Кроме набегов и охраны конвоев, немецкие артлихтеры вплоть до конца октября периодически обстреливали приморский фланг 44-й армии. В наших документах сложно отделить результаты этих обстрелов от результатов вражеских артобстрелов в целом. Но, судя по малой эффективности бомбардировок теми же артлихтерами баз АВФ, успехи были скромными.

С августа немцы начали минные постановки. До этого мины не ставили, чтобы не создавать помех собственным действиям. Между 10 августа и 27 сентября были выставлены 52 донные мины в активных заграждениях, 367 якорных мин и 112 защитников в оборонительных заграждениях и 35 мин при эвакуации портов (16 у Мариуполя, 9 у Бердянска и 10 у Темрюка). Из шести активных и оборонительных заграждений пять себя вообще никак не проявили, а шестое было обнаружено лишь послевоенным тралением. Не проявило себя и заграждение у Мариуполя. В Бердянске на одной из мин погиб бронекатер. Слабые в целом результаты немецкой минной войны резко контрастируют с убийственной эффективностью Темрюкского заграждения. С октября 1943 по апрель 1944 г. на 10 минах подорвались семь катеров, пять из которых погибли. Такое стало возможным только из-за плохой организации траления.

С изменением обстановки на суше и продвижением наших войск вдоль северного побережья Азовского моря с конца августа флотилия провела серию тактических десантов. 44-я армия Южного фронта пыталась таким образом сорвать организованный отход противника, а в некоторых случаях – помочь сбить немцев с очередного рубежа. Предварительно была проведена подготовка десантников и катеров – погрузка/выгрузка, переход морем, огонь с корпостом по берегу, связь и т. д.

В ходе Таганрогской операции в ночь на 30 августа были высажены два десанта. Основной (с двух охотников и трех бронекатеров высажено 157 человек усиленной роты 384-го батальона морской пехоты, прикрытие – охотник, бронекатер и артиллерийский катер, они же отряд обстрела Мариуполя) высаживался у Безыменовки (между Мариуполем и Кривой косой) с целью отрезать немцам путь отхода по берегу из Таганрога. Второй десант (два бронекатера, три полуглиссера, 55 человек из разведроты 77-й стрелковой дивизии, прикрытие – два бронекатера) у Веселого (12 км западнее Таганрога) – для отвлечения внимания от основного десанта.

Основной десант высадился при слабом противодействии и атаковал севернее Безыменовки отходящую на запад колонну противника. По донесению десантников, возникла паника, танки в колонне начали давить свои обозы. В результате около 200 человек были убиты, уничтожено до 200 автомашин, три танка (еще один подбит), подводы, склады и т. п., взяты в плен два человека и захвачен сейф с документами артполка 15-й авиаполевой дивизии. На рассвете противник атаковал десантников при поддержке танков и артиллерии. Поскольку наступление 44-й армии временно приостановилось, десант получил разрешение вернуться на катера, что и сделал, потеряв в ходе действий на берегу одного человека убитым и 10 ранеными. Имеющиеся немецкие документы не позволяют установить, насколько доложенные результаты этого удивительного боя соответствуют реальным.

2-й десантный отряд при высадке обнаружил, что противника в районе Веселого уже нет, был принят обратно и пошел в базу. На отходе отряд и его прикрытие встретились с большим немецким отрядом, шедшим в Таганрог. В бою с артлихтерами и БДБ оба бронекатера прикрытия погибли, а оба бронекатера с десантом получили осколочные повреждения. Этой трагедии способствовала неудачная организация боевого управления. Высадкой 2-го десанта командовал командир Отдельного отряда кораблей капитан 3-го ранга Ф. В. Тетюркин, находившийся не с отрядом, а в Азове. Не зная текущей обстановки, он не успел вызвать подкрепления и запросить помощь авиации.

В 11 часов 30 августа войска 44-й армии заняли Таганрог, через час туда же вошли и катера АВФ. В порту были захвачены 14 плавсредств, которые немцы не успели затопить. Еще три катера ОХР были захвачены в море во время бегства из Таганрога.

С 3 сентября АВФ перешла в подчинение командующего Южного фронта и на следующий день получила приказ о высадке в районе Мариуполя. После ряда изменений план операции принял следующий вид: 1-й отряд (два охотника, 157 человек из 384-го батальона, командир – лейтенант К. Ф. Ольшанский) высаживался западнее поселка Ялта и перереза́л дорогу Мариуполь – Мангуш. 2-й отряд (два бронекатера и два катера-тральщика, 160 человек из 384-го батальона) высаживался в Мелекино (юго-западнее Мариуполя), перереза́л дорогу на Белосарайскую косу и затем атаковал мариупольский порт. 3-й отряд (два бронекатера, два сейнера, 120 человек от 44-й армии) высаживался в районе Песчаный (северо-восточнее 2-го отряда) и содействовал 2-му отряду в овладении портом, а армии – городом. 1-й отряд высадился по плану под слабым ружейно-пулеметным огнем, остальные отряды из-за начавшегося шторма высадку не произвели. На берегу десант уничтожил один из румынских дозоров и дошел до Мангуша. Но затем он был окружен поднятыми по тревоге разношерстными подразделениями (морскими артиллеристами, флотской охранной ротой, санитарной ротой), разбился на части, которые пытались пробиться на соединение с наступающими частями. Это удалось только 11 сентября, из окружения вышли 110 человек из 157. Все это время десантники создавали неразбериху во вражеском тылу. Но поставленная задача не могла быть выполнена, так как наступление 44-й армии отклонилось от графика.

9 сентября командующий 44-й армии потребовал высадить в ближайшую ночь оставшиеся отряды. Для поддержки десантников в светлое время выделялись «Илы» 23-го шап в сопровождении истребителей 8-й воздушной армии. Высадка у Мелекино (233 бойца 384-го батальона, капитан-лейтенант В. Э. Немченко) прошла без противодействия. 2-й отряд при подходе к берегу был освещен прожектором и отказался от высадки. При продвижении десанта вглубь катера 1-го отряда до рассвета подавляли огневые точки. Отряд прикрытия (два бронекатера, артиллерийский катер) провел безрезультатный бой со случайно встреченным немецким отрядом (три БДБ и катер-тральщик). На рассвете катера пытались войти в мариупольский порт, но были встречены сильным огнем и отошли. На берегу десант занял Мелекино и Песчаное, уничтожил мелкие подразделения и два тяжелых орудия и начал наступать в направлении порта, но затем был атакован превосходящими силами и оттеснен в близлежащую балку. Отряд сохранял радиосвязь с катерами, благодаря чему мог вызывать артподдержку с моря, а через флагманский КП флотилии – и авиацию. Семь Ил-2 23-го шап вылетали по заявке, цель (батареи у Мелекино) не обнаружили, но сделали четыре захода по скоплению войск в районе Песчаного – по донесению, с большим успехом. Десантники сумели продолжить наступление и к полудню занять порт. Затем они взяли вокзал, но под давлением превосходящих сил вновь отошли к порту, где стойко отражали контратаки (в немецких документах есть несколько сообщений о том, что десант находится на грани уничтожения). Вечером к порту пробились части 44-й армии и соединились с десантом. Видимо, это единственный десант АВФ до Керченской операции, оказавший реальное влияние на оперативную обстановку.

На рассвете 17 сентября были высажены три десантных отряда в районе Осипенко (Бердянска). Но поскольку противник к этому времени отступил, десантники без сопротивления вступили в город вместе с передовыми частями 28-й армии. 19 сентября АВФ снова перешла в оперативное подчинение Северо-Кавказского фронта и начала подготовку к десанту в Темрюк. Одновременно планировалась высадка силами Черноморского флота в районе Благовещенской. С помощью этих десантов командование фронта в очередной раз пыталось переломить ситуацию и сорвать планомерный отход 17-й армии. Сроки высадки переносились, оба десанта состоялись лишь в ночь на 25 сентября. По плану, основные силы (1200 человек 545-го стрелкового полка) высаживались на пляж у Голубицкой, перерезали дорогу из Темрюка на восток и не допускали отхода по ней противника. Вспомогательный десант (220 человек 369-го батальона морской пехоты) высаживался в районе Чайкино и захватывал порт Темрюк. Район высадки с запада прикрывали два артиллерийских катера, поддержку оказывали бронекатера и малые охотники из десантных отрядов. С рассвета район высадки прикрывали истребители 4-й воздушной армии, поддерживал 23-й шап. Для развития успеха планировалось высадить 2-й эшелон. Предварительным выходом двух бронекатеров в ночь на 23 сентября установили, что морских дозоров у Темрюка уже нет. При обстреле берега катера попали под ответный артогонь. Выход вечером 23 сентября был прерван из-за непогоды и состоялся через сутки, из-за повреждений катеров состав отрядов пришлось пересмотреть. Всего с десантом вышли два малых охотника, 10 бронекатеров и шесть катеров-тральщиков. Высадка проходила при сильнейшем противодействии противника, погиб один катер-тральщик. Здесь бронекатера показали себя с лучшей стороны, выдерживая дуэли с огневыми точками на небольших дистанциях. Всего удалось высадить 738 человек. Погибли оба командира отрядов – командир 545-го полка подполковник А. Е. Попович и командир 369-го батальона майор М. А. Рудь. Десант у Голубицкой смог перерезать дорогу, но затем сам был отрезан от берега и потерял связь с катерами поддержки и штабом высадки. Десант у Чайкино занял часть поселка, но затем был выбит и рассеялся в плавнях. За день 4-я воздушная армия сделала 138 самолето-вылетов на поддержку десанта. 23-й шап за три дня сделал 41 самолето-вылет с той же целью, потеряв четыре Ил-2. Все это не могло исправить ситуацию на земле. Попытки 26–27 сентября связаться с десантом и высадить 2-й эшелон не принесли успеха, при этом погиб еще один катер-тральщик. 27 сентября Темрюк заняли армейские части. В этот и следующий день остатки десанта соединились с ними. Из 200 бойцов 369-го батальона осталось 17 человек, тяжелейшие потери понес и 545-й полк. Свои задачи десант не выполнил, помехи отходу немецких войск создать не удалось. Сам замысел десанта был неудачен, так как высадка производилась малыми силами в район с высокой плотностью войск, сохранявших нормальную боеспособность. Все частные недостатки плана и действий десанта на берегу уже не играли особой роли.