Практически сразу после окончания войны перед российскими властями встал вопрос о дальнейшей судьбе волонтеров. Незначительное число православных жителей Балкан после участия в Прутском походе остались жить в Малороссии, женившись на этнических украинках и занявшись купечеством на своем обеспечении. Однако были и такие, которые не могли вернуться домой, потому что «их жилища обретаютца под турецким владением», а содержать себя дальше, без получения жалования, они уже не могли. 15 марта 1712 года в корпусе Шереметева находилось из иррегулярных: в четырех сербских ротах — 237 человек, в двух молдавских полках А. Танского и А. Кигича — 539, донских казаков — 500, венгров и французов полковника Роппа — 446. Итого: 1713 человек. Регулярных было: в 8 кавалерийских полках дивизии Л.-Г. Януса фон Эмберштедта, в лейб-эскадроне, в 8 полках дивизии Кара-Эвальда Ренне, в 3 пехотных полках из дивизии Л.Н. Алларта, в 6 полках дивизии А.А. Вейде — всего 31749 человек. В дивизии генерала К.Э. Ренне насчитывалось 500 сербов, 500 молдаван, 500 казаков. 217 волонтеров из его дивизии просили защиты и российского подданства у Петра I. Шереметев считал, что «…волохов и протчих нерегулярных… отпустить… невозможно». В 1712 году из-за нехватки денег решили сократить численность молдавских отрядов наполовину — до 250 человек, а донских казаков отпустить домой. 2 сентября Шереметев, опасаясь перехода волонтеров на Правобережную Украину, писал Петру I о внутренних перестановках: «…нерегулярных… задержать при своем корпусе, того ради, ежели бы тех волохов и французов отпустить, то бы первое показали, что пошли к противной стороне, а больше к воеводе киевскому». Однако в октябре Шереметев вынужденно распустил донское казачество, венгерскую пехотную роту (130 человек), 46 французов и половину рядового состава молдавских полков. Четыре сербские роты под командованием капитанов Брошовяна, Булубуша, Марка, Ружа остались в полном составе в армии. 25 октября 1712 года валашского полковника Гинее и 6 капитанов, выехавших вместе с Фомой Кантакузиным, по указу царя приписали к иррегулярным частям. Но казна была пуста. 17 декабря 1712 года князь Я. Долгоруков, И. Мусин-Пушкин, Т. Стрешнев, Г. Племянников, князь Г. Волконский, М. Самарин, В. Опухтин, А, Щукин писали царю, что оказали денежную помощь в размере 16 тысяч 44 рублей молдавским офицерам и 526 рядовым сербам и молдаванам, служившим в корпусе Шереметева. Переселенцам было объявлено, что они могут приглашать своих родственников и соседей для поселения. Российское правительство обещало дать земельные наделы из государственного земельного фонда. 15 мая 1713 года Милорадовичу в Сенате вручили портрет Петра I, украшенный бриллиантами, стоимостью 420 рублей. Капитанам было определено ежемесячное жалованье по 12,5 рубля, прапорщикам — по 5,5 рубля.

Для укрепления южных границ и наведения внутреннего порядка в 1713 году на Левобережной Украине сформировали пять ландмилиционных полков, но просуществовали они недолго. По мнению историков пограничной политики, Петр I уделял особое внимание фортификационному прикрытию границы, так как оно «с одной стороны, обеспечивало защиту территории от вторжения внешнего противника, а с другой — являлось подготовленным плацдармом для ведения военных действий на сопредельной территории».

31 января 1715 года последовал указ, по которому молдавским, валашским и сербским офицерам и солдатам для поселения выделялась земля в Киевской и Азовской губерниях. С учетом занимаемой должности полковнику дарилось село с последующей передачей по наследству, офицерам ниже чином — по нескольку дворов на семью. Состоялась встреча Петра I и черногорского митрополита Данилы. 160 черногорцев, участников антитурецкого восстания, царь наградил золотыми медалями с портретом самого Петра, 5-ю тысячами рублей «на вспоможение разоренным людям». Митрополиту царь лично выдал еще 5 тысяч рублей на восстановление монастырей и уплату военных долгов. Цетинскому монастырю была выделена субсидия (500 рублей через 2 года на 3-й). В те же годы по указанию из Москвы были отпущены сторонники Мазепы, которые бежали в Турцию, после смерти гетмана и поражения шведского короля под Бендерами плененные и вывезенные в Россию.

В 1715 году Петр I обратился к визирю Али-паше с официальной просьбой назначить российского резидента в Турцию. Главной причиной царь назвал многочисленные набеги турецких подданных на русские владения. В 1718 году Австрия после подписания договора с Турцией разорвала отношения с Россией. В Вене недоумевали, почему Порта разрешает находиться в пограничной Польше русским войскам, когда по русско-турецкому договору в Польской Украине запрещалось держать русскую армию. Для предотвращения новой русско-турецкой войны в Стамбул был отправлен А. Дашков, прибывший в турецкую столицу в мае 1719 году. Благодаря деятельности российского дипломата 5 (16) ноября 1720 года был заключен «вечный» договор с Османской империей, подтверждавший Адрианопольский договор 1713 года. Россия получила право иметь своего представителя при Порте. В 1721 году Петр I отправил в Стамбул резидентом И.И. Неплюева, окончившего морскую академию в Петербурге и получившего образование за границей, В Турции Неплюев находился вплоть до 1735 года, став надежной опорой в проведении и защите российских интересов.

***

Многочисленные побеги и нарушения солдат и офицеров на границе с Турцией и Польшей подняли вопрос о воинской дисциплине. Сразу после Прутского похода приступили к разработке Строевого устава, работа над которым длилась несколько лет. В 1716 году в военном руководстве была впервые принята военно-теоретическая разработка под названием «Воинский устав», регламентировавший обязанности командного и низшего состава. В Уставе четко оговаривались принципы административного управления, воспитания, обучения регулярной армии, были описаны возможные способы ведения войны.

К 1720 году окончательно сложилась военно-административная система. Практически все вопросы управления перешли в ведение Военной коллегии — высшего центрального органа военного управления, созданного в 1718–1720 годах вместо приказов. Возглавлял Военную коллегию президент. Вопросами снабжения занималась Военная коллегия, в действующей армии — Военный совет. Помимо строевых учений, на солдат и офицеров возлагались функции управления в данной местности. Полковые командиры руководили поимкой беглых, контрабандистов, занимались отслеживанием лиц, занимающихся незаконной вырубкой государственного и помещичьего леса. Уже после переписи 1718 года в России была упорядочена подушная подать, что позволило государству значительно увеличить государственный бюджет (примерно в 4 раза). В 1724 году по «Инструкции полковнику и земскому комиссару» губернаторы и полковые командиры обязались заниматься сбором податей с населения, которые могли использовать на нужды полка. Военно-административные вопросы решались центральными (распорядительными), местными и войсковыми (исполнительными) властями. Появились первые переводные издания по военному искусству. В 1724 году Василий Суворов (предположительно один из предков великого полководца) перевел сочинение Вобана по фортификации. Известно, что Брюс коллекционировал работы западных военных теоретиков.

Войско Донское перешло в подчинение от Иностранной коллегии к Военной. Изменился принцип территориального управления в регулярных войсках. В 1722 года указами от 10 января и 5 февраля полк следовало размещать отдельными слободами. На каждую роту отводился сельский округ, исходя из численности населения: на каждого пехотинца приходилось 35 душ мужского пола, а на конного — 50. Начиная с 1724 года изменился принцип набора солдат в армию. Рекрутские наборы производились исходя из конкретной ситуации: не с определенного числа дворов, а с определяемого указами числа душ. Рекрутская система просуществовала до 1874 года, когда в ходе военной реформы была введена всеобщая воинская повинность. В 1725 году общая численность российских войск достигла 220 тысяч человек, из них — 78 тысяч гарнизонных войск и ландмилиции, около 30–35 тысяч иррегулярных войск. В последние годы петровского правления на регулярные войска в мирное время расходовалось до 4 миллионов рублей ежегодно.