В Кулябе сторонники оппозиции начали преследоваться. Действия всех партий, кроме Коммунистической партии Таджикистана, на территории области оказались запрещены. Вскоре напряженность возникла между Кулябской и соседней Курган-Тюбинской областью, где были сильнее сторонники оппозиции (определение "оппозиция" с учетом того, что ее представители фактически уже контролировали правительство, предельно условно). Учитывая, что в Курган-Тюбинской области благодаря переселениям послевоенного периода проживали выходцы из разных районов Таджикистана, в том числе из противостоящих теперь друг другу Гарма и Куляба, внутри области также стали происходить столкновения и появились первые жертвы. 27 июня в Вахшском районе Курган-Тюбинской области, где проживали переселенцы из Куляба, начались полномасштабные бои с участием сотен бойцов и подключением БТРов. Кулябцы начали покидать Вахшские кишлаки. Так появились первые волны беженцев.

Пока, впрочем, обе стороны были ограничены в доступе к оружию. Объективно главным силовым ресурсом на территории Таджикистана обладала 201-я дивизия, которая, однако, пока не заняла сторону в конфликте. Другой силой оказывались пограничные войска. На момент середины 1992 года статус 201-й дивизии был не вполне определен. Она еще не была напрямую связана с лишь недавно создаваемой под началом Павла Грачева российской армией и входила в так называемые Объединенные вооруженные силы СНГ – то есть в остатки частей советской армии, не перешедших под юрисдикцию новых государств. Впрочем, офицерский состав дивизии – большей частью русский – принимать присягу Таджикистану не собирался. Хотя командующим дивизией с мая назначили этнического таджика генерал-майора Мухриддина Ашурова.

Пограничники также жили отдельной жизнью: в первой половине 1992 года на заставах еще служили те, кто был призван до распада СССР со всей его территории. Таким образом, в стране с разгорающейся гражданской войной существовала достаточно мощная вооруженная структура, которая пока (если вспомнить эпизод с защитой здания КНБ в Душанбе) достаточно осторожно определялась со своей ролью в конфликте.

Полностью игнорировать наличие дивизии не мог никто из участников конфликта. И первое обращение к ней осуществило действующее правительство. Пришедшие к власти в Душанбе бывшие оппозиционеры отдавали себе отчет в непредсказуемости развития событий и решили уберечься от главных рисков. С 1 июля части дивизии по просьбе Душанбе взяли под охрану стратегические объекты республики – в частности, плотину Нурекской ГЭС, Вахшские ГЭС, Яванский электро-механический завод и ряд других объектов.

Согласно сообщению "Известий" в заметке от 2 июля, данное решение согласовывалось с курсом Министерства обороны России, что, вероятно, указывает на то, что дивизия всё-таки не зависла в воздухе (при отсутствии четких управленческих структур для ОВС СНГ) и МО РФ определенным образом занималось дивизией и могло принимать часть решений, касающихся ее действий.

В новых столкновениях, происходивших в Вахшском районе, принимали участие и военнослужащие 201-й дивизии. Так, когда 27 июля кулябские формирования и ополчения местных оппозиционеров вновь начали боевые действия, на место выдвинулись несколько БТРов и танк, принадлежащие Курнан-Тюбинскому гарнизону дивизии. По словам Ашурова, который отчитывался о событиях на пресс-конференции в Душанбе, бронетехника лишь блокировала дорогу, не открывая огня, впрочем, у представителей правительства, которые воспринимали действия кулябцев как угрозу своей власти, было на этот счет другое мнение. То, что дивизией теперь руководил таджик, давало основание подозревать его (а соответственно, и дивизию) в подыгрывании одной из сторон. Во всяком случае, Олег Панфилов в своем материале о данном инциденте "Две версии однодневной войны", появившемся в "Независимой Газете" 1 августа, приводит следующую реплику представителя Комитета национальной безопасности Таджикистана (который к тому времени контролировался бывшими оппозиционерами) полковника Джурабека. "Я предпочел бы, – сказал полковник Аминов, – чтобы начальником гарнизона и командиром 201-й дивизии был не генерал Ашуров, а какой-нибудь генерал Иванов, и он бы думал об армии, а не о поддержке президента Набиева".

Слухи о том, что оружие из гарнизонов 201-й дивизии разными путями попадало к противоборствующим сторонам, ходили с начала вооруженного противостояния. Здесь ситуация, по-видимому, не отличалась от других горячих точек на постсоветском пространстве. Впрочем, существовал и другой источник оружия – под боком находился Афганистан. С лета 1992 года пограничники начали сообщать о всё увеличивающемся потоке нарушителей границы: как правило, это были жители Таджикистана, ходившие в Афганистан, чтобы приобрести оружие.

Клановые отношения в условиях разгорающегося конфликта начали приобретать всё более четкую структуру. Вот как этот процесс был описан в статье Равшана Дамира "Кланы партии – кланы народа", помещенной в "Комсомольской правде" 17 июля: "Эти процессы вышли сегодня на уровень создания крупных общин, объединяющих целые области. Крупные общины объединяют более мелкие, в масштабах района. Они имеют традиционную для этих мест иерархическую структуру, которую, как правило, возглавляют лица, имеющие именитый в прошлом род и ныне занимающие видное положение в обществе. Общины имеют свои системы информации, денежные фонды, а теперь и системы обеспечения безопасности. Некоторые крупные общины в обстановке строжайшей секретности приступили к формированию своих вооруженных отрядов".

Неспособность Рахмона Набиева каким-то образом повлиять на ситуацию привела к тому, что действовать начали более радикальные силы. 24 августа в Душанбе был убит генеральный прокурор Таджикистана Нурулло Хувайдуллоев, выходец из Куляба. Это еще больше обострило противостояние. Поскольку в убийстве были обвинены исламисты, в родном поселке прокурора Пангазе в качестве ответной меры оказались закрыты мечети и было сожжено имущество духовенства.

А 31 августа Президентский дворец и здание правительства в Душанбе захватили боевики. Формально они не имели отношения ни к одной из партий и называли себя "Молодежью Душанбе". Фактически же это были полукриминальные структуры, связанные по земляческому принципу с представителями Гарма и Памира (и, соответственно, поддерживающие оппозицию). "Молодежь" обеспечивала различную организационную помощь майскому митингу на площади Шахидон. После того как митинг кончился победой оппозиции, это стало поводом для фактического перехода города под криминальный контроль именно гармских и памирских группировок. Неофициальные сведения об этом приводятся в материале К. Белянинова и А. Корзуна "Таджикистан: свобода приходит с наганом", опубликованном в "Комсомольской правде" 22 сентября: "Дошло до того, что отставленные от дел руководители исконно душанбинских групп пришли в МВД и предложили милиции свою помощь по очистке города от памирских группировок. Сообщив, кстати, что в случае необходимости могут выставить полторы тысячи стволов".

Теперь молодежь, требующая усмирить кулябцев, решила сбросить президента со счетов. Рахмон Набиев укрылся от боевиков на территории, контролируемой 201-й дивизией. 7 сентября он попытался вылететь в родной Худжанд, однако был захвачен в аэропорту вооруженной молодежью. Что именно произошло в аэропорту, объяснить сложно. Однако здесь успели "засветиться" различные силовые структуры. Поездка Набиева в Худжанд должна была пройти вместе с представителями Верховного Совета и правительства – об этих планах он сообщил депутатам и министрам в телефонном разговоре из своего укрытия на территории 201-й дивизии. Однако к моменту прибытия президента аэропорт уже был занят "Молодежью Душанбе", вооруженной автоматами. Депутаты и члены правительства, приехавшие в аэропорт, также оказались блокированы. Вскоре между охраной Набиева и боевиками началась перестрелка. Для того, чтобы события не приняли совсем трагический оборот, участники противостояния решили начать переговоры. Однако вместе с началом переговоров в аэропорт прибыли танки 201-й дивизии. Появление бронетехники, кажется, стало неожиданностью для участников событий. Кто и почему принял решение направить танки в аэропорт также неизвестно. Впрочем, на этот раз танки не склонили чашу весов на чью-либо сторону. Под давлением боевиков Набиев подписал заявление об уходе в отставку. Обязанности президента оказались возложены на спикера ВС Таджикистана Акбаршо Искандарова. Позже Набиеву разрешили вернуться в Худжанд.