При поддержке Столыпина Гучков, впрочем, был избран председателем Думы. «А. И. Гучков не имел технических председательских данных, — пишет Ольденбург, — он в то же время покидал ответственный пост руководителя думского центра. Что же побудило его принять звание председателя? По-видимому, А. И. Гучков при помощи высочайших докладов желал получить возможность влиять в желательном для него направлении на самого государя». Проще говоря, Гучков мечтал о роли какого-то фаворита при Государе и, надо сказать, к тому дело и шло. Но неожиданно он встретил резкий отпор: «Государь угадал (или приписал Гучкову) такое намерение, — продолжает Ольденбург, — он, кроме того, считал, что Гучков стремится обходным путем урезать царскую власть; и на первом же приеме 9 марта, отступив от своей обычной приветливой манеры, встретил крайне холодно нового председателя Думы, открыто показал ему свое недоверие. В газетном сообщении о приеме было только сказано, что аудиенция «продолжалась более получаса»; обычных слов о «высокомилостивом приеме» не было». Во вступительной председательской речи в 1910 г. Гучков говорил, что, «может быть, придется и сосчитаться» с «внешними препятствиями, тормозящими нашу работу».

В марте 1911 г. сессия Думы была прервана на три дня и в это время по 87-й статье принят закон о земствах в юго-западных губерниях. Таким путем Государь спас провалившийся в Госсовете столыпинский законопроект. Дума негодовала, а Гучков ушел в отставку с поста председателя. Разумеется, не нарушение закона волновало Гучкова. Такая решительная поддержка Государя была блестящим успехом Столыпина на том пути, на котором круто поскользнулся сам Гучков. Государь поддержал Столыпина, а не его; вот что его возмутило. Он возненавидел обоих. Гучков как будто предчувствовал, что через сорок лет Солоневич напишет: «После П. А. Столыпина А. И. Гучков был, конечно, самым крупным человеком России». Гучков не мог вынести, что Столыпин в чем-то его превосходит. В 1910 г. Столыпин совершил свой известный полет на самолете. Храбрость Столыпина в данном случае замечательна: во-первых, самолеты тогда были примитивные и совсем ненадежные, во-вторых, летчик был эсером и мог воспользоваться случаем для покушения на министра. Поняв это, Гучков тоже поднялся на самолете. Обычной завистью к Столыпину вызваны его слова «в сущности, Столыпин умер политически задолго до своей физической смерти». Когда Гучков объявил, что снимает с себя полномочия председателя Думы, Столыпин пригласил его к себе и просил остаться («Столыпин очень удивился моей отставке»), но Гучков отказался. Свою ненависть к Столыпину Гучков держал при себе, в речах же и письмах не переставал превозносить его, называя «исполином», кланяясь до земли памятнику Столыпина и т. д. А Государю он открыто стал врагом. «С этого момента у меня впервые явилось какое-то недружелюбное чувство по отношению к государю, связанное с убийством Столыпина и его поведением после смерти Столыпина». Здесь Гучков, который «разным людям свои взгляды представлял по-разному», несколько кривит душой, связывая свою неприязнь к Государю именно с убийством Столыпина, а не с событиями, которые произошли в Думе немного раньше. Не улучшил их отношения и такой, рассказанный Курловым, эпизод: «При представлении членов Третьей Государственной Думы Его Величество обратился к Гучкову с вопросом, избран ли он депутатом от гор. Москвы или от Московской губернии? Указанного невнимания Гучков простить не мог: как осмелился Государь не знать подробностей карьеры «знаменитого» человека!».

Гучков начал, как он говорил, «отстаивать монархию против монарха». Он решил заставить Россию возненавидеть Государя так же сильно, как он Его ненавидел. Для этого он выбрал из лиц, знакомых с Императорской семьей, странную фигуру по фамилии Распутин, и организовал его травлю. Вместо того чтобы прямо обвинить в чем-нибудь правительство или Государя, Гучков сосредоточился на этой малозначительной личности, делая вид, что Государя же защищает от нее.

В газете Гучкова «Голос Москвы» появилось открытое письмо приват-доцента Московской духовной академии Новоселова церковным властям о «хитром заговорщике против святыни церкви государственной, растлителе чувств и телес человеческих — Григории Распутине». Номер газеты был конфискован, и в Думу был внесен соответствующий запрос, который первым подписал Гучков. «В сущности, — пишет Родзянко, — запрос вынес целиком дело на суд общества. Статья в «Голосе Москвы», за которую номер был конфискован, приведенная полностью в тексте запроса, попала в стенографические отчеты и была напечатана поэтому во всех газетах». Одновременно Гучков через баронессу Икскуль познакомил Распутина с В. Бонч-Бруевичем, известным специалистом по сектантству, ожидая, видимо, поддержки в критике «еретика» Распутина. Вскоре в журнале «Современник» появилось и заключение Бонч-Бруевича о полной религиозной ортодоксальности «старца». Неизвестно, какую роль в этой неожиданной поддержке Распутина сыграла партия большевиков, к которой принадлежал Бонч-Бруевич. «Потом, — говорил Гучков, — когда я ознакомился с личностью Бонч-Бруевича и с его ролью во время [правления] большевиков, я стал задумываться, не пришел ли он к тому убеждению, что это явление полезно для них, спекулировавших на разложении старой власти».

В конце 1911 г. в Петербурге распространились копии нескольких писем, адресованных Распутину, одно из которых было написано Императрицей, остальные Великими Княжнами. Письма распространялись «со ссылкой на А. И. Гучкова». Хотя ничего подозрительного письма не содержали, факт переписки Царской Семьи с Распутиным заставил Петербург насторожиться. До сих пор неясно, кто же в действительности распространял эти письма. Ненавидящий Гучкова Милюков убежден, что распространял именно Гучков, Коковцов осторожно уходит от прямого ответа, Курлов и вовсе пишет, что письма распространял тот же Илиодор, который и отобрал их оригиналы у Распутина. Государю, по всей вероятности, доложили, что виноват Гучков. Но Гучков не только не отрекся от писем, но и в то же время продолжал свою кампанию против Распутина.

9 марта 1912 г. он произнес в Думе свою знаменитую речь по смете Святейшего синода. Гучков начал с того, что «нужно особое душевное настроение, мне не свойственное, особый склад ума, я скажу, души, мне чуждый, чтобы сосредоточить свое внимание и свои слова на вопросах, как страхование церковного имущества, уравнение епископских окладов», т. е. чтобы во время прений по смете Синода говорить о смете Синода. «Хочется говорить, хочется кричать, что церковь в опасности и что в опасности государство». Опасность, по мнению оратора, создавал Распутин, «загадочная трагикомическая фигура — точно выходец с того света или пережиток темноты веков, странная фигура в освещении XX столетия». «Вдумайтесь только, — говорил Гучков, — кто же хозяйничает на верхах, кто вертит ту ось, которая тащит за собой (Марков-второй, с места: это бабьи сплетни) и смену направлений, и смену лиц, падение одних, возвышение других? Если бы мы имели перед собою (Марков-второй, с места: митинговая речь) одинокое явление» и т. д. Всего нелепее в речи были постоянные намеки на «антрепренеров старца», которые «суфлируют ему то, что он шепчет дальше». Гучков не переставал повторять, что говорит известные всем вещи, хотя, наоборот, это его речь оказалась откровением. Под конец он все же вспомнил о Синоде и заодно разгромил и его обер-прокурора Саблера за бездействие. Марков-второй логично крикнул во время этой речи, что известный этический минимум обязателен и для членов Государственной думы.