Император Комэй стал осознавать, что европейские государства значительно превосходят Японию по военной мощи, и решимость некоторых кланов идти до конца в противостоянии с Западом начала мешать ему. Требовалось во что бы то ни стало сохранить целостность территории, и это заставило императора пересмотреть свои взгляды на ведение внешней политики. Его ближайшими советниками стали даймё Сацума и Тоса, довольно благосклонно относящиеся к открытию Японии для иностранцев. Клан Тёсю остался не у дел и попытался вернуть политический вес, атаковав Ююто в августе 1864 года. Он был разбит объединенным французским, голландским, английским и американским флотом, нанятым императором (хотя об этом факте мало кто знал). Затем флот занял Хиросиму (принадлежащую Тёсю) и освободил проливы. Остальные кланы объединились с Сацумой и с войсками Великобритании против Бакуфу Эдо.

Ситуация была крайне сложной. Император противостоял клану Тёсю и, не доверяя сёгунату, подтвердил прежние договоры между сёгунатом и иностранцами. Под предлогом защиты императора войска сёгунов продвинулись до Осаки и Хиросимы, но были отброшены хорошо вооруженными войсками Тёсю, так что император решил прекратить военные действия против клана. Тем временем сёгун Иэмоти скончался в Осаке. Его сменил назначенный императором Кэйки Ёсинобу. Став вассалом императора, Кэйки сразу же распустил войско сёгунов и Тёсю.

Император Комэй скончался 3 февраля 1867 года, и на престол взошел его пятнадцатилетний сын Муцухито. Практически все кланы присягнули ему и принесли клятву верности, возможно, надеясь повлиять на юного правителя. Последние сторонники сёгуна Токугавы были разбиты войсками Сацумы и Тёсю, вставшими наконец под знамя императора. Кэйки Ёсинобу был вынужден бежать на американском корабле «Ирокез» и затем пересесть на свой корабль «Каё-мару». В мае 1868 года армия императора настигла последних сторонников в Эдо и на севере страны, где те пытались скрыться.

Кэйки Ёсинобу сложил с себя полномочия в пользу императора, и 3 января 1868 года сёгунат официально прекратил свое существование. Император сосредоточил в своих руках всю власть и на все ответственные должности назначил представителей Садзётохи. Это событие явилось началом «установления эпохи Мэйдзи» — 1 января 1868 года по восточному календарю. Император перенес резиденцию из Киото в Осаку и затем в Эдо, переименовав город в Токио — «столицу Востока». Гражданская война завершилась 27 июня 1869 года капитуляцией Эномото — адмирала, до конца преданного исчерпавшей себя системе сёгуната.

Появилась необходимость внести изменения не только в государственную систему, но и в менталитет народа, а это невозможно сделать одним лишь постановлением свыше. Чтобы Запад признал новую Японию, требовалось прежде всего избавиться от феодального строя. Во время инаугурации 6 апреля 1868 года император произнес речь, в которой говорил о пяти принципах, определивших судьбу Японии вплоть до сегодняшнего дня и положивших начало целой серии значимых изменений в истории страны. Эти принципы были разработаны самим императором при участии трех государственных деятелей родом из благородных феодальных родов: Ивакуры Томоми (1825–1883), принадлежащего к одной из ветвей императорской семьи, Кидо Койна (Такаёси или Такамаса, 1834–1877), главы клана Тёсю, и Фукуоки Котэй (Такасика, 1835–1919) — влиятельного представителя клана Тоса. Все они по разным причинам (чаще личным) так или иначе участвовали в устранении системы сёгуната.

Ознакомление с пятью пунктами «торжественной присяги» императора чрезвычайно важно для понимания причин, приведших к появлению новой Японии:

1. Обещание создать совещательное собрание для решения всех государственных дел в соответствии с общественным мнением.

2. Обещание привести страну к процветанию, объединив для достижения этой цели усилия правителей и управляемых.

3. Всем людям будет дозволено осуществлять свои законные стремления и развивать свою деятельность.

4. Постепенное устранение всех традиций и обычаев, признанных «бессмысленными». Справедливость и беспристрастность, как они понимаются всеми, должны стать основами всякого действия.

5. Поиск знаний во всем мире, для того чтобы они служили укреплению основ государства.

Перед тем как приступить к осуществлению этой обширной программы, император разработал нечто вроде конституции (июнь 1868 года), которая сразу же установила разделение исполнительной, законодательной и судебной властей. Исполнительная власть закреплялась за императором, а законодательной и судебной обладал Государственный совет, состоящий из Верхней палаты, члены которой избирались из представителей аристократии, даймё и самураев, и Нижней, в которую входили самураи из всех кланов. Таким образом происходило возвращение к той форме управления государством, которая существовала в Японии приблизительно с VII века. Реальная власть была сосредоточена в руках министров (гидзо) и советников (са-ньё), полных решимости изменить страну.

5 марта 1869 года под давлением Кидо Койна, Окубо Тосимити (1830–1879) и еще нескольких советников, все молодые даймё юго-западных княжеств отказались от привилегий, имущества и титулов в пользу императора. Через три месяца их примеру последовали почти все главы кланов. Это добровольное отречение не перестает изумлять нас и сегодня, ведь оно было бы немыслимым в любой другой стране, кроме Японии. С VII века популярность императора и его власть над умами людей были таковы, что никто не осмелился бы отказаться отдать свою жизнь (и уж без всякого сомнения титул и состояние), если прямой потомок богини солнца Аматэрасу потребовал бы от него этой жертвы. Император был не только воплощением божества, но и живым символом всей японской нации, ее знаменем, поводом к ее существованию.

Итак, отныне император Муцухито являлся единственным правителем островов Восходящего солнца, единолично принимал государственные постановления и мог не опасаться притязаний феодалов, всегда готовых к противостоянию. Он задумал первое преобразование общества, революционное по своей сути, создав три новых класса, которые должны были прийти на смену старому делению феодального общества. Первый — кадзоку — состоял из придворной аристократии и феодальной знати; второй — сидзоку — составляли самураи независимо от клана, семьи или уровня благосостояния. И, наконец, в третий, называемый зсэймин, входили люди из народа.

С этого времени одна реформа следовала за другой. Прежние даймё, сразу же назначенные наместниками в своих княжествах, получали жалованье, равное десятой части их доходов. Впоследствии они были вынуждены оставить эту должность и стать правительственными чиновниками в столице. Не оправдались и ожидания самураев и духовенства из крупных буддийских монастырей, которые лишились своих земель, что с корнем вырвало феодализм из почвы Японии. Но император не собирался останавливаться на полпути. Выплата пенсий и жалований слишком давила на государственный бюджет, и в Лондоне японским правительством был заключен договор о займе, а в 1873 году оно предложило выкупать наиболее незначительные пенсии. Три года спустя все пенсии без какого-либо предупреждения были превращены в право на ренту.