Бегство короля озадачило парижан. Изгнание Божьего помазанника не значилось среди целей восстания. Новые парижские власти направили к Генриху III, нашедшему убежище в Шартре, делегацию, дабы заверить его в своей преданности. А он, похоже, и сам не знал, что делать дальше. Теплый прием, оказанный ему жителями Шартра и губернатором Шиверни, позволял надеяться, что еще не все потеряно. Вместе с тем определенного плана действий не было ни у него самого, ни у его советников. Высказывались противоречивые мнения: если одни считали необходимым вести против Гизов борьбу не на жизнь, а на смерть; то другие склонялись к достижению компромиссного соглашения. Генрих III всех выслушивал, но не принимал решения, не видя верного выхода из казавшегося безвыходным положения. Представительная делегация парижан, уверявшая его в своей лояльности, вместе с тем пыталась оправдать восстание предполагаемой угрозой для католической церкви и якобы имевшим место вероломством герцога Эпернона. Они предлагали от имени Лиги торжественное примирение. Не чувствуя себя достаточно сильным, король счел разумным пойти на соглашение. Своим оппонентам Генрих III ответил, что ни один монарх на свете не желает сильнее, чем он, окончательного искоренения ереси и обеспечения благоденствия своему народу. 21 июля 1588 года он подписал в Руане «эдикт единения», удовлетворявший основные требования Лиги: амнистия парижским мятежникам, искоренение ереси, признание кардинала Бурбона своим наследником и назначение Генриха Гиза генеральным наместником королевства. Вскоре после этого он пожертвовал и Эперноном, назначив на должность губернатора Нормандии герцога Монпансье. На 15 августа 1588 года было намечено собрание Генеральных штатов.

Этот компромисс, как и следовало ожидать, не удовлетворил наиболее непримиримых среди сторонников и короля, и Гизов. Однако у Генриха III уже зрело решение, которым он до поры до времени ни с кем не делился. Кроме того, его не могло оставить равнодушным известие о том, что в море вышла огромная испанская эскадра, которую преждевременно окрестили «Непобедимой армадой» и которая, как тешил себя надеждой Филипп II, должна была сокрушить Англию. Зная о тесных связях Гизов с королем Испании, он опасался высадки испанского десанта на французском побережье. Если бы армада действительно оказалась непобедимой, то у Генриха III не оставалось бы ни одного шанса на успех в борьбе с его заклятым врагом.

Разумеется, в этой обстановке Генрих Наваррский должен был вновь взяться за оружие, если не хотел погибнуть, поскольку «эдикт единения» не оставлял ни малейшей возможности для компромисса, а Генрих Гиз оказался во главе королевской армии. В августе 1588 года он вновь начал военную кампанию на западе, одержав первую победу при Моньере, близ Нанта. В октябре он приступил к осаде города Бовуар-сюр-Мер; однажды он столь безрассудно вырвался вперед, что едва не был убит. Однако предприятие в конце концов увенчалось успехом: Бовуар 20 октября пал, как раз в то время, когда в Блуа заседали Генеральные штаты. Хотя Генрих III предлагал им договориться с Генрихом Наваррским, штаты, уступая нажиму герцога Гиза, объявили 5 ноября короля Наваррского лишенным всех прав первого принца крови. Для Беарнца это было не единственное огорчение. Собравшиеся в декабре 1588 года в Ла-Рошели представители протестантских церквей подвергли его зубодробительной критике, небезосновательно упрекая этого «защитника веры» в том, что наследование французского престола занимает его куда больше, чем судьба протестантизма во Франции. Не осталась без внимания и его распутная личная жизнь, вдвойне возмущавшая суровых гугенотов, поскольку им приходилось выделять немалые средства на содержание его любовниц, тогда как денег катастрофически не хватало на ведение войны. Генриху Наваррскому нечего было возразить, и он, скрепя сердце и стиснув зубы, терпел унизительную для себя критику — лишь бы оставаться на плаву, то есть сохранить, пусть и в урезанном виде, власть, и впредь возглавлять движение. Он каялся и клялся, что жизни не пожалеет для защиты дела протестантизма, после чего был утвержден в качестве главнокомандующего. За ним сохранилось также право назначать на должности разного рода чиновников, кандидатуры которых предлагались провинциальными ассамблеями, — это была если не республика женевского образца, то вполне уже парламентская монархия, нравилось то или нет Его Королевскому Величеству.

Между тем положение Генриха III тоже продолжало оставаться шатким. Гибель «Непобедимой армады» избавила его от угрозы испанского вторжения во Францию, однако состав собравшихся 2 октября 1588 года в Блуа Генеральных штатов не оставлял ему ни малейших шансов на принятие желательных для него решений. Лигёры так обработали общественное мнение, что им принадлежало абсолютное большинство среди представителей всех трех сословий. Меньшинство составляли «политики», то есть умеренные католики, тогда как протестанты отсутствовали полностью. Председателями всех трех курий были избраны лигёры: Бриссак, недавно командовавший на баррикадах, — в курии дворян, кардинал Гиз, брат Меченого, — духовенства и Ла Шапель-Марто, один из Комитета шестнадцати, — третьего сословия. Короля лишили права вето, тем самым заранее нейтрализовав все его инициативы и обеспечив принятие решений большинством голосов. Иначе говоря, депутаты, особенно от третьего сословия, взяли курс на установление конституционной монархии. Однако это намерение наталкивалось на традиционные представления, слишком глубоко укоренившиеся во французском обществе, чтобы ими можно было так просто пренебречь. По этой причине с первых же дней заседания Генеральных штатов начались разногласия даже среди лигёров. Ничего удивительного, что, когда на первом заседании в зале появился король, все встали, с должным почтением приветствуя его. Он произнес замечательную речь, в которой еще раз заявил о своей приверженности католической церкви и о намерении не допустить к наследованию королевского престола Франции любого заподозренного в ереси. Он заранее соглашался на принятие законов, которые обеспечили бы мир в королевстве и позволили бы успешно справиться с бедственным положением народа, бороться с беспорядками и коррупцией. Отдельные пассажи его выступления, которые можно было истолковать как завуалированный выпад против Гизов, впоследствии были изъяты из протокола заседания и из текста, предназначенного для публикации.

Речь, произнесенная королем, была тепло встречена депутатами, что, однако, в конечном счете принесло ему мало пользы. Меченый, его брат-кардинал и верхушка Лиги времени даром не теряли. В ходе развернувшихся дебатов они сумели так запутать дело, что выдвигавшиеся требования поражали своей непоследовательностью и отсутствием элементарной логики. Так, депутаты требовали незамедлительного и полного истребления гугенотов, но при этом добивались резкого сокращения налогов. Генрих III вследствие этого был лишен возможности собрать необходимое войско, и его упрекали в бездействии и даже предательстве. Уважение, продемонстрированное королю в первые дни заседания Генеральных штатов, сменилось подозрительным и даже презрительным отношением к нему. Несколько депутатов, подстрекаемых «господами лотарингцами», осмелились даже грубо оскорбить монарха. Если герцог Гиз еще и проявлял в отношении его некоторое почтение, хотя и с долей иронии, и держался в стороне от словесной перепалки депутатов, то его брат-кардинал был главным вдохновителем беспорядка, царившего на заседаниях, стараясь завести дело в тупик. Однако Генрих III, несмотря на все унижения, которым его подвергали Генеральные штаты, и нараставшую угрозу для себя, не сдавался. Дело шло не только о его личном спасении, но и о сохранении монархического принципа. Напротив, герцог Гиз, хотя и стремился взойти на королевский трон, подрывал этот принцип, поскольку, если бы ему удалось свергнуть Генриха III, он стал бы выборным королем, своего рода коронованным диктатором, опирающимся не на законы и традиции, а исключительно на военную силу.