С начала XIX века иностранные суда стали все чаще появляться под разными предлогами у берегов Японии. Одни стремились защитить живущих там сограждан, другие пытались установить торговые связи, третьи старались закрепить свои права на северные острова (Россия), четвертые — контролировать свои китобойные суда (как США, для которых они стали очень важны после 1820 года). Европейцы, утвердившиеся в Китае после Опиумной войны 1840 года, вели себя все более вызывающе и требовали от Японии доступа в страну, не пренебрегая при этом угрозами, что вызывало политическую нестабильность. Сёгуны видели, как тает день ото дня их власть, и понимали, что правительство не в силах справиться с падением экономики и помешать развитию национализма, приводящего к росту доверия императору. Налицо были три тенденции, определяющие направление общественного мнения. Сёгунат выступал за полную открытость страны для иностранцев, опасаясь их военного превосходства. Эту точку зрения разделяли тёнин (городские жители и торговцы), ищущие экономической выгоды от присутствия иностранцев, и несколько даймё (удельных князей), преданных западным идеям. Император при поддержке нескольких крупных родов юго-востока стремился вернуть себе власть и враждебно относился к выходу страны из изоляции. Наконец, некоторые влиятельные князья под предлогом защиты императора искали способ получить максимум пользы из все еще сильной системы сёгуната. Остальные роды разделились на два лагеря и заняли выжидательную позицию. Что касается народа, страдающего от налогов даймё и эксплуатации самураев, то он не мог сделать окончательный выбор в пользу какого-либо одного режима, но не терял веры в императора.

Многочисленные писатели и ученые призывали к открытости страны Западу, делая при этом особый акцент на легитимности императорской власти (что подразумевало нелегитимность власти сёгуната). В то же время иностранцев презирали, а победы японцев в Китае, их присутствие на Филиппинах вызывали восхищение и укрепляли веру в способность противостоять угрозе колонизации. Большинство жителей считали, что необходимо укреплять побережье и вооружаться по западному образцу. Клан Мито, например, занялся выпуском оружия по методике, вычитанной из европейских книг, переплавляя для этого колокола с буддийских храмов. Многочисленные контакты с иностранными торговцами позволяли японцам познакомиться с техникой изготовления современного оружия. Кланы Тёсю и Сацума (которые завоевали острова Рюкю и поддерживали отношения с иностранцами, высаживавшимися на этих островах) получали выгоду от своей финансовой независимости и могли изготавливать оружие европейского образца. В 1846 году, уже после того, как у Нагасаки бросили якорь английские и французские корабли, американцы предложили императору провести переговоры по поводу заключения торгового соглашения, но получили отказ. Это было время появления первых пароходов, что оказало громадное влияние на развитие морской торговли. В Тихом океане все чаще появляются американские и европейские (русские, французские, голландские, английские) суда, которым требовались остановки для пополнения запасов продовольствия, угля и питьевой воды. Кроме того, американцы с трудом мирились с частыми вторжениями русских в японские воды и поэтому поспешили отправить в Японию флот из четырех фрегатов, работающих на пару, под командованием коммодора Перри. Последний, сделав краткую остановку в Нага (острова Рюкю), появился перед Урагой 8 июля 1853 года. «Черные корабли» (курофунэ) иностранцев привели страну в волнение, и, кланы, как и сёгунат, опасаясь вторжения, отдали приказ о защите берега. Сопровождаемый тремястами вооруженными моряками, Перри обратился к представителям сёгуната с письмом от лица президента Филмора, который предлагал установить между странами официальные отношения. Перри объявил, что вернется за ответом через год. Сёгун Токугава Иэясу скончался несколько дней спустя после этой демонстрации силы, и японские чиновники, весьма обеспокоенные случившимся, разделились во мнениях по поводу того, что теперь предпринять. Наконец, новый сёгун Токугава Иэсада решился спросить совета у самого императора, чего не случалось с начала XVII века. Это навело многих японцев на мысль о том, что существующей власти приходит конец. Сторонников императора становилось все больше, а крупные княжества юго-запада уже в открытую высказывались против Бакуфу, продолжающего укреплять береговую линию. В конце 1853 года русский адмирал Путятин прибыл в Нагасаки, но был вынужден вернуться в Шанхай из-за начинающейся Крымской войны. И на следующий год он не смог наладить отношения с сёгуном. Встревоженный присутствием русских, Перри решил вернуться в Японию раньше намеченного срока и появился в бухте Эдо, в Канагаве, вместе с флотом, на кораблях которого насчитывалось 1600 человек, в феврале 1854 года. Такое сопровождение произвело впечатление, и сёгунат и Соединенные Штаты подписали соглашение о торговле 31 мая того же года. Соглашение состояло из двенадцати пунктов, открывало для иностранцев порты Симода и Хакодатэ и позволяло американцам учредить консульство в Симоде.

Перри вернулся в начале 1855 года для подписания окончательного договора (21 февраля 1855 года). Сёгунат принял это соглашение, не заручившись поддержкой императора, лишь из страха перед военной мощью Америки, и навлек на себя обвинения в трусости и государственной измене.

Соединенные Штаты подали пример другим странам, и вскоре Великобритания, затем Россия и Голландия (которая уже отправила по просьбе сёгуната в 1855 году фрегат «Канкомару» в качестве учебного судна для японских моряков) также добились значительных торговых преимуществ. Император, узнав о договорах, навязанных Китаю в 1858 году, не осмелился противостоять подписанию соглашений сёгуната с иностранцами и скрепя сердце одобрил заключение второго договора с американцами, открывшего им доступ к новым портам и обеспечившего их дипломатическим имммунитетом. За этим документом последовали соглашения с Голландией, Россией, Великобританией, Францией, Португалией и Пруссией (период с 1858 по 1861 год). Новый сёгун, Токугава Иэмоти, который сменил Иэсаду, отправил полномочных министров в Соединенные Штаты (1860) и затем в Европу (1862), не учреждая тем не менее посольств в этих странах.

Сложившаяся ситуация, согласно понятиям японского кодекса чести «позорившая страну», вызвала недовольство сторонников императора и спровоцировала волну сопротивления и даже ненависти к европейцам. Главный сторонник Бакуфу — Ии Наосукэ вместе с заговорщиками из клана Мито организовал убийство представителей клана Сацума в 1860 году. Тем временем ненависть к иностранцам нарастала, особенно после того, как многие японцы пострадали из-за спекуляций европейцами золотом.

Продвижение русских в Маньчжурии и на Сахалине, захват англичанами территорий в Гонконге и Китае, французская колонизаторская политика в Кохинхине (Южном Вьетнаме) вызвали огромное беспокойство политических кругов Японии. Многие европейцы стали жертвами террористов. Влиятельные юго-западные княжества: Тёсю, Сацума, Тоса и Хидзэн (их общее наименование — Садзётохи или Сатётохи) приняли сторону императора, который противостоял иностранцам-«варварам» и сёгунату, благоприятствовавшему их пребыванию на священной земле Японии. В 1862 году сёгунат не смог удержать под своим контролем даймё «внешних» кланов, и они поспешили покинуть столицу Бакуфу и перебраться в Киото, резиденцию императора, ставшую вскоре политическим центром Японии. Освободившись от давления Эдо, даймё по призыву императора объединились в противостоянии Бакуфу. Сам император, чувствуя поддержку даймё и осознавая усиление своей власти, решил с помощью кланов объявить войну иностранцам. Военные действия начались 25 июня 1863 года: Тёсю открыли огонь в проливе Симоносеки по американскому судну «Пемброк». Голландская «Медуза» и французская «Хань-Шан» также подверглись обстрелу с берега. Вскоре последовал ответ: американцы потопили пароход, принадлежавший Тёсю, а французы уничтожили батареи на берегу Симоносеки. Великобритания атаковала город и порт Кагосима, вынудив клан Сацума подписать соглашение, которым англичане воспользовались, чтобы продать Японии военные корабли и снаряжение.