Неравномерно распределялся флот и по морским театрам. Наиболее сильными получились те флоты, где наличествовала судостроительная база, – Балтийский и Черноморский. В то же время они находились на закрытых морских театрах, в то время как находившиеся на открытых океанских театрах Северный и Тихоокеанский в сумме обладали примерно третью от общей численности корабельного состава РККФ. Это определялось не только оперативными соображениями, но и слабостью системы базирования и судоремонта на Севере и Дальнем Востоке.

Свою лепту в формирование облика нового флота вносила и промышленность. Стремление к выполнению и перевыполнению планов в условиях неспособности строить крупные современные корабли обусловило стремление навязать руководству ВМС через правительство заказы на строительство в больших количествах подводных лодок и торпедных катеров прибрежного действия, которые, как показал опыт войны, не обладали ни достаточными боевыми возможностями, ни мореходными качествами.

На развитии флота и подготовке его сил к войне также сказывалось и отсутствие полноценного штаба. Одним из последствий этого стало длительное отсутствие у Военно-морских сил РККА системы руководящих боевых документов. После победы представителей «молодой школы» любые дискуссии относительно роли и места флота прекратились, поскольку стали расцениваться как критика указаний военно-политического руководства страны. Это соответствующим образом сказывалось не только на содержании планов строительства ВМС, но и на развитии теории применения сил флота. Только 26 марта 1937 г. – т. е. на год позже соответствующего Полевого устава РККА – был введен в действие Временный боевой устав Морских сил РККА 1937 г. (БУМС-37), отражавший изменения в боевых возможностях РККФ.

Утвержденная постановлением СТО от 11 июля 1933 г. программа развития ВМС РККА предусматривала значительное увеличение объема финансирования военного кораблестроения. В 1933–1935 гг. подлежали сдаче 157 подводных лодок, 269 надводных кораблей и катеров. В действительности, несмотря на все старания кораблестроителей, эти цифры достигнуты не были – с учетом кораблей, проходивших испытания на момент окончания указанного срока, в обозначенный период были закончены постройкой 92 подлодок и до 200 кораблей и катеров. К концу 1935 г. по количеству субмарин – 113 единиц (в том числе 106 новой советской постройки) – РККФ вышел на первое место в мире, оставив позади флоты США (84), Франции (77), Японии (70), Италии (69) и Англии (54). Именно прогресс подводного судостроения в сочетании с межтеатровым маневром по внутренним водным и железнодорожным путям позволил восстановить Морские силы Дальнего Востока (1932 г., с 1935-го – Тихоокеанский флот). В 1933 г. на Север по Беломорско-Балтийскому каналу переведены две новые подводные лодки, два эсминца и два сторожевых корабля. Они стали ядром сформированной в том же году Северной военной флотилии с базированием ее на незамерзающий Кольский залив. Позднее, в 1937 г., флотилия, пополненная новыми кораблями, была преобразована в Северный флот. В 1935 г. были преобразованы во флоты и Морские силы Балтийского и Черного морей. В том же году морская авиация была выведена из состава Воздушных сил РККА и подчинена начальнику Морских сил. Правда, в июле 1937 г. ее вновь передали в ведение ВВС Красной армии, где она находилась до создания наркомата ВМФ.

В то же время достигнутые показатели, хотя и превосходили аналогичные за первую пятилетку, продолжали заметно уступать плановым. В начале 1936 г. комиссия заместителя председателя СТО и СНК, председателя Госплана СССР В. Н. Межлаука констатировала, что за оставшиеся два года пятилетки кораблестроительная программа выполнена не будет. Из восьми крейсеров, предусмотренных программой, успели заложить только два, и их строительство, так же как и первых советских эсминцев, находилось в начальной стадии. Даже по освоенным промышленностью подлодкам темпы строительства составляли около 50 % от запланированных, что объяснялось недостаточным количеством стапельных мест на заводах.

Несмотря на эти обстоятельства, в том же году началась работа по созданию «Большого флота». Это объяснялось прежде всего произошедшим в середине 30-х гг. крутым поворотом во взглядах высшего военно-политического руководства страны на роль флота в обеспечении национально-государственных интересов страны в мирное и военное время. В основу перспективного планирования состава флота были положены соображения о необходимости иметь на каждом театре, кроме Северного, флоты, превосходящие или равные силам вероятных противников. Главной задачей по-прежнему считалась оборона побережья и внутренних вод СССР от вторжения с моря, но, в отличие от программы 1933 г., легкие ударные силы флота должны были при этом поддерживаться полноценной группировкой линейных кораблей. Перспективная программа развития ВМС РККА была утверждена постановлением СТО 16 июня. С учетом кораблей, построенных и строившихся по планам первой и второй пятилеток, программа 1936 г. предусматривала создание флота из 533 боевых кораблей основных классов общим стандартным водоизмещением около 1307,3 тыс. т. Всего для четырех основных морских театров предполагалось построить 24 линкора, 20 легких крейсеров, 17 лидеров, 128 эскадренных миноносцев, 90 больших, 164 средних и 90 малых подводных лодок. Завершить грандиозный план военно-морского строительства предстояло в семилетний срок (1937–1943). Интересно отметить, что если программы военного судостроения рассматривались и принимались Советом труда и обороны, то сопутствующие им программы развития флотской инфраструктуры, береговой обороны, морской авиации и т. д. на такой уровень выносились гораздо реже. В частности, между 1933 и 1938 гг. вопрос о перспективах развития морской авиации выносился на обсуждение СТО только один раз – в апреле 1935 г. Это и объясняло хроническое недофинансирование данных статей.

Развертывание столь масштабной программы требовало создания соответствующих органов управления, а также пересмотра места и роли РККФ в системе Вооруженных сил. Приказом наркома обороны от 17 января 1937 г. при начальнике Морских сил был образован Штаб Морских сил РККА. 28 марта наркомом обороны было введено в действие «Положение о начальнике Морских сил РККА», в соответствии с которым он приобретал права заместителя наркома обороны.

Идею воссоздания независимого от Наркомата обороны морского ведомства к этому времени разделял и лидер советского государства И. В. Сталин. 30 декабря 1937 г. ЦИК и СНК СССР приняли постановление об образовании Народного комиссариата Военно-морского флота. Нарком ВМФ получил право непосредственно обращаться в Политбюро ЦК ВКП (б), в Комитет обороны и СНК СССР. В январе 1938 г. на базе Штаба Морских сил РККА был создан Главный морской штаб (ГМШ).

Ретроспективно решение о создании независимого наркомата невозможно оценить однозначно. С одной стороны, в результате него несколько упростился порядок формирования и прохождения кораблестроительных программ, нарком ВМФ получил достаточный номенклатурный вес для решения вопросов с промышленностью. С другой стороны, усложнилось взаимодействие с органами военного управления РККА, что имело проявившиеся много позднее негативные моменты по организации взаимодействия армии и флота при разработке планов отражения агрессии и решении вопросов о руководстве силами флотов в условиях военных действий.