Определенные успехи в рассматриваемый период были достигнуты в ходе боевой подготовки на флотах. По мере вступления новых кораблей возобновилась практика осуществления дальних (так называемых стахановских) походов, которые совершались не только одиночными кораблями, но и целыми соединениями. Возрос масштаб общефлотских маневров, на которых практически отрабатывались элементы сосредоточенного и комбинированного ударов. До сотни советских военно-морских советников принимали участие в боевых действиях в период Гражданской войны в Испании (1936–1939). Двое из них – подводники И. А. Бурмистров и Н. П. Египко – были удостоены звания Героя Советского Союза.

При подборе кандидатов к назначению на руководящие должности в новом наркомате и ГМШ сразу выяснилось, что реорганизация системы управления флотом хуже всего обеспечена в отношении кадрового состава. Это стало прямым следствием репрессий против высшего и среднего начсостава флота в 1930–1931 и 1937–1938 гг. Летом 1937 г. был арестован и репрессирован наморси В. М. Орлов. Почти одновременно с созданием наркомата И. В. Сталин отстранил преемника Орлова – флагмана флота 1-го ранга М. В. Викторова – от руководства Морскими силами. Позже он был арестован и также расстрелян. Первым наркомом ВМФ стал бывший сухопутный политработник армейский комиссар 1 ранга П. А. Смирнов, имевший самые приблизительные представления о порученном ему деле. В августе 1938 г. органами НКВД был арестован и он. Вместо него 5 ноября был назначен командарм 1-го ранга М. П. Фриновский, до того работавший в пограничной охране НКВД. Его «правление» продолжалось всего восемь месяцев, после чего и он последовал за предшественниками. В марте 1939 г. заместителем наркома ВМФ был назначен флагман флота 2-го ранга Н. Г. Кузнецов. 24 апреля 1939 г. И. В. Сталиным было принято решение о назначении его третьим за 16 месяцев с момента образования наркомата народным комиссаром Военно-морского флота. Всего в ходе репрессий 1937–1938 гг. было арестовано или уволено из рядов РККФ более 3 тыс. человек командного и политического состава, незначительная часть из которых была реабилитирована и успела вернуться на флот перед началом Великой Отечественной войны.

Несмотря на кадровую чехарду, программа строительства «Большого флота» продолжала выполняться, хотя в нее и вносились постоянные изменения. В феврале 1938 г. была подготовлена «Программа строительства боевых и вспомогательных кораблей на 1938–1945 гг.». Эта программа, хотя и без официального утверждения, с небольшими изменениями реализовывалась фактически до начала войны. Срок выполнения намечался на 1 января 1946 г., а общий объем строительства по кораблям основных классов составил 424 единицы суммарным стандартным водоизмещением 1918,5 тыс. т. Учитывая, что на 1 января 1938 г. ВМФ насчитывал в строю 174 корабля основных классов водоизмещением 191,2 тыс. т, новое судостроение должно было в течение восьми лет обеспечить более чем 10-кратное увеличение корабельного состава флота. План сохранял принципиальные недостатки предыдущих программ 1936–1938 гг. – почти равномерное распределение сил по четырем изолированным театрам, не обеспеченное созданием соответствующей флотской инфраструктуры, ничтожное количество планируемых к постройке авианосцев и т. п. 91,6 % водоизмещения в новом строительстве приходилось на надводные корабли и только 8,4 % – на подводные лодки.

Помимо подлодок фактически сворачивалось производство боевых катеров. Строительство торпедных катеров типа Г-5 переводилось с завода № 194 (Балтийский завод) на заводы в Херсоне и Керчи, до того к выполнению флотских заказов не привлекавшихся. Но что еще хуже, в начале 1940 г., в связи с принятием новой программы интенсивного производства боевых самолетов для ВВС РККА, было фактически свернуто производство единственного отечественного типа катерного мотора ГАМ-34. В производстве, да и то в количестве 350 штук в год, была оставлена модификация данного двигателя для речных бронекатеров, в то время как модификации с форсированным наддувом для торпедных катеров полностью снимались с производства. Задумывавшиеся как смена ГАМ-34 легкие судовые дизели М-50 прошли государственные испытания в конце 1940 г., но освоение их промышленностью затянулось (до начала войны выпущено не более 10 дизелей), и серийное производство развернулось уже после 1945 г. Кроме того, дизеля не обеспечивали высоких скоростных характеристик, что отечественные специалисты считали весьма важным, особенно для торпедных катеров. В результате выполнение программы в части, касаемой катеростроения, оказалось в кризисном положении уже к весне 1941 г., т. е. до начала войны, конверсии производства судостроительных заводов для нужд сухопутного фронта, эвакуации промышленности в тыловые районы и т. п.

Возможности промышленности в части, касающейся возможности реализации судостроительной программы, по-прежнему оценивались излишне оптимистично. Игнорировались финансовые расчеты, хотя в предвоенные годы объем финансирования ВМФ достиг своего максимума. В 1939 г. расходы на флот выразились в цифре 7,553 млрд руб., что составило 18,5 % всех расходов на оборону и 4,9 % расходной части госбюджета СССР. В 1940 г. Наркомату ВМФ, включая судостроение, было отпущено 10 млрд 359,6 млн руб. (18,2 % расходов на оборону), на 1941 г. – 12 млрд 692,7 млн руб. (15,3 %). Некоторое сокращение доли флота в общих расходах на оборону объяснялось значительным увеличением затрат на модернизацию бронетанковых войск и авиации РККА, а также на строительство оборонительных сооружений на западной и дальневосточной границах.

Всего в 1936–1941 гг. для ВМФ было заложено 4 линкора, 2 тяжелых крейсера, 11 легких крейсеров, 4 лидера эсминцев, 69 эсминцев, 15 сторожевых кораблей, 51 тральщик, 10 сетевых заградителей, 6 мониторов, 10 больших охотников за подводными лодками и 139 подводных лодок. Из 533 заложенных в годы советской власти боевых кораблей к 22 июня 1941 г. были сданы флоту 312 единиц общим водоизмещением 243,2 тыс. т, а также 477 морских и речных боевых катеров различных типов. Вступили в строй 4 легких крейсера, 7 лидеров эсминцев, 30 эскадренных миноносцев, 18 сторожевых кораблей, 38 тральщиков, 1 минзаг, 8 мониторов и 206 подводных лодок. Только в течение 1940 г. количество самолетов в авиации ВМФ выросло на 39 %, а общее число батарей береговой обороны – на 43 %.

В октябре 1940 г. по решению правительства строительство крупных надводных кораблей было прекращено, а все усилия направлены на строительство малых и средних боевых кораблей. Это позволило за первую половину 1941 г. сдать флоту легкий крейсер «Молотов», 9 эскадренных миноносцев, 6 подводных лодок, 2 тральщика, 2 сетевых заградителя и несколько десятков катеров. В постройке к началу войны оставались 3 линкора и 2 тяжелых крейсера, 10 крейсеров (включая купленный у Германии «Лютцов»), 2 лидера, 45 эскадренных миноносцев, 15 сторожевых кораблей, 95 подводных лодок и значительное количество малых боевых кораблей и катеров, вспомогательных судов и плавучих средств общим водоизмещением около полумиллиона тонн. Приведенные данные свидетельствуют о значительных успехах советского судостроения, особенно во второй половине 30-х – начале 40-х гг. Однако они же показывают, что к началу войны флот получил реальное пополнение только в части подводных лодок и легких надводных кораблей, составлявших несколько более половины от общего числа боевых единиц, предусмотренных программой 1933 г.