Выпускник первого набора УОППа (Учебного отряда подводного плавания РККА), Египко еще в мае 1932 года получил в числе семидесяти двух других офицеров квалификацию командира подводной лодки и был назначен командиром подводной лодки Щ-117 «Макрель», секции которой строились на Балтийском заводе в Ленинграде и по железной дороге отправлялись во Владивосток на Дальзавод, где лодку окончательно собрали и ввели в строй 28 января 1935 года. В марте 1935 года Египко вывел лодку в автономное плавание, однако имя его стало известно всей стране несколько позже.

В начале 1936 года, когда окончательно начала формироваться океанская стратегия с главной задачей сокрушения Британской Империи, встал вопрос о резком увеличении автономности находящихся в строю подводных лодок, чтобы они, как это чуть не удалось их немецким коллегам и учителям в годы минувшей войны, поставили, наконец, на колени гордый Альбион и обеспечили предпосылки для пролетарской революции в мировом масштабе. В силу этой доктрины нарком обороны Ворошилов поставил перед подводниками задачу - отработать плавание лодок на полную их автономность. 11 января 1936 года Египко вывел свою «Макрель» в море и вернулся на базу лишь 20 февраля, пробыв в автономном плавании 40 суток, что примерно в 2,5 раза превышало проектную автономность «щук» того времени! За это время лодка прошла 3022,3 мили, из них 315,6 мили под водой, пробыв в подводном положении 340 часов 35 минут и установив рекорд пребывания подводной лодки в подводном положении на ходу без регенерации воздуха. За это плавание Египко получил орден Ленина, весь экипаж лодки был награжден орденами, и «Макрель», таким образом, стала первым в истории советского флота кораблем, экипаж которого полностью состоял из орденоносцев.

Но настоящую славу Египко принесли его почти невероятные приключения во время гражданской войны в Испании. На подводных лодках республиканского флота, в отличие от других кораблей и соединений, советские офицеры были не военными советниками, а командирами. Командовать им приходилось через переводчиков. Дело было очень трудным, так как большинство офицеров-подводников испанского флота сражались на стороне генерала Франко. Корабли мятежников вели в Бискайском заливе блокадные действия, поддерживая наступление своих войск в Андалузии. Их войска рвались к порту Хихон, где базировались республиканские корабли. Подводным лодкам приходилось постоянно прорывать блокаду, выходя в море. Египко командовал подводной лодкой «С-6». Во время одного из таких прорывов лодку преследовали семь больших кораблей и несколько торпедных катеров мятежников. Семь раз торпедные катера забрасывали лодку глубинными бомбами, и каждый раз Египко уводил ее из-под удара, несмотря на то, что на лодке вышли из строя горизонтальные рули и другие механизмы и была сильно изношена аккумуляторная батарея.

Авиация мятежников ожесточенно бомбила Хихон. Подводные лодки «С-2» и «С-4» ночью 26 августа покинули базу и укрылись во французских портах, но лодка Египко осталась. Вскоре она прорвалась в Кантабрийское море и несколько раз выходила в торпедную атаку по крейсеру мятежников «Альмиранте Сервера», но из-за плохого качества фиумских торпед успеха добиться не смогла. При очередном прорыве из охваченного пожарами Хихона Египко удалось потопить канонерскую лодку мятежников, обстреливавшую республиканские войска.

18 октября 1937 года во время воздушного налета на Хихон две бомбы разорвались у самого борта подводной лодки. В легком и прочном корпусе образовались пробоины, была разрушена аккумуляторная батарея, дизеля дали трещины, оказались деформированными водонепроницаемые переборки. Лодка потеряла боеспособность, и морской министр принял решение ее затопить. 19 октября 1937 года в 23 часа 30 минут Египко вывел на буксире лодку «С-6» из Хихона и взорвал ее в трех милях от порта. После этого Египко было приказано сформировать новый экипаж подводной лодки «С-2», находившейся в ремонте во французском порту Сен-Назер. В списке личного состава лодки он числился как младший машинный офицер. Официально при сношении с французскими властями выступал машинный офицер Росс. Обычные ремонтные работы практически превратились в сражение за корабль. Многие из присланного из Испании экипажа открыто сочувствовали мятежникам и не скрывали своей ненависти к коммунистам.

Как и по всей Испании, на лодке начала активно действовать «пятая колонна». На лодке была выведена из строя новая аккумуляторная батарея и взорвана трюмная помпа, что на два месяца задержало выход лодки из ремонта. При проведении послеремонтных испытаний французские власти запретили лодке производить погружение в порту и вообще во французских территориальных водах, предупредив, что после выхода в море «С-2» уже не сможет зайти ни в один французский порт, иначе она будет интернирована. И тогда Египко с чисто русской удалью ночью на свой риск испытал лодку в бассейне Сен-Назера, а затем, 17 июня 1938 года, вывел лодку в море без необходимых механизмов и при отсутствии десяти очень нужных специалистов, начав рискованное плавание в Испанию. Ему предстояло миновать страшный своими штормами Бискайский залив, обогнуть Пиренейский полуостров, прорваться через узкий Гибралтарский пролив и выйти в Средиземное море.

В самом начале перехода дали о себе знать низкое качество ремонтных работ и активность «пятой колонны». Вышли из строя перископы, отказал гирокомпас, выявилось немало и других дефектов. И как будто всего этого было мало, радисты лодки перехватили радиопередачу из Саломанки, где размещался главный штаб генерала Франко. Мятежники сообщили о переходе лодки «С-2» из Сен-Назера в один из портов, контролируемых коммунистами, подчеркнув, что лодка ожидается у Гибралтара 21-22 июня. На поиск лодки были брошены морские силы мятежников, а также итальянские и немецкие катера.

В ночь на 24 июня «С-2» подошла к Гибралтару. Стояла хорошая, ясная погода, и лодка была быстро обнаружена. Сопровождаемый взрывами глубинных бомб, Египко увел лодку на глубину. «С-2» несколько раз меняла курс, ориентируясь на показания эхолота. Для экономии электроэнергии многие механизмы были переведены на ручное управление. В 22 часа лодка всплыла в Средиземном море в 25 милях восточнее Гибралтара. Около полуночи на траверзе захваченной фалангистами Малаги лодка уклонилась от двух итальянских крейсеров и благополучно прибыла на главную базу республиканского флота в Картахену.

Много еще трудилась лодка «С-2»: вывозила ценности, эвакуировала людей, спасла от верного плена генерала Малиновского, патрулировала у побережья, создавая нервозную обстановку на кораблях блокадного флота. Фалангисты много раз широко оповещали о потоплении лодки «С-2» и даже о ее захвате.

После возвращения в СССР капитан 2-го ранга Египко Указом Президиума Верховного Совета от 22 февраля 1939 года получил звание Героя Советского Союза, став вторым подводником, удостоенным этой высшей в СССР награды за воинскую доблесть.

В годы финской войны, будучи уже командиром бригады подводных лодок, Египко не сумел подтвердить своей