Элисон Мартинек, 11-летняя девочка, обменявшаяся с Билли несколькими словами в зале аркадных игр, описала высокого мужчину плотного сложения с темно-каштановыми волосами и с двумя родимыми пятнами или шрамами на лбу. На нем были синие джинсы, кроссовки Reebok и темные очки, сказала она полицейским.

Исходя из описаний очевидцев, художник составил фоторобот подозреваемого, который был опубликован в газетах и показан по телевидению, причем в СМИ информация об этом похищении стала приоритетной. Сотрудники полиции подробно допросили очевидцев, протоколы допросов были записаны на пленку и затем расшифрованы. Продавщица Гвен Марголис утверждала, что она знает мужчину, который шел с мальчиком: он работает в кухне отеля, и зовут его Том Спендлав. Детективы допросили Спендлава и включили его фото в подборку фотографий, которые они потом показали остальным четырем свидетелям. Джон и Сьюзен Пича сразу опознали в Спендлаве мужчину, которого они видели с мальчиком. Чарлз Кроутер выбрал фото сотрудника отеля Хосе Гарсии, заявив, что он больше всего похож на человека, которого он видел на втором этаже в коридоре. Элисон Мартинек утверждала, что мужчины, которого она тогда видела с мальчиком, на этих фотографиях вообще нет.

Вскоре выяснилось, что у Тома Спендлава и Хосе Гарсии были железные алиби, и далее за весь декабрь расследование практически не продвинулось. От сотен звонков граждан, желающих сообщить ту или иную информацию, даже воздух в департаменте полиции, казалось, раскалился. Одна женщина утверждала, что видела Билли Чемберса на улице, но в итоге оказалось, что мальчику, которого она видела, уже двенадцать лет. Позвонил мужчина и сообщил о человеке, похожем на фоторобот, который показывали по телевидению, но оказалось, что ему сорок пять лет и что у него отсутствует большинство передних зубов. Еще одна женщина, не пожелавшая представиться, сообщила о мужчине, осужденном за сексуальное преступление, но освобожденном условно-досрочно, но этому было восемнадцать лет, и у него было твердое алиби.

30 декабря 1987 года, примерно в 11 утра, уборщик, собиравший мусор с территории отеля, заметил метрах в двухстах от здания очки, валявшиеся около прицепа, которым пользовался менеджер отеля. Он наклонился, чтобы поднять очки, и увидел тело мальчика, лежавшего лицом вниз под задней частью прицепа. Он немедленно сообщил об этом своему начальнику, тот передал сообщение в службу безопасности отеля, а ее сотрудники, в свою очередь, уведомили об этом полицию Лас-Вегаса. Мать и отца Билли, остававшихся в Лас-Вегасе вместе с другими родственниками, доставили на место происшествия, и они, обливаясь слезами, подтвердили: да, это их сын Билли.

Дальше расследование вел отдел убийств полиции Лас-Вегаса. После вскрытия и проведения необходимых аналитических процедур патологоанатомы пришли к выводу, что Билли Чемберс умер от механической закупорки дыхательных путей в результате удушения. Состояние тела, сообщил патологоанатом, примерно соответствует дате исчезновения мальчика. Никаких признаков сексуального насилия обнаружено не было.

Следователи отдела убийств получили компьютерную распечатку полного списка гостей отеля в день исчезновения Билли. Особый интерес они проявили к гостям, которые были зарегистрированы в номерах на втором этаже, так как именно там уезжавший из отеля Чарлз Кроутер видел Билли и тащившего его мужчину. Фотографии с водительских удостоверений и данные идентификации постояльцев мужского пола, зарегистрированных на втором этаже, поступили из департаментов по регистрации транспортных средств Невады и Калифорнии.

Более или менее подходила под описания очевидцев только одна фотография — Говарда Хаупта. Ему было тридцать семь лет, рост 182 см, вес 67 кг, волосы светлые, глаза голубые. На приложенном фото было видно, что он носил пробор слева и очки в проволочной оправе. В отеле он зарегистрировался 25 ноября 1987 года, а выехал 28 ноября. Он жил в номере 229, то есть на втором этаже в южном крыле, совсем близко к тому месту, где Чарлз Кроутер видел взрослого мужчину, который тащил Билли Чемберса за руку по коридору.

13 января 1988 года следователи послали Говарду Хаупту письмо с просьбой добровольно явиться для фотографирования и снятия отпечатков пальцев, чтобы помочь полиции в расследовании смерти Билли Чемберса. При этом письмо они составили так, чтобы Хаупт уверился в том, что сотрудничать таким образом с властями попросили всех гостей отеля и казино и что он не является подозреваемым. К тому времени полиция также получила поляроидную копию цветной фотографии Говарда Хаупта от его работодателя, Центра обработки данных в Сан-Диего. При составлении подборки фотографий для опознания использовали еще пять фотографий, переснятых на поляроидную пленку, чтобы они стали похожи на фотографию Хаупта.

15 января 1988 года следователи допросили порознь Джона и Сьюзен Пича и показали им эту подборку фотографий. Сьюзен Пича не смогла опознать никого. Джон Пича — после интенсивного допроса — заявил, что, по его мнению, больше всего похож номер 3 (то есть Говард Хаупт), но уверенно опознать его он не может. «Я видел так много фотографий, — сказал он, имея в виду сотни снимков, которые ему показали за семь недель, прошедших после исчезновения Билли Чемберса, — что они у меня начинают путаться».

18 января ту же подборку фотографий показали продавщице Гвен Марголис. Она тоже выбрала номер 3 — Говарда Хаупта, а когда ее попросили оценить свою уверенность в правильности опознания по шкале от 1 (неточно) до 10 (уверенно), она ответила: «Я бы сказала — восемь».

21 января Чарлза Кроутера доставили на самолете в Сан-Диего, а затем к месту работы Говарда Хаупта. Цель этой поездки состояла в том, чтобы выяснить, сможет ли он опознать подозреваемого не по фото, а лично. Когда Хаупт прошел мимо него по дороге от автостоянки на работу, Кроутер сказал: «Мне нужно посмотреть на него еще раз». Когда позже его спросили, узнал ли он кого-нибудь, Чарлз Кроутер ответил: «Этот человек в кожаном пиджаке — тот мужчина, которого я видел с маленьким мальчиком в отеле». Человеком в кожаном пиджаке был Говард Хаупт.

Потом Кроутеру показали подборку фотографий. Он указал на номер 3, то есть на Говарда Хаупта, как на человека, которого он опознал в ходе поездки в Центр обработки данных. В ответ на просьбу оценить достоверность опознания подозреваемого по шкале от 1 до 10 он заявил: «От семи с половиной до восьми».

5 февраля следователи доставили в Центр обработки данных Гвен Марголис. Она тоже опознала Хаупта как мужчину, которого она видела тогда в отеле вместе с ребенком. На этот раз она была еще более уверенной и в ответ на просьбу оценить свою уверенность в правильности опознания по той же шкале 1-10 она заявила: «Я бы сказала, вероятно, около девяти».

3 февраля Хаупту, никак не отреагировавшему на первое письмо, было отправлено еще одно заказное письмо, на этот раз с уведомлением о вручении. Через шесть дней, 9 февраля, Говард Хаупт позвонил в офис шерифа Сан-Диего и договорился о встрече со следователями на 11 февраля в 17:30. Помощник шерифа между делом спросил Хаупта, почему он не ответил на первое письмо. «Я подумал, что им нужен не я, — ответил Хаупт. — Письмо-то на самом деле меня не касалось».