1. Оставить в г. Вильно и на территории Виленской области, переданной Литве, только части, подлежащие вводу на территорию Литвы, а именно: 5[-ю] стр[елковую] дивизию, 2[-ю] танковую бригаду и ист[ребительный] полк.

2. Все остальные части, ныне находящиеся в г. Вильно, отвести в указанные ранее постоянные пункты расквартирования»[415].

29 октября командир 4-го стрелкового корпуса Красной армии комбриг И.Е. Давидовский передал г. Вильно в полном порядке бригадному генералу В. Виткаускасу. На Замковой горе (горе Гедимина) прошла церемония поднятия литовского флага, сопровождаемая 21 орудийным выстрелом. Как сообщал в штаб 3-й армии комбриг Давидовский, «полиция запрудила улицы, ходит не меньше, чем по 3 человека. Очень крикливая и даже можно сказать красивая для обывателя форма. […] Последняя ночь прошла спокойно, исключая группу около 30 гимназистов. Бросали лозунги – “Бей жидов”, “Долой литовскую армию”, “Долой коммунистов”. Все это было разогнано немедленно, но все-таки гимназисты порезали одного гимназиста еврея»[416]. В тот же день «в беседе с корреспондентом ТАСС генерал Виткаускас благодарил Красную армию, которая освободила древнюю литовскую столицу Вильно от польских оккупантов, а также поддерживала в городе образцовый порядок и охраняла городское хозяйство»[417]. В 16.00 штаб Белорусского фронта направил в Генштаб донесение № 111/оп: «В 14.00 29.10.39 части 15 тк ([за] исключением 2 тбр) из Вильно и района Яшуны выступили [в] Борисов. В Вильно и Виленской области, передаваемой Литве, остаются лишь части, которые по договору дислоцируются на литовской территории»[418]. В 21.30 29 октября заместитель начальника Генштаба направил начальнику штаба Белорусского фронта телеграмму № 0160 с текстом дополнительного протокола с описанием линии советско-литовской границы[419].

Вскоре находившиеся в Вильно советские войска столкнулись с неожиданными проблемами. В городе возникли затруднения с покупкой хлеба, раздражение жителей вызвало известие об изменении обменного курса валют, согласно которому 1 злотый был приравнен к 20 центам, а сумма возможного обмена ограничивалась. В результате польскими активистами «ночью 31 октября был учинен еврейский погром. На Конской улице со второго этажа дома сбросили целую еврейскую семью. Литовская полиция к еврейским погромам относится примиренчески. В 8 часов утра 1-го ноября у могилы (плита) Пилсудского собралось много поляков, принесших цветы, и уходили с патриотическими песнями. Демонстранты срывали литовские флаги с криками: “Долой литовское правительство”, “Долой незваных гостей в Литву и СССР”. В толпах избивали евреев. Демонстранты обвиняли торговцев-евреев в поднятии цен на продукты и товары. Демонстрация была рассеяна вмешательством [советских] войсковых частей (10 танков, 2 бронемашины и сильного конного наряда). В стычке с демонстрантами имелись раненые. 7-го ноября польские националисты произвели налет на казармы по ул. Костюшки и сожгли 10 танков литовской армии. В этой схватке убит один поляк»[420].

12 ноября командир 16-го ОСК обратился к командующему войсками Виленской войсковой группы генералу В. Виткаускасу с сообщением о том, что «11-го ноября 1939 года в 1 час ночи по местному времени дозорные артиллерийского полка советских войск, расположенных в казармах быв[шего] уланского полка польской армии, попали под перестрелку, завязавшейся между неизвестными группами лиц. По показанию бойцов советских войск, бывших в дозоре, перестрелка произошла при следующих обстоятельствах: в 1 час ночи 11 ноября со стороны тюрьмы и военного городка, расположенных на юго-западном берегу р. Вилия, произошел одиночный выстрел. В ответ на этот выстрел последовали ряд выстрелов с городка литовских войск, расположенного на северном берегу р. Вилия. Причем, стрельба с ю[го]-з[ападного] берега р. Вилия была залповая. Перестрелка длилась в течение 10 минут, значительная часть пуль с обеих сторон залетали в военный городок артиллерийского полка советских войск, что подтверждается пулей, найденной в стене артиллерийской мастерской артиллерийского полка. Дозорные полка советских войск ни одного выстрела не произвели. Прошу, господин дивизионный генерал, принять соответствующие меры к ограждению казарм советских войск от обстрела»[421].

Поскольку вводившиеся в военные базы в Литве советские войска уже находились в Вильно, т. е. на литовской территории, официальная церемония ввода войск была приурочена к моменту их передвижения в пункты постоянной дислокации и состоялась лишь в 10 часов 15 ноября. Согласно донесению командования 16-го ОСК, направленному в тот же день командующему Белорусского фронта, накануне литовцы неожиданно заявили, что по маршруту № 1, указанному в Соглашении, войска можно двигать не 15, а 17 ноября. Начальник штаба корпуса комбриг И.И. Семенов пытался выяснить причину подобного изменения через военного министра, но не смог до него дозвониться. Однако его настойчивость и действия военного атташе майора И.М. Коротких и полпреда Н.Г. Позднякова привели к тому, что в 23.35 литовские военные дали свое согласие на выполнение Соглашения. «В 9.30 15.11 все войска заняли свои места. Ровно в 10 часов начался церемониал ввода войск, а в 10.30 был дан сигнал для движения. От литовского командования прибыл дивизионный генерал Адамкявичус и один полковник, от гражданских властей и командования литовской армией не было никого. Вся советская колония в Литве во главе с товарищем Поздняковым присутствовала на параде и церемониале. Ввод войск превратился в своеобразный парад и смотр могущества и силы Красной Армии. Выход частей был детально продуман, составили план и график движения с исходного положения, которые были выдержаны целиком и полностью. В течение четырех часов перед трибуной мощным потоком шли броневики, автомашины с людьми, танки всех систем, артиллерия конная и механизированная всех калибров, вызывая восторг у присутствующих и законную гордость за силу и мощь нашей Красной Армии. Генерал Адамкявичус заявил: “Да, с такой техникой можно воевать”. А один из офицеров связи заявил: “Теперь, с приходом Красной Армии к нам, нашу армию можно распустить, она не нужна”. Сосредоточение в исходное положение и прохождение войск перед трибуной прошло без всяких чрезвычайных происшествий и аварий. Войска и техника имели прекрасный вид. Население города Вильно с улиц было изъято на 100 процентов и загнано в дома, даже запретили глядеть в окна. Тоже было и в деревнях по пути движения наших войск. При нашем возвращении после пропуска войск в 15 часов город был так же мертв, на улицах патрулировали офицеры, жандармы, полиция и солдаты литовской армии»[422].