Похожие бои происходили на борту всех каррак. Дав залп из пушек, португальцы атаковали врагов с безрассудной храбростью. Маленький «Консейсан» попытался взять на абордаж египетскую карраку с высокими бортами. Двадцать два человека, включая капитана Перу Кана, сумели высадиться на борт, однако «Консейсан» был отнесен течением. В результате эти двадцать два португальца оказались одни на вражеском корабле. Силы противника сильно перевешивали. Кан попытался обойти противников, пробравшись внутрь через иллюминатор, но едва успел заглянуть в него, как тут же был обезглавлен. Оставшиеся португальцы заняли оборонительную позицию на баке и оказывали сопротивление, пока не были спасены атакующими с других кораблей. На корабле «Сан-Жуан», нацелившемся на еще одно мамлюкское судно, десяток человек поклялись перепрыгнуть на вражеский борт одновременно, вместе одержать победу или погибнуть. «Сан-Жуан» врезался в противника с такой силой, что португальский корабль отскочил, и курс его изменился. В момент прыжка только пятерым удалось попасть на борт мамлюкского судна. Там они столкнулись с намного превосходящими силами. Троих застрелили лучники, но остальные двое сумели пробраться в трюм и найти безопасное убежище, из которого их никак не удавалось выманить. Несмотря на то что оба потеряли много крови, будучи раненными стрелами и летящими во все стороны деревянными щепками, португальцы продолжали бороться и убили восемь человек, которые пытались вытащить их из трюма. Наконец, едва живые, они были спасены, когда корабль удалось захватить.

Среди многочисленных имен португальцев, участвовавших в битве, сохранились и эти два — Антониу Карвалью и Гомеш Чейра Диньеру. Однако имена их противников неизвестны.

Бойцы мамлюкской пехоты были хорошо обучены. На них были гибкие кольчуги, дававшие больше свободы движений, чем португальские доспехи. Шлемы их, сверху украшенные красными плюмажами, были открытыми, с защитными щитками для носа и шеи. Поэтому мамлюки были более ловкими и подвижными. Они храбро сражались, но португальцы превосходили их числом. Кроме того, против египтян работали скрытые намерения Айяза, отчаянно желавшего избавиться от них любым способом. Кроме того, из-за тактики Хусейна корабли были фактически неподвижны. К тому же в распоряжении португальцев были намного более мощные пушки — не говоря уже об их превосходящем количестве.

Бок о бок с египтянами сражались черные нубийцы, абиссинцы и туркменские лучники, «очень умелые и меткие». Их выстрелы с мачт наносили противнику заметный урон. Португальцам приходилось прятаться от стрел, проносящихся по воздуху и вонзавшихся в мачты. Многие стали их жертвами. К концу дня каждый третий из людей Алмейды получил ранение от стрелы. Единственное, что оставалось португальцам, — это забрасывать противника камнями с наблюдательных постов, а потом быстро нырять в укрытие.

Но боевого духа мамлюков и искусности их лучников было недостаточно для победы. Среди людей Айяза было много непрофессионалов, вдобавок городские ворота находились на соблазнительно близком расстоянии. Пока Хусейн отчаянно пытался спасти свой флагманский корабль, Айяз оставался на берегу, наблюдая за битвой с безопасного расстояния. Даже дым, которым заволакивало все вокруг, казалось, играл на руку португальцам: ветер сдувал его прямо в лицо мусульманам, давая противнику преимущество.

Выше по течению развернулась свирепая битва с вражескими галерами. Две из них португальцы расстреляли из пушек, потом взялись за остальные. Огонь оказался сокрушительным. Рабы, прикованные возле весел, погибли. Команды бросили корабли и спаслись бегством, желая уйти по суше.

Между тем посреди канала вице-король в великолепных доспехах, шлеме и нагруднике следил за сражением с борта «Флор де ла Мар». «Флор» был самым большим и величественным кораблем португальского флота — трехпалубный, оснащенный большим количеством пушек, он был воплощением боевой мощи. Однако ему было уже восемь лет, и эти годы не прошли даром. В нескольких местах были протечки, и приходилось все время откачивать воду. В начале битвы восемнадцать пушек «Флор» дали мощный бортовой залп по карракам из Гуджарата. Но волны, распространившиеся в результате вибрации, оказались сильны. Четырехсоттонный корабль начал расходиться по швам. Возникли серьезные опасения, что он может затонуть. Потеря флагманского корабля могла решить исход битвы не в пользу португальцев. То, что «Флор» все-таки выстоял, позже объясняли только Божьим чудом. Пакля, которой были заткнуты швы, разбухла от воды и плотно закрыла все протечки. В результате воду даже не пришлось откачивать.

Между тем битва продолжала бушевать с той же яростью. Наконец Айяз был вынужден отдать приказ командиру фустов и маленьких доу, одноглазому Сиди Али, известному под прозвищем Кривой. Пришло время напасть на португальцев сзади. Но «Флор» специально занял позицию, позволяющую предотвратить эту угрозу. Корабли армады быстро шли в атаку — гребцы работали, придавая судну боевую скорость. Они попытались проскочить мимо португальского флагманского корабля, но ветер и течение замедлили их продвижение, поэтому к тому моменту, как фусты и доу поравнялись с «Флор», они представляли собой легкую мишень. В цель попали три залпа, повредив корабли и выбросив людей за борт. Суда шли тесной формацией, и паника распространилась быстро. Те, кто шел сзади, не успевали уклониться и врезались в поврежденные суда спереди. Еще три залпа — и подбиты оказались все. Атака развалилась. Те, кто был сзади, попытались отступить. Несколько более храбрых капитанов предприняли попытку проскочить мимо португальцев до следующего залпа и продолжили путь. Однако стремительность, с которой канониры успели перезарядить пушки, застала их врасплох. Важная часть плана Хусейна провалилась.

Мусульмане бились отважно, но из-за недостатка хорошо обученных бойцов, высокого профессионализма португальцев и мощи их артиллерии их ждало поражение. Один за другим корабли были захвачены или брошены командой. Флагманский корабль Хусейна наконец сдался. К тому времени сам Хусейн ускользнул, сев в маленькую шлюпку, на которой и скрылся. Другие суда, солдаты на которых не умели плавать и не могли добраться до берега по воде, перерезали часть якорных канатов и попытались подойти к берегу. Однако португальцы снова отправили своих людей добивать тех, кто плыл к берегу, — «от крови убитых вода окрасилась красным». Некоторые из небольших каликутских доу сумели выйти в море и проплыли вдоль побережья Малабара с печальными новостями. Самая крупная из гуджаратских каррак, двухпалубный корабль весом около 600 тонн, команду которого составляли четыреста человек, сумела продержаться весь день. Португальцы не могли подойти к ней на достаточное расстояние, чтобы взять на абордаж, потому что она стояла слишком близко к берегу. Кроме того, ее остов был очень крепок. Для того чтобы потопить это судно, потребовались пушки всех португальских судов. Наконец каррака погрузилась на дно, и даже тогда из-под воды выглядывали надпалубные сооружения. Команда бежала на берег.

Вечером Алмейда посетил все корабли, обнимая капитанов и справляясь о состоянии раненых. Утром состоялось официальное собрание на флагманском корабле. Общий сбор возвестили звуки труб. Затем португальцы стали подсчитывать потери. В разных источниках указано, что в этой битве погибло от тридцати до ста человек. Раненых, скорее всего, было около трехсот. В основном они пострадали от обломков дерева и стрел. Но победа была полной и сокрушительной. Египетский флот был разгромлен. Все корабли или потопили, или захватили, или сожгли. За исключением Хусейна и двадцати двух человек, которые бежали вместе с ним, немногим румам удалось выжить в этой схватке. Если верить португальским источникам, было убито 1300 бойцов из Гуджарата. Общее число потерь Каликута неизвестно. Три из захваченных каррак, включая флагманский корабль, были включены в число судов португальского флота. Также в распоряжение португальцев поступили две галеры и шестьсот пушек. Победа была безусловной.