На Морской генеральный штаб была возложена работа по вопросам борьбы с иностранным морским шпионажем в России, а также контрразведывательное обеспечение заводов и учреждений Морского ведомства. К этому времени галопирующая гонка морских вооружений охватила почти все крупные государства. Строительство новейших типов военных кораблей и подводных лодок, разработка артиллерийского вооружения, новейших образцов мин и торпед, создание мощных непреступных крепостей находились в ведении управлений МГШ. В его компетенции находились также и вопросы создания военно-экспериментальных и судостроительных баз. Однако властные структуры императорской России не сочли нужным обеспечить их контрразведывательную защиту. С опозданием, лишь к середине 1914 г., когда европейские государства уже втягивались в схватку за передел мира, Особое делопроизводство Морского генерального штаба предусмотрело в «Секретной инструкции» ведение морской контрразведки. Задания по контрразведке и ее результаты отныне должны были фиксироваться в специальном журнале Особого делопроизводства. В состав контрразведывательного отделения вошли: заведующий М. И. Дунин-Барковский и три делопроизводителя — капитан 2 ранга А. А. Нищенков, ст. лейтенант В. А. Виноградов и лейтенант Н. Гойнинген-Гюне.

Организация эффективного противостояния разведывательному натиску иностранных государств настоятельно требовала консолидации усилий всех специальных подразделений Военного министерства и взаимодействия с органами политического розыска Министерства внутренних дел. Так, между отделениями окружной и городской контрразведки в столице был организован систематический взаимообмен сведениями агентурного характера. Ротмистр В. В. Сосновский не реже двух раз в месяц был обязан информировать В. А. Ерандакова обо всех объектах, попавших в сферу его наблюдения. Необходимые сведения о следовавших в Санкт-Петербург лицах, подозреваемых в шпионаже или перехваченных на границах России в пределах Варшавского и Виленского и других военных округов, руководители столичных отделений контрразведки получали из внутрислужебной переписки со своими коллегами.

Однако не столь однозначно складывались отношения между службами разведки и контрразведки, объединенными единой территорией, руководством и взаимодополняющим родом деятельности. Офицеры, возглавлявшие их, как правило, располагали собственными агентурными возможностями и нередко действовали независимо друг от друга. Это объяснялось не только чрезмерной конспиративностью, но и соображениями военно-политической конъюнктуры. Представители военной разведки в большинстве своем были выпускниками Академии Генерального штаба. Они находились в состоянии постоянной конкуренции с «розыскными» чинами контрразведки и оспаривали право первого доклада вышестоящему начальству по вопросам безопасности государства. Документы свидетельствуют, что контакты руководителей разведывательных отделений штаба войск Гвардии и Петербургского военного округа с соответствующими отделениями контрразведки не носили характера непосредственного сотрудничества, а происходили лишь при посредничестве Особого делопроизводства Огенквар ГУ ГШ. Механизм персонального партнерства отсутствовал даже внутри самого Военного ведомства, и его не удалось наладить даже накануне войны.

Не менее сложный и противоречивый характер имели взаимоотношения розыскных учреждений МВД с контрразведкой. В 1911—1912 гг. руководство Департамента полиции не торопилось с оказанием реальной помощи контрразведке, поскольку не видело своей роли и места в борьбе со шпионажем. Оно сосредоточило все свои лучшие силы и средства на решении первоочередной задачи — борьбы с инакомыслием внутри страны. Так, новый директор Департамента полиции С. П. Белецкий в одном из своих первых циркуляров начальникам губернских жандармских управлений, жандармских пограничных управлений, охранных отделений в 1912 г. прямо указывал, что содействие контрразведке не должно отражаться на успешном выполнении ими своих прямых обязанностей по ведению политического розыска. Даже наружное наблюдение должно было устанавливаться «лишь в случае экстренной надобности, до прибытия на место чинов контрразведывательных отделений, и причем в местах постоянного квартирования филеров».

Опыт межведомственного взаимодействия носил характер переписки по общим вопросам динамики иностранного шпионажа и состояния борьбы с ним. По договоренности с Департаментом полиции его руководство снабжало контрразведывательные отделения военных округов нормативно-аналитическими материалами, касающимися борьбы с иностранным шпионажем.

Работа столичных отделений контрразведки в значительной степени обременялась бумажно-канцелярской волокитой, перепиской с представителями городских властей. Еще в конце 1911 г. петербургский градоначальник В. В. Лысогорский подписал «Секретное дополнение к приказу по Санкт-Петербургскому градоначальству и столичной полиции», согласно которому все требования руководителей столичной контрразведки подлежали исполнению. Однако на практике полицейские приставы оказались не способны в установленной форме даже уведомить руководителей столичной контрразведки о прибывающих и выбывающих из столицы Российской империи иностранцах, сведения о которых в обязательном порядке предоставлялись им домовладельцами, дворниками и швейцарами гостиниц. На излишнюю переписку с ними тратились время и человеческие ресурсы.

Тактика «невмешательства» розыскных органов Департамента полиции и Отдельного корпуса жандармов в борьбу со шпионажем могла обернуться весьма пагубными последствиями. Поэтому помощник 1-го обер-квартирмейстера генерал-майор Н. А. Монкевиц 14 февраля 1912 г. обратился с письмом к вице-директору Департамента полиции С. Е. Виссарионову, в котором обозначил три основных требования содействия контрразведке:

а) своевременное уведомление отделений о прибытии или выбытии из данного пункта лиц, проходящих по наблюдению;

б) учреждение по просьбе отделений в случаях экстренной надобности наружного наблюдения, впредь до прибытия чинов контрразведки;

в) сообщение по просьбе отделений справок о нравственной и политической благонадежности, судимости, роде занятий и семейном положении.

Такая минимизация отношений с Министерством внутренних дел было серьезной тактической ошибкой руководства ГУ ГШ. Она во многом проистекала из-за появившийся тенденции к скрытой конфронтации между главными службами по борьбе со шпионажем. Очевидно, это можно объяснить лишь разным пониманием собственных прерогатив в обеспечении внешней безопасности государства. Однако именно эта конфронтация грозила в корне изменить положение дел на местах. Следствием этого уже становилось все усиливавшееся соперничество начальников отделений контрразведки с офицерами губернских жандармских управлений и охранных отделений в вопросах вербовки секретных сотрудников, «переманивание» в КРО внештатных осведомителей розыскных органов Департамента полиции и Отдельного корпуса жандармов.

Слабой стороной имперской контрразведки являлся неотлаженный механизм задержания лиц, подозреваемых в шпионаже, и последующие процессуальные действия. Существующее российское законодательство ограничивало специальные обязанности должностных лиц контрразведки только «выявлением и негласным наблюдением». В кульминационной стадии, во время ареста, они полностью утрачивали свои полномочия.