Я телеграфировал лейтенанту Матисену, которого считал за командира судна, что я подаю в запас и еду, как могу скорее, в Петербург. Но выйти в запас мне не пришлось. Благодаря участию президента Академии наук великого князя Константина высшее морское начальство телеграммой потребовало моего списания с «Петропавловска» и возвращения в Петербург. Все устроилось лучше, чем я ожидал. На первом пароходе Русского общества, простившись с броненосцем честь честью, как говорится, я в первых числах января ушел из Пирея в Одессу и явился в Петербург около середины января. Встретившись с Матисеном, я узнал, что он поступал первым помощником на шхуну «Заря», командиром которой был лейтенант Коломейцев, бывший минным офицером на «Варяге», строившемся в Америке и только недавно прибывшем в Петербург. Лейтенанта Матисена я знал еще по плаванию на «Рюрике», о Коломейцеве же я много слышал, но знал его очень мало, во всяком случае, я знал его как отличного моряка, и это все, что было надо. Я поступил вторым помощником на судно экспедиции. На другой день по приезде я увиделся с бароном Толлем и согласился на все условия, которые, к слову сказать, не оставляли желать ничего лучшего в смысле положения, материального вознаграждения и проч. Я лично ни на что не рассчитывал, так как считал, что участие в такой экспедиции само по себе уже делает незначительным все остальные вопросы».

Эдуард Васильевич Толль предложил Колчаку взять на себя часть научных работ: гидрографических, гидрологических и магнитометрических наблюдений. Он рекомендовал заняться в Павловской магнитной обсерватории, чтобы подготовиться к магнитным наблюдениям для помощи астроному и магнитологу экспедиции Ф. Г. Зеебергу. Но прежде чем приступить к этим занятиям, он предложил съездить в Архангельск и оттуда в Мезень или Кемь для найма трех человек поморов из бывших на Шпицбергене или Новой Земле.

Русская полярная экспедиция Академии наук имела целью найти легендарную «Землю Санникова», которую, как уверял Толль, он видел с северо-западного мыса острова Котельный в августе 1866 года, когда участвовал в экспедиции А. А. Бунге. Другой важной задачей своей экспедиции Толль считал комплексное обследование Таймырского полуострова и других берегов, островов и акваторий Карского и Сибирского морей. В Норвегии Толлем была закуплена деревянная, требующая некоторого переоборудования парусно-паровая шхуна «Гаральд Харфагер», переименованная в «Зарю». В состав экспедиции, помимо начальника и команды, входили ученые А. А. Бялыницкий-Бируля, доктор медицины Г. Э. Вальтер и Ф. Г. Зееберг и три офицера, лейтенанты: Н. Н. Коломейцев – командир судна, Ф. А. Матисен – старший офицер и А. В. Колчак – 2-й помощник командира и гидрограф. Всего же команда «Зари» насчитывала 12 человек, в том числе боцман Н. Бегичев, механик Э. Огрин, машинист Э. Червинский, кочегар И. Клух, старший рулевой В. Железников, матросы Г. Пузырев, Т. Носов, Е. Евстафьев, С. Толстой, Н. Безбородов, А. Семяшкин, повар Ф. Яскевич.

Гидрограф А.В. Колчак по время экспедиции за работой.

«Уже в первое время, – отмечал в дневнике Колчак, – явились некоторые несогласия между Толлем и Коломейцевым по вопросам большею частью чисто принципиального характера. Коломейцев, будучи крайним формалистом, стал на точку зрения командира военного судна и даже предложил Э. В. Толлю ходатайствовать о даровании «Заре» военного флага – вещь крайне неудобная для такого рода плавания, которое нам предстояло. Практика же показала, что военный флаг крайне стеснителен по многим обстоятельствам, во-первых, уже потому, что связанные с ним военное положение и порядок трудно применимы при малочисленной команде, условиям зимовки и прочее. Толль никак не мог согласиться на это уже потому, что тогда он фактически терял на судне всякую власть как не моряк и не могущий фактически командовать кораблем. Это было уже предвестником всего того, что имело быть в течение всей экспедиции. Основная же ошибка в ее организации состояла в том, что на судне и всем характере жизни, связанном с этим судном, главным распорядителем было лицо, не знающее морского дела.

Относительно своей части, то есть гидрологии и снаряжения, касающегося ее, пока еще ничего не было сделано. Первоначальный план экспедиции, которая должна была пройти в Берингов пролив и закончить свои работы во Владивостоке, заставил меня очень широко взглянуть на это дело. Со стороны барона была полная предупредительность во всем, что касалось научного снаряжения. Я обратил особое внимание на то, что гидрологическое оборудование отвечало глубоководным работам, на которые я рассчитывал главным образом по выходе в Тихий океан. В этом же направлении распорядился своей частью и старший зоолог экспедиции А. А. Бялыницкий-Бируля, специалист по морской фауне, которого особенно привлекали работы в северной части Тихого океана и возможность получить свежие последовательные исследования от Атлантического океана через Северный до Великого. Как оказалось впоследствии, нашим планам сбыться не удалось, и теперь становится прямо жаль, когда подумаешь, какое ценное и редкое научное снабжение по гидрологии и морской зоологии осталось неиспользованным».

Через несколько дней после прибытия в Петербург Александр уехал через Москву в Архангельск. Почти в то же время Коломейцев убыл в Христианию (ныне город Осло). Приехав в Архангельск, Колчак посетил губернатора Энгельгардта и, переговорив с ним, убедился, что в Мезень ехать уже поздно: промышленники уже в первых числах февраля выходили на промыслы. То же самое он встретил и на зимнем берегу и потому дальше Мудьюга на север не поехал, а отправился летним берегом на Онегу и Сумской Посад. В Архангельске он нанял одного человека, бывшего в экспедиции Джексона и зимовавшего на Земле Франца-Иосифа. На лошадях Александр проехал до Сумского Посада, убеждаясь на каждом шагу в крайне сомнительной пригодности этой части Приморья для экспедиции. Тем не менее он отыскал и нанял в Суме еще двух человек, ранее бывших на Новой Земле, из которых один по фамилии Евстафьев зимовал там. Из этих трех поморов только один Евстафьев ушел впоследствии с нами в плавание и оказался полезным работником, во всяком случае, не хуже всей остальной команды. Двух других пришлось уволить, так как они оба страдали застарелым ревматизмом. Из Сумского Посада Колчак вернулся в Петербург к середине февраля через Повенец, Петрозаводск и Олонецк на лошадях, по одной «из самых гнусных дорог, какие мне когда-либо приходилось видеть».

В Петербурге он поселился вместе с Ф. А. Матисеном, продолжая заниматься снаряжением своей части и работами с инструментами в Павловской физической обсерватории при участии и помощи начальника обсерватории В. А. Дубинского. Свое гидрологическое снаряжение Александр заказал частью в Англии, частью в Швеции, частью в России. Около 10 апреля была собрана вся команда, и Колчак с Матисеном и нижними чинами по Финляндской железной дороге уехал через Гангеуд в Стокгольм и далее через Христианию в Ларвик, где на эллинге известного строителя «Фрама» Колина Арчера готовилась под наблюдением командира Н. Н. Коломейцева «Заря». Вооружив судно, они должны были привести его в Петербург и в начале июня, приняв грузы, все снабжение и ученый состав, идти в Ледовитый океан.