По приказу царя для размещения родных невесты и других свадебных гостей из Кремлевского дворца выселили не только купцов и духовных, но даже бояр. Арбатские и чертольские священники также были выгнаны из домов, в которых поместили иностранных наемников.

Чуть ли не ежедневно в городе происходили стычки между поляками и москвичами. (Вспомним 1604 год и жалобы львовских горожан на бесчинства Мнишка и его компании.) Вот пьяные польские гайдуки остановили на московской улице колымагу и вытащили оттуда боярыню. Народ немедленно бросился отбивать женщину. В городе ударили в набат. 16 мая бояре вручили царю жалобу на поляков, напавших на боярыню. Димитрий положил эту жалобу «под сукно». Мало того, царь запретил принимать у москвичей жалобы на рыцарство.

Сразу после приезда Марины Василий Шуйский организовывает настоящий заговор. Во главе заговора становятся он сам, Василий Васильевич Голицын и Иван Семенович Куракин. К ним присоединяется и крутицкий митрополит Пафнутий.

Для сохранения единства, необходимого в таком деле, бояре решили первым делом убить расстригу, «а кто после него будет из них царем, тот не должен никому мстить за прежние досады, но по общему совету управлять Российским царством». К заговорщикам примкнуло несколько десятков московских дворян и купцов.

Все наши историки считают, что Димитрий всерьез собирался воевать с Оттоманской империей. По мнению же автора, это было блефом, предназначенным для польского короля, римского папы, а также для внутреннего потребления.

Готовясь к войне с Турцией, самозванец выслал на южную границу войско под началом Шереметева. Одновременно в Москву были вызваны новгородские дворяне, расположившиеся лагерем в миле от города. Их численность, по Соловьеву, составляла семнадцать тысяч, по Скрынникову – одна-две тысячи человек. Особого значения это не имеет, поскольку и тысячи ратников хватило бы для государственного переворота. Заговорщикам удалось привлечь новгородцев на свою сторону. На совещании заговорщиков Василий Шуйский объявил о страшной опасности, которая грозит Москве от царя, преданного полякам, признался, что самозванца признали истинным Димитрием только для того, чтобы освободиться от Годунова. Думали, что такой умный и храбрый молодой человек будет защитником православной веры и старых обычаев. Но оказалось, что царь жалует только иностранцев, презирает святую веру, оскверняет храмы божьи, выгоняет священников из домов, которые отдает неверным, наконец, женится на польке поганой. «Если мы заранее о себе не помыслим, то еще хуже будет. Я для спасения православной веры опять готов на все, лишь бы вы помогли мне усердно: каждый сотник должен объявить своей сотне, что царь самозванец и умышляет зло с поляками. Пусть ратные люди советуются с гражданами, как промышлять делом в такой беде. Если будут все заодно, то бояться нечего: за нас будет несколько сот тысяч, за него – пять тысяч поляков, которые живут не в сборе, а в разных местах», – говорил Шуйский.

В светлую ночь с 16 на 17 мая 1606 г. бояре-заговорщики впустили в город около тысячи новгородских дворян и боевых холопов. На подворье Шуйских собралось около двухсот вооруженных москвичей, в основном дворян. С подворья они направились на Красную площадь. Около четырех часов утра ударили в колокол на Ильинке, у Ильи Пророка, на Новгородском дворе, и разом заговорили все московские колокола. Толпы народа, вооруженные чем попало, хлынули на Красную площадь. Там уже сидели на конях около двухсот бояр и дворян в полном вооружении.

Дворяне-заговорщики объявили народу, что «литва бьет бояр, хочет убить и царя». Толпа бросилась громить дворы, где жили поляки. Между тем Шуйский во главе двух сотен всадников въехал в Кремль через Спасские ворота, держа в одной руке крест, в другой – меч. Подъехав к Успенскому собору, он сошел с лошади, приложился к образу Владимирской Богоматери и сказал людям, его окружившим: «Во имя божие идите на злого еретика». Толпы двинулись ко дворцу.

Шум разбудил Димитрия, спавшего во дворце с Мариной. В соседней комнате царские покои охранял Петр Басманов. Димитрий крикнул ему: «Что там случилось?» Кто-то из дворцовых служителей заорал: «Пожар!» Димитрий на время успокоился. Но крики все усиливались. Басманов вышел на крыльцо и увидел разъяренную толпу. Царского любимца встретили нецензурными ругательствами и криком: «Выдай самозванца!» Басманов бросился во дворец, приказал страже не впускать ни одного человека, а сам в отчаянии прибежал к царю, крича: «Ахти мне! Ты сам виноват, государь! Все не верил, вся Москва собралась на тебя».

Немецкие наемники, охранявшие дворец, растерялись, что позволило одному из нападавших, дьяку Тимофею Осипову, ворваться в царскую спальню. Согласно позднейшим летописям, Осипов, известный своей праведной жизнью, пришел обличать самозванца. На самом деле он явно хотел покончить с расстригой. Но Басманов опередил дьяка и разрубил ему саблей голову. Труп в спальне, естественно, не импонировал Марине, и она приказала выкинуть его из окна. Осипова хорошо знали и любили в городе. Вид его окровавленного тела разгневал толпу, и она пошла на штурм дворца.

Басманов и Димитрий с саблями наголо встали в дверях. Царь истерично кричал: «Я вам не Годунов!» Тут думный дворянин Михаил Татищев изловчился и длинным ножом пырнул Басманова. Отрепьев, стоявший за спиной Басманова, обратился в бегство. Дело происходило в новом деревянном дворце, и Отрепьев решил укрыться в большом каменном дворце. Между обоими дворцами находились подмостки, устроенные для театральных представлений по случаю царской свадьбы. Перепрыгивая через подмостки, Отрепьев оступился, упал с высоты нескольких метров и вывихнул ногу. Стрельцы, стоявшие недалеко на карауле, услыхали стоны раненого, узнали царя, облили его водой и перенесли на каменный фундамент сломанного годуновского дома. Придя в себя, Отрепьев стал уговаривать стрельцов встать на его сторону, обещая им в награду жен и имения изменников-бояр. Стрельцам понравилось это обещание, они внесли Отрепьева обратно во дворец, уже опустошенный и разграбленный. В передней Димитрий увидел своих верных алебардщиков, стоявших без оружия и с поникшими головами, и заплакал. Когда заговорщики захотели приблизиться к Отрепьеву, то стрельцы открыли огонь из пищалей.

Наступил критический момент восстания. Однако Василий Шуйский нашел выход. Он предложил напугать стрельцов расправой над их семьями. Ведь московские стрельцы в отличие от веселых мушкетеров Людовика XIII не были сорвиголовами и искателями приключений, а превратились в благополучных мещан, обросших семьями, огородами, многие занимались ремеслами и торговлей. Заговорщики закричали: «Пойдем в Стрелецкую слободу, истребим их жен и детей, если они не хотят нам выдать изменника, плута, обманщика». Понятно, что для стрельцов это была страшная угроза, и они вступили в переговоры с нападавшими. Сошлись на компромиссе: «Спросим царицу: если она скажет, что это прямой ее сын, то мы все за него помрем. Если же скажет, что он ей не сын, то Бог в нем волен».

В ожидании ответа от Марфы заговорщики с ругательствами и рукоприкладством спрашивали Лжедмитрия: «Кто ты? Кто твой отец? Откуда ты родом?» Он отвечал: «Вы все знаете, что я царь ваш, сын Ивана Васильевича. Спросите обо мне мать мою или выведите меня на Лобное место и дайте объясниться».