послания инока Саввы. Однако отождествить его с Гвизольфи или со Схарией из Литвы нет оснований.

Иван III держался традиционных взглядов и требовал от Санина доказательств того, что убийство еретиков не является грехом и угодно Богу. Книга Иосифа с подробной росписью распространения иудаизма в России должна была избавить монарха от сомнений и колебаний. Из росписи следовало, что Схария совратил Дениса и Алексея. Алексей совратил Гавриила и Клоча. Клочь «научи Григориа Тучина жидовству» и т. д. Алексей якобы стал зваться по-еврейски Авраамом, жену «нарекоша Сарра». Санин не мог привести никаких доказательств исполнения еретиками иудейских обрядов и ограничился неясными намеками на то, что неким еретикам (Ивану Черному и Игнату Зубову) удалось «отбежати и обрезатися в жидовьскую веру». Названные лица скрылись за рубежом и успели умереть лет за 15 до собора 1504 г., обвинения против них не поддавались проверке. Живых еретиков Санин обвинил в двурушничестве, тем самым отняв у них всякую надежду на оправдание. Перед «ведящим писание» еретики якобы прикидывались православными; зато простых людей соблазняли «жидовством».

Иосиф не жалел красок, расписывая опасность, которую несут церкви расплодившиеся еретики. Он писал, что ныне «еретиков умножилось по всем городам, а христианъство православное гинет от их ересей». Однако поименно Санин мог назвать лишь очень немногих лиц, уцелевших от расправ в 1490 г.

В «Книге на еретиков» всю силу гнева Санин обрушил на Федора Курицына. Главный новгородский еретик Алексей давно умер, а среди уцелевших Курицын высился подобно горе. Второго столь же выдающегося деятеля среди них не было. Чтобы покончить с Курицыным, Иосиф решился на неслыханную дерзость. Он вслух напомнил о том, что Курицын занимался чернокнижием, будучи в приближении у Ивана III. «Толико же дрьзновение тогда имеаху к державному протопоп Алексей и Федор Курицын, яко никто ж ин звездозаконию бо прилежаху, и многим баснотворениемь, и астрологы, и чародейству, и чернокнижию».

Санин с видимым удовольствием описывал «сатанинскую» смерть еретика Алексея, муки в заточении еретика Захария. Он не преминул бы упомянуть о наказании и кончине Курицына. Но ни в «Книге на еретиков», ни в последующих его посланиях такого упоминания нет.

Отсюда следует, что Курицын был жив ко времени розыска и, возможно, избежал пыток и жестокого наказания. Отсутствие среди подсудимых и среди казненных главного обвиняемого — это лишь одна загадка страшного процесса 1504 г.