Флотилия располагала собственной авиацией. 28 марта в Ейск прибыли семь У-2 из состава 8-й воздушной армии, затем их заменили части ВВС ЧФ. На постоянной основе Горшкову был придан только 23-й шап (с 30 апреля по 20 октября). Он постепенно перевооружался с устаревших Р-10 на Ил-2. 1-й вылет на штурмовиках состоялся 29 июня. Переучивание проходило с большими задержками из-за перебоев с бензином. Число боеготовых экипажей держалось в пределах от четырех до семи. С 22 мая по 24 июня на Ейск временно базировалась 2-я эскадрилья 47-го штурмового авиаполка. 26 мая прибыла 18-я эскадрилья 119-го разведывательного полка на МБР-2. Эту эскадрилью часто отзывали для выполнения других заданий, и в середине августа она убыла окончательно. Самой большой проблемой было полное отсутствие у ВВС флотилии истребительной авиации. Эпизодическое появление «сторонних» истребителей в Ейске не решало проблему. Это не позволяло вести полноценную воздушную разведку днем, а разведданные от ВВС ЧФ и воздушных армий поступали с большим опозданием. Штурмовики из-за отсутствия прикрытия летали мало, несли потери, а сравнительно успешно действовали лишь тогда, когда по разным причинам немецкие конвои и отряды не прикрывались истребителями.

То, что в Ейске держали целый штурмовой полк и при этом не дали хотя бы несколько истребителей, объяснению не поддается. До конца первой декады июня это с некоторой натяжкой можно объяснить накалом воздушных сражений на Кубани. Потом же основные силы люфтваффе убыли под Курск, на Кубани оставались сотни наших истребителей, но флотилия так ничего и не получила, несмотря на неоднократные запросы.

В береговой артиллерии флотилии на 1 июля было четыре подвижных и одна противокатерная батареи (четыре 152-мм, четыре 122-мм и девять 76-мм орудий), а также стационарная БС-723 (два 130-мм орудия). Подвижные батареи без особого успеха участвовали в отражении немецких набегов на базы. А вот БС-723 сыграла определенную роль. Она располагалась на южном берегу Таганрогского залива и держала под обстрелом проходившие конвои, а также Таганрогский порт. В порту неоднократно отмечались взрывы и пожары после обстрелов, там же был потоплен по меньшей мере один катер ОХР. Немцы вплоть до отхода из Таганрога вели безуспешную борьбу с этой батареей.

Средств ПВО первое время вообще не было, за что пришлось заплатить тяжелыми потерями в апреле. Затем прибыли два зенитных дивизиона (20 85-мм орудий), личный состав одного из которых был практически не подготовлен. Морская пехота была представлена 369-м и 384-м батальонами.

Пока в составе АВФ не было боевых катеров, она получала чисто оборонительные задачи, в первую очередь оборону побережья от Маргаритовки до мыса Ачуевский. Для этого ей временно были подчинены 89-я и 414-я стрелковые дивизии и 1174-й истребительно-противотанковый полк. 24 апреля наряду с оборонительными были поставлены и наступательные задачи – содействие флангам сухопутных войск, набеговые операции на порты и коммуникации, активные минные постановки. С некоторыми нюансами эти задачи оставались до исчезновения противника на Азовском море. С конца августа к задачам добавилась высадка десантов.

К началу апреля фронт на севере упирался в Миусский лиман, на юге – в плавни северо-восточнее Темрюка. Немцы поделили берега Азовского моря между тремя начальниками. Крым (без района Керченского пролива) и Геническ входили в зону ответственности начальника морской обороны (НМО) Крыма, Керченский пролив (с апреля 1943 г.) и таманское побережье – НМО Кавказа, северный берег Азовского моря – НМО Украины. До возвращения АВФ в Азовское море силы противника здесь ограничивались флотилией охраны побережья и пятью флотилиями ОХР (Темрюк, Геническ, Бердянск, Мариуполь, Таганрог). Кроме того, частью сил здесь действовала флотилия ОХР Керчи. Всего имелось более 50 сторожевых катеров и катеров-тральщиков, переоборудованных из спортивных и разъездных катеров, пинасс и сейнеров, вооруженных пулеметами и иногда 20-мм автоматами. В марте для охраны побережья Темрюкского залива саперными частями 17-й армии была сформирована временная флотилия из десантных катеров (в т. ч. вооруженных счетверенными 20-мм зенитными автоматами), буксирных катеров и тяжелых штурмботов. Береговую оборону весной 1943 г. пришлось воссоздавать, так как большинство батарей в конце 1942 г. перебросили на Таманский полуостров. В мае был сформирован 614-й дивизион морской артиллерии, который объединил пять батарей (орудия от 76-мм до 152-мм) на северном побережье моря.

После появления в составе Азовской флотилии боевых катеров и активизации нашей авиации немцам пришлось привлекать в конвои «боевые» БДБ с 75-мм артиллерией. Время от времени в Азовском море действовала часть сил 1-й флотилии торпедных катеров и 3-й флотилии «раумботов», катера-тральщики RA 30-й тральной флотилии. Рассматривался даже вопрос об использовании итальянских сверхмалых подлодок, но глубины моря сочли недостаточными для этого. В мае-июне прибыла 3-я флотилия артлихтеров MAL (8 единиц). Эти собранные из понтонов лихтеры были маломореходны, но сильная артиллерия (два 88-мм подлодочных орудия) сделала их основными боевыми единицами на Азовском море. Артиллеристы сначала имели слабую подготовку, но к середине августа получили необходимые навыки.

Основными задачами немецкого флота на Азовском море были перевозки грузов и обеспечение этих перевозок. Другими задачами были противодесантная оборона, артподдержка приморских флангов, а также борьба с советским флотом, осуществлявшаяся в форме набегов на базы АВФ. Действия на наших коммуникациях не проводились из-за практически полного отсутствия таковых. До самой осени 1943 г. немцы имели в Азовском море численное превосходство в боевых единицах, даже если отбросить катера охраны рейдов. Немецкая авиация в первом полугодии периодически совершала крупные налеты на базы АВФ и прикрывала конвои и отряды в море. После убытия основных сил под Курск над морем продолжала действовать главным образом истребительная и разведывательная авиация, но угроза атак с воздуха все равно сковывала действия кораблей нашей флотилии.

Морской артиллерийский лихтер MAL ведет огонь. Азовское море, 1943 г.

Активные действия на море начались еще до того, как море полностью очистилось ото льда, и 8 апреля открылась навигация. С 21 марта по 15 апреля мелкие гребные и парусные суда перевезли 301 т грузов для наших войск, наступавших по Перекопской косе (северо-восточнее Темрюка, не путать с Перекопом в Крыму!). Утром 30 марта немцы высадили на этой косе тактический десант с моторных буксиров, сейнеров и саперных плавсредств – около 250 человек с реактивными минометами и 20-мм зенитными автоматами, которые отрезали и разгромили наш опорный пункт на берегу. При высадке командирский буксир был по ошибке расстрелян немецким истребителем. Кроме того, по неуказанной причине погиб один сейнер. В качестве ответной меры Горшков приказал отправить в этот район две роты 414-й дивизии на сейнерах и мотоботах. Горючего флотилия еще не получила, его было приказано «добыть любыми средствами». В результате роты были переброшены только к утру 2 апреля. С их помощью удалось оттеснить немцев на юго-запад.