Торговцы из Италии и Фландрии, а также из Восточной Испании были лишены лицензии на торговлю. Мавры и евреи, не принятые некогда в Испании (более полумиллиона их были вынуждены эмигрировать с Пиренейского полуострова между 1492 и 1609 гг.), обнаружили, что им не найти убежища и в Америке.

Слабостью Испании, с которой Филипп ничего не мог поделать, была неразвитость ее экономики. Страна была и остается по сей день горной, неплодородной и засушливой. Несмотря на то что 95 процентов населения составляли крестьяне, Испания XVI в. не производила достаточного количества зерна, чтобы прокормить население, и ей приходилось ввозить его из Средиземноморских и Балтийских стран. Знать, владеющая практически всеми территориями, предпочитала вместо земледелия разводить овец, поэтому шерсть мериносов была основным товаром, вывозимым из Испании. Испанцы продавали нечесаную шерсть во Фландрию по очень низкой цене, а обратно ввозили одежду по очень высокой стоимости, отдавая таким образом большую часть дохода в другую страну. О промышленности в Испании XVI в. говорить не приходится: большая часть промышленных товаров ввозилась из других стран. Жители Кастилии всегда ставили бизнес ниже войн и молитв, и большая часть их доходов и средств находилась в неумелых руках. У империи Филиппа было три торговых пути: между Испанией и Италией, между Испанией и Нидерландами и между Испанией и Америкой. На первом пути доминировали генуэзцы, на втором — голландцы. И только американский путь полностью контролировался Кастилией. Но даже здесь большинство кораблей не были испанскими. В конце XVI в. почти 200 кораблей в год курсировали между Севильей и Америкой, это был длинный, но весьма оживленный торговый путь. Ввоз слитков в Севилью достиг своего пика между 1580 и 1620 гг. В 1594 г. золото и серебро составляли 95 процентов экспорта. К сожалению, мало что задерживалось в Испании из-за проблем в экономике, средства шли на уплату долгов и кредитов.

Военную мощь империи Филиппа II подрывали неустойчивая экономика и несовершенная социальная структура Испании. Не хватало средств ни на поддержание армии, ни на крупные военные кампании. Во время его правления государственная казна была на грани опустошения. Филипп унаследовал от отца большие долги, и, отдавая их кредиторам в 1557 и позже, в 1575 г., он осознал порочность своей финансовой системы. Он был не в состоянии добиться былого богатства страны — знать была освобождена от налогов. Знать владела половиной земель в Кастилии, и средства, которые могли бы поступать от уплаты аренды 30 герцогами и 30 маркизами, составили бы миллион дукатов в год — это было больше, чем доходы от поставки слитков из Америки до 1580 г. Но эти деньги были недостижимы. Не мог Филипп взять достаточно и с торговцев и рабочих — в Испании этот класс был слишком мал по сравнению с остальными странами в Западной Европе. Единственным классом, с которого он мог брать налоги и делал это, были крестьяне. Он тратил американское золото очень быстро — как только оно появлялось в стране, — иногда даже закладывая будущие поставки. Но армия Филиппа поглощала все золото и все, вместе взятые, налоги. Когда жалованье военным стало задерживаться, армия погрязла в бесконтрольных бунтах и восстаниях. Лучше вообще не иметь армии, чем иметь армию, которую не можешь содержать, понял Филипп.

Одним из основных налогов во времена Филиппа был cruzada — сбор денег на священный поход, учрежденный папством для возобновления войны испанцев против ислама. Испанцы не могли понять настойчивости католиков в проведении церковной реформы. Испанская церковь опробовала свою собственную реформу в XV в., то есть раньше Лютера. С 1478 г. появляется испанская инквизиция, призванная очистить страну от ереси среди обращенных мусульман и евреев. Их ненавидели, их боялись, и к моменту начала правления Филиппа II проявились расистские действия против общественной деятельности всех, чья кровь была нечиста. Инквизиция действовала одинаково на территории и Кастилии, и Арагона, и Наварры, и, когда восстание протестантов было подавлено, инквизиция распространилась на огромную территорию, чтобы изгнать ересь из Испании. Все, что хотя бы слегка отклонялось от католичества, было объявлено лютеранством; жертвы подвергались пыткам и тайному суду, и, если была признана их вина и уклонение от нее, они передавались в руки светских властей для публичной расправы. Святой Игнатий Лойола был дважды осужден испанской инквизицией за пособничество в распространении ереси. Даже архиепископ Толедо, главный в Испании, был заточен в темницу своими врагами из инквизиции с 1559 по 1576 г. за помощь в распространении ереси. Несмотря на такую атмосферу, на горизонте страны ярким новым светом засияли двое святых конца XVI в. — святая Тереза из Авильи (1515–1582) и святой Иоанн Креста (1542–1591), так ярко показанные на полотнах Эль Греко (ок. 1548–1614). Испанская восторженность не распространялась на папство. Отношения между Мадридом и Римом постоянно оставались натянутыми. Как любой правитель своего времени, Филипп ревностно относился к любым вмешательствам в его церковь, и, кроме того, как утверждает Ж.Х. Эллиотт, «в своем сердце он считал религию слишком серьезным делом, чтобы доверить ее папе».

Каким человеком был Филипп II? Внешне застенчивым и скрытным, внутри — уверенным в своей католической вере и королевском величии. Он был худ, обладал неяркой внешностью, говорил медленно и мягко, редко улыбался, был начитанным и более одаренным духовно, нежели физически, и чувствовал себя самым счастливым человеком. Зачитывая постановления со своего трона, он никогда лично не управлял войсками. Он не любил путешествовать или общаться с людьми и после 1559 г. никогда не покидал Пиренейского полуострова. Но он жадно впитывал все сведения, которые смогли собрать его представители. Каждый день он погружался в массы бумаг, многие из которых были до абсурда тривиальны, и писал объемные комментарии на полях, иногда даже исправляя грамматические и орфографические ошибки. Король, как жаловались его подданные, желал управлять страной не вставая с трона. Он благоговел перед отцом, но не имел и десятой части общительного и энергичного нрава Карла.

Филипп перенес много разочарований и горестей. Он пережил четырех жен, сочетаясь браком лишь для продолжения династии. Будучи двадцатисемилетним юношей, он выбрал себе тридцативосьмилетнюю невесту. А после того как она умерла, тридцатидвухлетний король женился на девочке 14 лет. Шесть из его девяти детей умерли в детстве. Его первый сын, Карлос (1545–1568), имел физические изъяны и психические отклонения. Дон Карлос люто ненавидел отца, и, когда началось восстание в Голландии, он намеревался сбежать туда и присоединиться к восставшим. Однажды ночью в 1568 г. король ворвался в спальню сына со стражей, нашел оружие, и принца арестовали. С тех пор Филипп не видел более Карлоса. Шесть месяцев спустя принц умер. Историки до сих пор спорят, был ли это яд или самоубийство. Враги Филиппа тотчас воспользовались этим случаем. Они объявили короля жестоким тайным убийцей. С этих пор англосаксонские историки рисуют Филиппа в темных красках. Испанцы, напротив, помнят его как благоразумного короля и признают, что он был достойным и добросовестным правителем. Последняя точка зрения, как считают историки, ближе к правде, хотя его борьба против протестантов была явно не самым благородным и разумным поступком.