Упоминание имени царицы Евдокии в розыске о подметном письме в пользу Меншикова могло скомпрометировать ее в глазах внука Петра II. Написал об этом и всеведущий герцог де Лириа: «На этих днях тоже арестовали и посадили в тюрьму Синода духовника царицы-бабки за то, как меня уверяли, что он получил тысячу рублей от друзей Меншикова, в пользу которого через его посредство они хотели заставить действовать на бабку; но это было скоро открыто, и барон Остерман тотчас же в его же комнате, которую он имеет в здании Синода, сделал ему допрос, следствием коего и было арестование этого монаха». Конечно, целью Остермана была не царица Евдокия, а Меншиков. 4 апреля 1728 года состоялся указ Петра II об отсылке Меншикова с семьей «в Сибирь, в Березов» и о постриге его свояченицы Варвары Арсеньевой в Горицком монастыре на Белоозере.

Треволнения Великого поста с привлечением к розыску о подметном письме царицыного духовника не прошли бесследно для царицы Евдокии и пошатнули ее здоровье. Прямо во время одной из праздничных служб в середине Светлой недели (Пасха в 1728 году приходилась на 21 апреля) ее поразил «апоплексический удар». Саксонский дипломат Лефорт связал его с сильным постом, который держала царица Евдокия. Он доносил своему двору: «Бабка его величества не оправилась еще после случившегося с нею апоплексического удара, приписываемого ее строгому воздержанию во время последнего поста; она принимала пищу только два раза в неделю, а на последней неделе только раз». И хотя, по словам герцога де Лириа, удар «не имел роковых последствий» и царица «поправилась» уже через пару недель, для нее случившееся было очевидным знаком и предвестьем плохих перемен.

Прошло меньше года со времени вынужденного приезда царицы Евдокии из Шлиссельбурга в Москву. Все уже переменилось в ее жизни. Новодевичий монастырь не стал ее тюрьмой, как рассчитывал Александр Меншиков, а превратился в настоящий дом, где она наконец-то могла распоряжаться как хозяйка и где ее окружал небольшой, но более чем достаточный для нужд частного человека двор. Казна обеспечивала этот двор всем необходимым.

Со временем были наняты новый секретарь для переписки бумаг — Артемий Навроцкий. Правда, прослужил он совсем недолго, и на его место приняли канцеляриста Алексея Федорова. Для покупки товаров царице Евдокии позволили нанять на службу «купецкого человека» из Барашской слободы Силу Солодовникова. Много дел было с выделенными имениями; к комнате царицы приписали еще рыбные ловли в Ибердусской ватаге на Оке в Переславль-Рязанском уезде, чтобы она всегда имела свежую рыбу к столу. Хотя царица Евдокия могла теперь в любое время покидать монастырь, она нечасто пользовалась своей привилегией. Делать это из-за болезней было все труднее, и поэтому обычно она пребывала в своих палатах в Новодевичьем монастыре, которые так и остались в памяти до сегодняшнего дня — Лопухинскими.

Последние годы царицы — это отдача долгов. Память не могла не возвращаться к прошлому, к людям, которые ее окружали, ко всем родственникам и знакомым из ее окружения. Иных уже не было в живых, а другие всё еще продолжали свои мучения в ссылках. Почта в Сибирь и из Сибири шла долго, поэтому только 1 июля 1728 года в Верховном тайном совете было рассмотрено прошение об освобождении Ивана Пустынного (сына духовника царицы Евдокии в Суздальском Покровском монастыре) и монастырских служителей Ворониных. Возвращали после десятилетней ссылки и сестру ростовского епископа Досифея Прасковью Даниловну, жену владимирца Ивана Журкина (Жиркина). Правда, если не знать обстоятельств Суздальского розыска, то можно и не понять, что эти лица как-то были связаны с делом царицы Евдокии. В решении говорилось о ссыльных, «по известному делу в 1718 году» отправленных «в каторжную работу», а затем «в ссылку в Сибирь». Но для восстановления справедливости это уже было не столь важно.

Тех же, кого нельзя было вернуть, оставалось только поминать. И царица Евдокия рассылала вклады туда, где не забывали о ней самой и ее родственниках, — например, в родовой Мещовский Георгиевский монастырь, в далекую Тотемскую пустынь, основанную при участии ее отца. Оставался под ее покровительством и Спасо-Андроников монастырь, где лежали «родительские гробы». Спустя полтора века в книгу по истории Андроникова монастыря будут вставлены прочувствованные слова о былой покровительнице этой обители из ктиторского рода Лопухиных: «Для Андроникова незабвенна память ее, и имя ее, как создательницы храмов, будет возноситься в обители, доколе будет стоять обитель сия».

А с внуками получилось все не так, как она бы хотела. Жизнь ушла далеко вперед. Увидеть их она, как стремилась, увидела, но близко к императору Петру II царицу Евдокию всё же не подпустили. Внуки были уже детьми своего века, а бабушка, встречавшая их в Новодевичьем монастыре в московских одеждах и приглашавшая целовать руку, осталась в веке прошедшем. Особенных родственных чувств к ней у внуков, занятых своей жизнью, не возникло. Больше таких красивых жестов, как появление в Верховном тайном совете 9 февраля, Петр II в отношении «государыни-бабушки» не делал. Царице Евдокии оставалось только наблюдать, как в недальновидной борьбе за внимание юного императора утрачивалось время. Настоящего правителя из ее внука не получилось. Увы, но общество князя Ивана Долгорукого и его отца, князя Алексея Григорьевича, да и ветреной цесаревны Елизаветы Петровны ничего хорошего в будущем не сулило. Вся компания предпочитала веселиться, не особенно отягощая подданных своим участием в управлении империей. Правда, судя по сохранившимся законодательным актам Петра II, можно сделать вывод, что юный император стремился поправить традиции управления, сложившиеся при деде Петре I, и облегчить жизнь подданных (например, в связи с коронацией были дарованы послабления в сборе податей, принимались указы об искоренении корчемства и разбойников). Но это общее направление «доброго царствования» даже не успело сформироваться в какую-то целенаправленную политику, оно так и осталось нереализованной мечтой. Определяющим стало восприятие царствования императора Петра II как «проверка на прочность» Петровских реформ. Мало было переименовать Васильевский остров в Преображенский, как это сделал Петр II при восшествии на престол; надо было еще так же, как и Петр I, настойчиво следовать этому «Преображенскому» началу в своей политике. Но разве можно было этого требовать от отрока, получившего власть в еще более юном возрасте, чем его дед?

Сохранилась примечательная современная гравюра Ивана Федоровича Зубова, изображающая выезд Петра II на охоту в Измайлово. Есть и еще более удачная «мирискусническая» реплика художника Валентина Александровича Серова на тот же сюжет о выезде мальчика-императора на псовую охоту вместе с цесаревной Елизаветой Петровной (1900 год). Вот эти творения художников, пожалуй, и являются лучшей иллюстрацией недолгих лет правления охотника на троне, неделями пропадавшего в подмосковных лесах и так же увлеченно отдававшегося охотничьему азарту и страсти вообще, как его дед когда-то — строительству первых кораблей. На этом сходство и завершалось. В правление Петра II было найдено только общее направление: чуть лучше стали применяться к привычному порядку управления, задумались о тяготах торговли, задавленных петровской администрацией и сосредоточением всех ресурсов на строительстве Петербурга. Но этого, конечно, было мало.