По существу, подготовка к походу началась гораздо раньше, еще в начале 1962 года. К апрелю все четыре подводные лодки прошли предпоходовый ремонт и докование на ремонтном заводе поселка Роста. Тогда же был сформирован и штаб бригады, который возглавил капитан 2-го ранга В. Архипов. Командиры лодок, не теряя времени даром, изучали известные им тактические приемы противолодочных сил ВМС США.

До сентября подводные лодки стояли в Полярном, а затем по приказу командующего флотом перешли в бухту Сайда, где и начали окончательную погрузку боезапаса, топлива и продовольствия. Причина перебазирования в отдаленную бухту была проста — по Полярному поползли слухи, что лодки направляют в опасный поход куда-то к берегам Америки. Заволновались жены. Пришлось решить вопрос разом: лодки ушли и разговоры сами собой прекратились.

О конечном пункте похода не знал никто. Флагманскому штурману бригады капитану 3-го ранга Любичеву было велено получать карты… всего Мирового океана. Заваливая свои рубки бесчисленными грудами зеекарт, штурманы мрачно шутили:

— Мы теперь, как «Наутилус» Немо, можем плавать везде и всюду.

В самом Полярном под началом начальника береговой базы бригады полковника Сергеева грузили запчасти и бригадную документацию на арендованные у Министерства морского флота транспорты. На тех же транспортах должен был совершить переход на Кубу и сам личный состав береговой базы.

Подготовку лодок к походу курировали лично командующий флотом адмирал Касатонов и член военного совета контр-адмирал Сизов. Особое внимание уделялось исправности механизмов, укомплектованности лодок офицерами и личным составом, соответствию нормам запасов продовольствия и ЗИПа. Командующий лично занимался с командирами кораблей и вопросами тактической подготовки. Но и сам Касатонов многого не знал. Москва в лице главкома Горшкова, оставив на командование Северным флотом все технические проблемы, вопросы планирования и организации похода взяла на себя. Попытки Касатонова принять участие в составлении походных документов были немедленно отвергнуты. Аргументировалось все просто: «В интересах сохранения секретности». В результате ни командующий флотом, ни его штаб не знали даже, какая конкретная боевая задача ставится уходящим подводным лодкам. В чем тут было дело, неясно и до сегодняшнего дня. В личных ли амбициях главкома, пытавшегося таким образом не допустить к руководству «историческим» походом своего однокашника по училищу, в особых ли указаниях на этот счет со стороны Министерства обороны?

А буквально перед выходом в море в 69-й бригаде произошло ЧП, да какое. Выходить в поход отказался не кто иной, как сам командир бригады контр-адмирал Евсеев. Сославшись на больные ноги, комбриг срочно лег в госпиталь. Единственное, что успел сделать Евсеев за время своего командования сформированной бригадой, так это провести с командирами лодок контрольное занятие по правилам плавания в Кольском заливе. Узнав о поступке Евсеева, Горшков пришел в ярость. Встал вопрос о привлечении струсившего контр-адмирала к суду военного трибунала. Забегая вперед, скажем, что до суда дело не дошло, так как выметать сор из избы не хотелось никому, да, видимо, в конце концов просто сжалились над бывшим комбригом. Евсеев был попросту комиссован и отправлен в отставку.

А ситуация складывалась чрезвычайная. Главнокомандующий связался по телефону с адмиралом Касатоновым:

— Владимир Афанасьевич, необходимо срочно подыскать замену Евсееву, время не ждет. Нужен опытный и авторитетный руководитель.

— Такая кандидатура у меня есть, — ответил все уже давно решивший Касатонов. — Предлагаю назначить командира 211-й бригады капитана 1-го ранга Агафонова. Опытнейший подводник.

— Справится ли? — В голосе Горшкова чувствовалось сомнение.

Главком еще не принял решения и ждал от командующего Северным флотом последнего слова.

— Безусловно, — лаконично ответил Касатонов. — За Агафонова я ручаюсь, как за самого себя.

— Хорошо, — согласился главком. — Утверждайте.

На следующий день на срочно созванном военном совете Северного флота кандидатуру капитана 1-го ранга Агафонова утвердили. А тем же вечером Москва сообщила о соответствующем приказе министра обороны. На сборы вновь назначенному комбригу дали всего два часа. В ночь на 1 октября он катером прибыл в бухту Сайда, где завершали свою подготовку к походу все четыре подводные лодки. Когда Агафонов ступил на причал, субмарины загружали уже последние торпеды. Весь район стоянки лодок был оцеплен патрулями. На каждую из уходящих в море субмарин помимо обычного боезапаса грузили и по одной особой торпеде с ядерной боеголовкой.

Кто может лучше сказать о своем начальнике, как не его бывший подчиненный? Вот как характеризует комбрига Агафонова бывший в ту пору командиром подводной лодки Б-130 Н. Шумков: «Об этом подводнике можно говорить очень долго и только хорошо. Исключительно грамотный, по-отечески требовательный и заботливый. Сколько знал я Виталия Наумовича, никогда, ни при каких обстоятельствах он не повышал голоса на подчиненных, а ведь обстановка в море складывалась разная. Мы, командиры лодок, его уважали искренне. Сейчас с высоты прожитых лет могу сказать, что, видимо, не случайно в трудную минуту выбор командования пал именно на этого человека. Вряд ли кто-нибудь иной справился бы с возложенной на него задачей более успешно».

Как показали последующие события, выбор адмирала Касатонова оказался на редкость удачным и, может быть, вообще единственно верным в той неприятной ситуации.

Нового комбрига личному составу бригады здесь же на причале представил командующий эскадрой контр-адмирал Рыбалко. Не успели офицеры и матросы разойтись по кораблям, как снова был сыгран большой сбор. На этот раз подошел катер с первым заместителем главнокомандующего ВМФ СССР адмиралом Фокиным и начальником штаба Северного флота контр-адмиралом Россохо. Адмирал Фокин по распоряжению главкома лично курировал уходящие лодки. Кроме этого, была и еще одна причина приезда адмирала в бухту Сайда. По каналам органов безопасности до Москвы дошли слухи, что личный состав подводных лодок якобы опасается своих собственных торпед с ядерными боеголовками. Моряки будто бы боятся, что при их выстреле может погибнуть и сама стрелявшая субмарина. Поэтому Фокину было приказано одновременно со всеми его другими делами успокоить экипажи подлодок. Как оказалось на самом деле, дошедший до Москвы слух был ложным и офицеры четырех субмарин с недоумением слушали разъяснения московских инспекторов о безопасности ядерных торпед.

Вспоминает бывший командир 69-й бригады подводных лодок, а ныне контр-адмирал в отставке В. Агафонов: «Хотя и не было времени на формальный прием дел и вступление в командование бригадой, мое положение облегчалось тем, что все подводные лодки были переданы в состав 69-й бригады из состава 211-й, которой я ранее командовал. Там они еще до передачи прошли весь курс боевой подготовки и были введены в состав боевого ядра флота. Все командиры подводных лодок были мне хорошо знакомы, известен был и уровень их подготовки. Команды лодок были укомплектованы личным составом, в основном, за счет моей же бывшей 211-й бригады. Таким образом и состоялось мое назначение и вступление в новую должность».